New User Special Price Expires in

Let's log you in.

Sign in with Facebook


Don't have a StudySoup account? Create one here!


Create a StudySoup account

Be part of our community, it's free to join!

Sign up with Facebook


Create your account
By creating an account you agree to StudySoup's terms and conditions and privacy policy

Already have a StudySoup account? Login here

BSC 116 Test 1 StudyGuide

by: Ashley Bartolomeo

BSC 116 Test 1 StudyGuide BSC 116

Ashley Bartolomeo
GPA 3.9

Preview These Notes for FREE

Get a free preview of these Notes, just enter your email below.

Unlock Preview
Unlock Preview

Preview these materials now for free

Why put in your email? Get access to more of this material and other relevant free materials for your school

View Preview

About this Document

These notes are everything we need to know for test number 1
Principles Biology II
Professor Harris
Study Guide
50 ?




Popular in Principles Biology II

Popular in Biological Sciences

This 33 page Study Guide was uploaded by Ashley Bartolomeo on Friday February 12, 2016. The Study Guide belongs to BSC 116 at University of Alabama - Tuscaloosa taught by Professor Harris in Spring 2016. Since its upload, it has received 266 views. For similar materials see Principles Biology II in Biological Sciences at University of Alabama - Tuscaloosa.


Reviews for BSC 116 Test 1 StudyGuide


Report this Material


What is Karma?


Karma is the currency of StudySoup.

You can buy or earn more Karma at anytime and redeem it for class notes, study guides, flashcards, and more!

Date Created: 02/12/16
Study Guide Test Number 1 Chapter 25 Vocabulary Adaptive Radiation­ period of evolutionary change in which groups of organisms form many  new species whose adaptations allow them to fill different ecological roles in their community Alkaline Vent­ A deep sea hydrothermal vent that releases water that is warm (40­90C) rather  than hot and that has a high pH (is basic).  These vents consist of tiny pores lined with iron and  other catalytic minerals that some scientists hypothesize might have been the location of the  earliest abiotic synthesis of organic compounds Cambrian Explosion­ A relatively brief time in geologic history when many present­day phyla of animals first appeared in the fossil record.  This burst of evolutionary change occurred about535­ 525 million years ago and saw the emergence of the first large, hard­bodied animals Endosymbiont Theory­ The theory that mitochondria and plastids, including chloroplast,  originated as prokaryotic cells engulfed by a host cell.  The engulfed cell and its host cell then  evolved into a single organism Geologic Record­ A standard time scale dividing Earth’s history into time periods, grouped into  four eons – Hadean, Archaean, Proterozoic, and Phanerozoic – and further subdivided into eras,  periods and epochs Half Life­ The amount of time it takes for 50% of a sample of a radioactive isotope to decay Heterochrony­ Evolutionary change in the timing or rate of an organism’s development Homeotic Gene­ Any of the master regulatory genes that control placement and spatial  organization of body parts in animals, plants, and fungi by controlling the developmental fate of  groups of cells Hydrothermal Vent­ An area on the deep seafloor where heated water and minerals from Earth’s  interior gush into the seawater Macroevolution­ Evolutionary change above the species level.  Examples of macroevolutionary  change into include the origin of a new group of organisms through a series of speciation events  and the impact of mass extinctions on the diversity of life and its subsequent recovery Mass Extinction­ The elimination of a large number of species throughout Earth, the result of  global environmental changes Paedomorphosis­ The retention in an adult organism of the juvenile features of its evolutionary  ancestors Plate Tectonics­ The theory that the continents are part of great plates of Earth’s crust that float  on the hot, underlying portion of the mantle.  Movements in the mantle cause the continents to  move slowly over time Protocell­ An abiotic precursor of a living cell that had a membrane­like structure and that  maintained an internal chemistry different from that of its surroundings Radiometric Dating­ A method for determining the absolute age of rocks and fossils, based on  the half­life of radioactive isotopes Ribozyme­ An RNA molecule that functions as an enzyme, such as intron that catalyzes its own  removal during RNA splicing Serial Endosymbiosis­ A hypothesis for the origin of eukaryotes consisting of a sequence of  endosymbiotic events in which mitochondria, chloroplasts and perhaps other cellular structures  were derived from small prokaryotes that had been engulfed by large cells Shared Ancestral Character­ A character, shared by members of a particular clade, that  originated in an ancestor that is not a member of that clade Shared Derived Character­ An evolutionary novelty that is unique to a particular clade Stromatolite­ Layered rock that results from the activities of prokaryotes that bind thin films of  sediment together Key Points  Experiments stimulating possible early atmospheres have produced organic molecules  from inorganic precursors.  Amino acids, lipids, sugars and nitrogenous bases have also  been found in meteorites  Amino acids and RNA nucleotides polymerize when dripped onto hot sand, clay or rock.  Organic compounds can spontaneously assemble into protocells, membrane bounded  droplets that have some properties of cells  The first genetic material may have self­replicating, catalytic RNA.  Early protocells  containing such RNA would have increased through natural selection  The fossil record, based largely on fossils found in sedimentary rocks, documents the rise and fall of different groups or organisms over time  Sedimentary strata reveal the relative ages of fossils.  The absolute ages of fossils can be  estimated by radiometric dating and other methods  The fossil record shows how new groups of organisms can arise via the gradual  modification of preexisting organisms  In plate tectonics, continental plates move gradually over time, altering the physical  geography and climate of Earth.  These changes lead to extinctions in some groups of  organisms and bursts of speciation in others  Evolutionary history has been punctured by five mass extinctions that radically altered  the history of life.  Some of these extinctions may have been caused by changes in  continent positions, volcanic activity, or impacts from meteorites or comets  Large increases in the diversity of life have resulted from adaptive radiations that  followed mass extinctions.  Adaptive radiations have also occurred in groups of  organisms that possessed major evolutionary innovations or that colonized new regions in which there was little competition from other organisms  Developmental genes affect morphological differences between species by influencing  the rate, timing, and spatial patterns of change in an organism’s form as it develops into  an adult  The evolution of new forms can be caused by changes in the nucleotide sequences or  regulation of developmental genes  Novel and complex biological structures can evolve through a series of incremental  modifications, each of which benefits the organism that possesses it  Evolutionary trends can be caused by factors such as natural selection in a changing  environment or species selection.  Like all aspects of evolution, evolutionary trends result from interactions between organisms and their current environments Chapter 26 Vocabulary Analogy­ Similarity between two species that is due to convergent evolution rather than to  descent from a common ancestor with the same trait Basal Taxon­ In a specified group of organisms, a taxon whose evolutionary lineage diverged  early in the history of the group Binomial­ A common term for the two­part, latinized format for naming a species, consisting of  the genus and specific epithet; also called a binomen Branch Point­ The representation on a phylogenetic tree of the divergence of two or more taxa  from a common ancestor.  A branch point is usually shown as a dichotomty in which a branch  representing the ancestral lineage splits (at the branch point) into two branches, one for each of  the two descendant lineages Clade­ A group of species that includes an ancestral species and all of its descendants.  A clade is equal to a monophyletic group Cladistics­ An approach to systematics in which organisms are placed into groups called clades  based primarily on common descent  Class­ In Linnaean classification, the taxonomic category above the level or order Family­ In Linnaean classification, the taxonomic category above genus Genus­ A taxonomic category above the species level, designated by the first word of a species’  two­part scientific name Homoplasy­ A similar (analogous) structure or molecular sequence that has evolved  independently in two species Horizontal Gene Transfer­ The transfer of genes from on genome to another through  mechanisms such as transposable elements, plasmid exchange, viral activity and perhaps fusions  of different organisms Ingroup­ A species or group of species who evolutionary relationships are being examined in a  given analysis Kingdom­ A taxonomic category, the second broadest after domain Maximum Likelihood­ As applied to DNA sequence data, a principle that states that when  considering multiple phylogenetic hypotheses, one should take into account the hypothesis that  reflects the most likely sequence of evolutionary events, given certain rules about how DNA  changes over time Maximum Parsimony­ A principle that states that when considering multiple explanations for an  observation, one should first investigate the simplest explanation that is consistent with the facts Molecular Clock­ A method for estimating the time required for a given amount of evolutionary  change, based on the observation that some regions of genomes evolve at constant rates Monophyletic­ A common ancestor and all of its descendants  Order­ In Linnaean classification, the taxonomic category above the level of family Orthologous Genes­ Homologous genes that are found in different species because of speciation Outgroup­ A species or group of species from an evolutionary lineage that is know to have  diverged before the lineage that contains the group of species being studied.  An outgroup is  selected so that its members are closely related to the group of species being studied, but not as  closely related as any study­group members are to each other Paralogous Genes­ Homologous genes that are found in the same genome as a result of gene  duplication Paraphyletic­ Consists of a common ancestor and some of its descendants Phylogenetic Tree­ A branching diagram that represents a hypothesis about the evolutionary  history of a group of organisms Phylogeny­ The evolutionary history of a species or group of related species Phylum­ In Linnaean classification, the taxonomic category above class Polyphyletic­ Includes distantly related organisms but does not include their most recent  common ancestor Polytomy­ In a phylogenetic tree, a branch point from which more than two descendant taxa  emerge.  A polytomy indicates that the evolutionary relationships between the two descendant  taxa are not yet clear Rooted­ Describing a phylogenetic tree that contains a branch point representing the most recent  common ancestor of all taxa in the tree Sister Taxa­ Groups of organisms that share an immediate common ancestor and hence are each  other’s closest relatives Systematics­ A scientific discipline focused on classifying organisms and determining their  evolutionary relationships Taxon­ A named taxonomic unit at any given level or classification Taxonomy­ A scientific discipline concerned with naming and classifying the diverse forms of  life Key Points  Linnaeus’s binomial classification system gives organisms two pat names: a genus plus a  specific epithet  In the Linnaean system, species are grouped in increasingly broad taxa: related genera are placed in the same family, families in orders, orders in classes, classes in phyla, phyla in  kingdoms, and kingdoms in domains  Systematists depict evolutionary relationships as branching phylogenetic trees.  Many  systematists propose that classification to based entirely on evolutionary relationships  Unless branch lengths are proportional to time or genetic change, a phylogenetic tree  indicated only patterns of descent  Much information can be learned about a species from its evolutionary history; hence,  phylogenies are useful in a wide range of applications  Organisms with similar morphologies or DNA sequences are likely to be more closely  related than organisms with very different structures and genetic sequences  To infer phylogeny, homology (similarity due to shared ancestry) must be distinguished  from analogy (similarity due to convergent evolution)  A clade is a monophyletic grouping that includes an ancestral species and all of its  descendants  Clades can be distinguished by their shared derived characters  Among phylogenies, the most parsimonious tree is the one that requires the fewest  evolutionary changes.  The most likely tree is the one based on the most likely patter of  changes  Orthologous genes are homologous genes found in different species as a result of  speciation.  Paralogous genes are homologous genes within a species that result from  gene duplication; such genes can diverge and potentially take on new functions  Distantly related species often have many orthologous genes.  The small variation in gene number in organisms of varying complexity suggests that genes are versatile and may  have multiple functions  Some regions of DNA change at a rate consistent enough to serve as a molecular clock,  in which the amount of genetic change is used to estimate the date of past evolutionary  events  Molecular clock analyses suggest that the most common strain of HIV jumped from  primates to humans in the early 1900s  Past classification systems have given way to the current view of the tree of life, which  consists of three great domains: Bacteria, Archaea, and Eukarya  Phylogenies based in part on rRNA genes suggest that eukaryotes are most closely  related to archaea, while data from some other genes suggest a closer relationship to  bacteria  Genetic analyses indicate that extensive horizontal gene transfer has occurred throughout  the evolutionary history of life Chapter 27 Vocabulary Aerobic Respiration­ A catabolic pathway for organic molecules, using oxygen as the final  electron acceptor in an electron transport chain and ultimately producing ATP.  This is the most  efficient catabolic pathway and is carried out in most eukaryotic cells and many prokaryotic  organisms Anaerobic Respiration­ A catabolic pathway in which inorganic molecules other than oxygen  accept electrons at the “downhill” end of electron transport chains Biofilms­ A surface­coating colony of one or more species or prokaryotes that engage in  metabolic cooperation Bioremediation­ The use of organisms to detoxify and restore polluted and degraded ecosystems Capsule­ (1) In many prokaryotes, a dense and well­defined layer of polysaccharide or protein  that surrounds the cell wall and is sticky, protecting the cell and enabling it to adhere to  substrates or other cells. (2) The sporangium of a bryophyte (moss, liverwort or hornwort) Chemoautotroph­ An organism that obtains energy by oxidizing inorganic substances and needs  only carbon dioxide as a carbon source Chemoheterotroph­ An organism that requires organic molecules for both energy and carbon Commensalism­ A symbiotic relationship in which one organism benefits but the other is neither  helped nor harmed Conjugation­ (1) In prokaryotes, the direct transfer of DNA between two cells that are  temporarily joined.  When the two cells are members of different species, conjugation results in  horizontal gene transfer. (2) In ciliates, a sexual process in which two cells exchange haploid  micronuclei but do not reproduce Decomposer­ An organism that absorbs nutrients from nonliving organic material such as  corpses, fallen plant material, and the wastes of living organisms and converts them to inorganic  forms; a detritivore Endospore­ A thick­coated, resistant cell produced by some bacterial cells when they are  exposed to harsh conditions Endotoxin­ A toxic component of the outer membrane of certain gram­negative bacteria that is  released only when the bacteria die Exotoxin­ A toxic protein that is secreted by a prokaryote or other pathogen and that produces  specific symptoms, even if the pathogen is no longer present Extreme Halophile­ An organism that lives in a highly saline environment, such as the Great Salt Lake or the Dead Sea Extreme Thermophile­ An organism that thrives in hot environments  Extremophile­ An organism that lives in environmental conditions so extreme that few other  species can survive there F Factor­ In bacteria, the DNA segment that confers the ability to form pili for conjugation and  associated functions required for the transfer of DNA from donor to recipient.  The F factor may  exist as a plasmid or be integrated into the bacterial chromosome F Plasmid­ The plasmid form of the F factor Facultative Anaerobe­ An organism that makes ATP by aerobic respiration if oxygen is present  but that switches to anaerobic respiration or fermentation if oxygen is not present Fimbria­ A short, hairlike appendage of a prokaryotic cell that helps it adhere to the substrate or  to other cells Gram Stain­ A staining method that distinguishes between two different kinds of bacterial cell  walls; may be used to help determine medical response to an infection Gram Negative­ Describing the group of bacteria that have a cell wall that is structurally more  complex and contains less peptidoglycan than the cell walls of gram positive bacteria.  Gram  negative bacteria are often more toxic than gram positive bacteria Gram Positive­ Describing the group of bacteria that have a cell wall that is structurally less  complex and contains more peptidoglycan than the cell walls of gram negative bacteria.  Gram  positive bacteria are usually less toxic than gram negative bacteria Heterocyst­ A specialized cell that engages in nitrogen fixation in some filamentous  cyanobacteria Host­ The larger participant in a symbiotic relationship, often providing a home and food source  for the smaller symbiont Methanogen­ An organism that produces methane as a waste product of the way it obtains  energy.  All known methanogens are in domain Archaea Nitrogen Fixation­ The conversion of atmospheric nitrogen to ammonia.  Biological nitrogen  fixation is carried out by certain prokaryotes, some of which have mutualistic relationships with  plants Nucleoid­ A non­membrane enclosed region in a prokaryotic cell where its chromosome is  located Obligate Anaerobe­ An organism that requires oxygen for cellular respiration and cannot live  without it Parasite­ An organism that feeds on the cell contents, tissues or body fluids of another species  (the host) while in or on the host organism.  Parasites harm but usually do not kill their host Parasitism­ A symbiotic relationship is which one organism, the parasite, benefits at the expense  of another, the host, by living either within or on the host Pathogen­ An organism or virus that causes disease Peptidoglycan­ A type of polymer in bacterial cell walls consisting of modified sugars cross­ linked by short polypeptides Photoheterotroph­ An organism that uses light to generate ATP but must obtain carbon in  organic form Pilus­ In bacteria, a structure that links one cell to another at the start of conjugation; also called  a sex pilus or conjugation pilus Plasmid­ A small, circular, double­stranded DNA molecule that carries accessory genes separate  from those of a bacterial chromosome R Plasmid­ A bacterial plasmid carrying genes that confer resistance to certain antibiotics Symbiont­ The smaller participant in a symbiotic relationship, living in or on the host Symbiosis­ An ecological relationship between organisms of two different species that live  together in direct and intimate contact Taxis­ An oriented movement toward or away from a stimulus Transduction­ A process in which phages (viruses) carry bacterial DNA from one bacterial cell  to another.  When these two cells are members of different species, transduction results in  horizontal gene transfer Key Points  Many prokaryotic species can reproduce quickly by binary fission, leading to the  formation of populations containing enormous numbers of individuals.  Some form  endospores, which can remain viable in harsh conditions for centuries  Because prokaryotes can often proliferate rapidly, mutations can quickly increase a  population’s genetic variation.  As a result, prokaryotic populations often can evolve in  short periods of time in response to changing conditions  Genetic diversity in prokaryotes also can arise by recombination of the DNA from two  different cells (via transformation, transduction, or conjugation). By transferring  advantageous alleles, such as ones for antibiotic resistance, genetic recombination can  promote adaptive evolution in prokaryotic populations  Nutritional diversity is much greater in prokaryotes than in eukaryotes.  As a group,  prokaryotes perform all four modes of nutrition: photoautotrophy, chemoautotrophy,  photoheterotrophy, and chemoheterotrophy  Among prokaryotes, obligate aerobes require O2, obligate anaerobes are poisoned by O,  and facultative anaerobes can survive with or without O2  Unlike eukaryotes, prokaryotes can metabolize nitrogen in many different forms.  Some  can convert atmospheric nitrogen to ammonia, a process called nitrogen fixation  Prokaryotic cells and even species may cooperate metabolically.  Metabolic cooperation  also occurs in surface­coating biofilms that include different species  Molecular systematics is helping biologists classify prokaryotes and identify new clades  Diverse nutritional types are scattered among the major groups of bacteria.  The two  largest groups are the proteobacteria and gram­positive bacteria  Some archaea, such as extreme thermophiles and extreme halophiles, live in extreme  environments.  Other archaea live in moderate environments such as soils and lakes  Decomposition by heterotrophic prokaryotes and the synthetic activities of autotrophic  and nitrogen fixing prokaryotes contribute to the recycling of elements in the ecosystem  Many prokaryotes have a symbiotic relationship with a host; the relationships between  prokaryotes and their host range from mutualism to commensalism to parasitism  People depend on mutualistic prokaryotes, including hundreds of species that live in our  intestine and help digest food  Pathogenic bacteria typically cause disease releasing exotoxins or endotoxins.  Horizontal gene transfer can spread genes associated with virulence to harmless species or strains  Prokaryotes can be used in bioremediation, production of biodegradable plastics, and the  synthesis of vitamins, antibiotics and other products Chapter 28 Vocabulary “SAR” Clade­ One of four supergroups of eukaryotes proposed in a current hypothesis of the  evolutionary history of eukaryotes.  This supergroup contains a large, extremely diverse  collection of protists from three major subgroups: stramenopiles, alveolates, and rhizarians.   Alga­ A member of a diverse collection of photosynthetic protists that include both unicellular  and multicellular forms.  Algal species are included in three eukaryote supergroups (Excavate,  SAR clade and Archaeplastida) Alternation of Generations­ A life cycle in which there is both a multicellular diploid form, the  sporophyte and a multicellular haploid form, the gametophyte; characteristic of plants and some  algae Alveolates­ One of the three major subgroups for which the “SAR” eukaryotic supergroup is  named.  This clade arose by secondary endosymbiosis; alveolate protists have membrane­ enclosed sacs (alveoli) located just under the plasma membrane Amoeba­ A protist characterized by the presence of pseudopodia Amoebozoan­ A protist in a clade that includes many species with lobe or tube shaped  pseudopodia Apicomplexan­ A protist in a clade that includes many species that parasitize animals.  Some  apicomplexans cause human disease Archaeplastida­ One of the four supergroups of eukaryotes proposed in a current hypothesis of  the evolutionary history of eukaryotes.  This monophyletic group, which includes red algae,  green algae and land plants, descended from an ancient protist ancestor that engulfed a  cyanobacterium Blade­ A leaflike structure of a seaweed that provides most of the surface are for photosynthesis Brown Alga­ A multicellular, photosynthetic protist with a characteristic brown or olive color  that results from carotenoids in its plastids.  Most brown algae are mine and some have a  plantlike body Cercozoan­ An amoeboid or flagellated protist that feeds with threadlike pseudopodia Ciliate­ A type of protist that moves by means of cilia Diatom­ Photosynthetic protist in the stramenopile clade; diatoms have a unique glass­like wall  made of silicon dioxide embedded in an organic matric Dinoflagellate­ A member of a group of mostly unicellular photosynthetic algae with two  flagella situated in perpendicular grooves in cellulose plates covering the cell Diplomonad­ A protist that has modified mitochondria, two equal sized nuclei and multiple  flagella Endosymbiosis­ A relationship between two species in which one organism lives inside the cell  or cells of another organism Euglenid­ A protist, such as Euglena or its relatives, characterized by an anterior pocket form  which one or two flagella emerge Euglenozoan­ A member of a diverse clade of flagellated protists that includes predatory  heterotrophs, photosynthetic autotrophs and pathogenic parasites Excavata­ One of four supergroups of eukaryotes proposed in a current hypothesis of the  evolutionary history of eukaryotes.  Excavates have unique cytoskeletal features, and some  species have an “excavated” feeding groove on one side of the cell body Foram­ An aquatic protist that secretes a hardened shell containing calcium carbonate and  extends pseudopodia through pores in the shell Golden Alga­ A biflagellated, photosynthetic protist named for its color, which results from its  yellow and brown carotenoids Green Alga­ A photosynthetic protist, named for green chloroplasts that are similar in structure  and pigment composition to the chloroplasts of land plants.  Green algae are a paraphyletic  group; some members are more closely related to land plants than they are to other green algae Heteromorphic­ Referring to a condition in the life cycle of plants and certain algae in which the  sporophyte and gametophyte generations differ in morphology Holdfast­ A rootlike structure that anchors a seaweed Isomorphic­ Referring to alternating generations in plants and certain algae in which the  sporophytes and gametophytes look alike, although they differ in chromosome number Kinetoplastid­ A protist, such a trypanosome, that has a single large mitochondrion that houses  an organized mass of DNA Mixotroph­ An organism that is capable of both photosynthesis and hetertrophy Opisthokont­ A member of an extremely diverse clade of eukaryotes that includes funig, animals and several closely related groups of protists Parabasalid­ A protist, such as a trichomonad, with modified mitochondria Protist­ An informal term applied to any eukaryote that is not a plant, animal or fungus.  Most  protists are not unicellular, though some are colonial or multicellular Pseudopodium­ A cellular extension of amoeboid cells used in moving and feeding Radiolarian­ A protist, usually marine, with a shell generally made of silica and pseudopodia that radiate from the central body Red Alga­ A photosynthetic protist, named for its color, which results from a red pigment that  maska the green of chlorophyll.  Most red algae are multicellular and marine Rhizaria­ One of the three major subgroups for with the “SAR” eukaryotic supergroup is named.  Many species in this clade are amoebas characterized by threadlike pseudopodia Secondary Endosymbiosis­ A process in eukaryotic evolution in which a heterotrophic  eukaryotic cell engulfed a photosynthetic eukaryotic cell, which survived in a symbiotic  relationship inside the heterotrophic cell Stipe­ A stemlike structure of a seaweed Stramenopila­ One of the three major subgroups for which the “SAR” eukaryotic supergroup is  named.  This clade arose by secondary endosymbiosis and includes diatoms and brown algae Unikonta­ One of four supergroups of eukaryotes proposed in a current hypothesis of the  evolutionary history of eukaryotes.  This clade, which is supported by studies of myosin proteints and DNA, consists of amoebozoans and opisthokonts. Key Facts  Domain Eukarya includes many groups of protists, along with plants, animals and fungi.   Unlike prokaryotes, protists and other eukaryotes have a nucleus and other membrane  enclosed organelles, as well as a cytoskeleton that enables them to have asymmetric  forms and to change shape as they feed, more or grow  Protists are structurally and functionally diverse and have a wide variety of life cycles.   Most are unicellular.  Protists include photoautotrophs, heterotrophs and mixotrophs  Current evidence indicated that eukaryotes originated by endosymbiosis when an  archaeal host engulfed an alpha proteobacterium that would evolve into an organelle  found in all eukaryotes, the mitochondrion  Plastids are thought to be descendants of cyanobacteria that were engulfed by early  eukaryotic cells.  The plastid­bearing lineage eventually evolved into red algae and green  algae.  Other protist groups evolved from secondary endosymbiosis events in which red  algae or green algae were themselves engulfed  In one hypothesis, eukaryotes are grouped into four supergroups. Each a monophyletic  clade: Excavata, “SAR” clade, Archaeplastida and Unikonta  Excavata include protists with modified mitochondria and spiral or crystalline rod inside  flagella  “SAR” clade includes protists with hairy and smooth flagella, membrane enclosed sacs  beneath plasma membrane and amoebas with threadlike pseudopodia  Archaeplastida includes protists like red and green algae with a photosynthetic pigment  and plant type chloroplasts  Unikonts include protists with lobe or tube shaped pseudopodia  Protists form a wide range of mutualistic and parasitic relationships that affect their  symbiotic partners and many other members of the community  Photosynthetic protists are among the most important producers in aquatic communities.   Because they are at the base of the food web, factors that affect photosynthetic protists  affect many other species in the community Chapter 29 Vocabulary Angiosperm­ A flowering plant, which forms seeds inside a protective chamber called an ovary Anther­ In an angiosperm, the terminal pollen sac of a stamen, where pollen grains containing  sperm producing male gametophytes form Antheridium­ In plants, the male gametangium, a moist chamber in which gametes develop Apical Meristem­ Embryonic plant tissue in the tips of roots and buds of shoots.  The dividing  cells of an apical meristem enable the plant to grow in length Archegonium­ In plants, the female gametangium, a moist chamber in which gametes develop Bryophyte­ An informal name for a moss, liverwort or hornwort; a nonvascular plant that lives  on land but lacks some of the terrestrial adaptations of vascular plants Embryophyte­ Alternate name for land plants that refers to their shared derived trait of  multicellular dependent embryos Gametangium­ Multicellular plant structure in which gametes are formed.  Female gametangia  are called archegonia, and male gametangia are called antheridia Gametophore­ The mature gamete­producing structure of a moss gametophyte Gametophyte­ In organisms (plants and some algae) that have alternation of generations, the  multicellular haploid form that produces haploid gametes by mitosis.  The haploid gametes unite  and develop into sporophytes Gymnosperm­ A vascular plant that bears naked seeds­ seeds not enclosed in protective  chambers Heterosporous­ Referring to a plant species that has two kinds of spores: microspores, which  develop into make gametophytes and megaspores, which develop into female gametophytes Homosporous­ Referring to a plant species that has a single kind of spore, which typically  develops into a bisexual gametophyte Hornwort­ A small, herbaceous, nonvascular plant that is a member of the phylum  Anthocerophyta Leaf­ The main photosynthetic organ of vascular plants Lignin­ A strong polymer embedded in the cellulose matrix of the secondary cell walls of  vascular plants that provides structural support in terrestrial species Liverwort­ A small, herbaceous, nonvascular plant that is a member of the phylum Hepatophyta Lycophyte­ An informal name for a member of the phylum Lycophyta, which includes club  mosses, spike mosses and quillworts Megaphyll­ A leaf with a highly branched vascular system, characteristic of the vast majority of  vascular plants Megaspore­ A spore from a heterosporous plant species that develops into a female gametophyte Microphyll­ In lycophytes, samll leaf with a single unbranched vein Microspore­ A spore from a heterosporous plant species that develops into a male gametophyte Monilophyte­ An informal name for a member of the phylum Monilophyta, which includes  ferns, horsetails and whisk ferns and their relatives Moss­ A small, herbaceous, nonvascular plant that is a member of the phylum Bryophyta Peat­ Extensive deposits of partially decayed organic material often formed primarily from the  wetland moss Sphagnum Peristome­ A ring of interlocking, tooth­like structures on the upper part of a moss capsule  (sporangium), often specialized for gradual spore discharge Phloem­ Vascular plant tissue consisting of living cells arranged into elongated tubes that  transport sugar and other organic nutrients throughout the plant Protonema­ A mass of green, branched, one cell thick filaments produced by germinating moss  spores Rhizoid­ A long, tubular single cell or filament of cells that anchors bryophytes to the ground.   Unlike roots, rhizoids are not composed of tissues, lack specialized conducting cells, and do not  play a primary role in water and mineral absorption Root­ An organ in vascular plants that anchors the plant and enables it to absorb water and  minerals from the soil Seed­ An adaptation of some terrestrial plants consisting of an embryo packaged alone with a  store of food within a protective coat Seedless Vascular Plant­ An informal name for a plant that has vascular tissue but lacks seeds.   Seedless vascular plants form a paraphyletic group that includes the phyla Lycophyta (club  mosses and their relatives) and Monilophyta (ferns and their relatives) Seta­ The elongated stalk of a bryophyte sporophyte Sorus­ A cluster of sporangia on a fern sporophyll.  Sori may be arranged in various patterns,  such as parallel lines or dots, which are useful in fern identification Sporophyll­ A modified leaf that bears sporangia and hence is specialized for reproduction Sporophyte­ In organisms (plants and some algae) that have alternation of generations, the  multicellular diploid form that results from the union of gametes.  The sporophyte produces  haploid spores by meiosis that develop into gametophytes Sporopollenin­ A durable polymer that covers exposed zygotes of charophyte algae and forms  the walls of plants spores, preventing them from drying out Stoma­ A microscopic pore surrounded by guard cells in the epidermis of leaves and stems that  allows gas exchange between the environment and the interior of the plant Strobilus­ The technical term for a cluster of sporophylls known commonly as a cone, found in  most gymnosperms and some seedless vascular plants Tracheid­ A long, tapered water­conducting cell found in the xylem or nearly all vascular plants Vascular Plant­ A plant with vascular tissue.  Vascular plants include all living plant species  except liverworts, mosses and hornworts Vascular Tissue­ Plant tissue consisting of cells joined into tubes that transport water and  nutrients throughout the plant body Xylem­ Vascular plant tissue consisting mainly of tubular dead cells that conduct most of the  water and minerals upward from the roots to the rest of the plant Key Facts  Morphological and biochemical traits, as well as similarities in nuclear and chloroplast  genes, indicate that certain groups of charophytes are the closest living relatives of land  plants  A protective layer of sporopollenin and other traits allow charophytes to tolerate  occasional drying along the edges of ponds and lakes.  Such traits may have enabled the  algal ancestors of plants to survive in terrestrial conditions, opening the way to the  colonization of dry land  Derived traits that distinguish the clade of land plants from charophytes, their closest  algal relatives, include cuticles, stomata, multicellular dependent embryos and alternation of generations, apical meristems, multicellular gametangia and walled spores in sporangia  Fossils show that land plants arose more than 470 million years ago.  Subsequently plants diverged into several major groups, including nonvascular plants (bryophytes); seedless  vascular plants, such as lycophytes and ferns and the two groups of seed plants:  gymnosperms and angiosperms  The three extant clades of nonvascular plants or bryophytes – liverworts, mosses and  hornworts – are the earliest diverging plant lineages  In bryophytes, the dominant generation consists of haploid gametophytes, such as those  that make up a carpet of moss.  Rhizoids anchor gametophytes to the substrate on which  they grow.  The flagellated sperm produced by antheridia require a film of water to travel to the eggs in the archegonia  The diploid stage of the life cycle – the sporophytes – grow out of archegonia and are  attached to the gametophytes and dependent on them for nourishment.  Smaller and  simpler than vascular plant sporophytes, they typically consist of a foot, seta (stalk_ and  sporangium  Fossils of the forerunners of today’s vascular plants date back about 425 million years  and show that these small plants had independent, branching sporophytes and a vascular  system  Over time, other derived traits of living vascular plants arose, such as a life cycle with  dominant sporophytes, lignified vascular tissue, well­developed roots and leaves, and  sporophylls  Seedless vascular plants include the lycophytes (phylum Lycophyta: club mosses, and  quillworts) and the monilophytes (phylum Monilophyta: ferns, horsetails and whisk ferns  and relatives).  Current evidence indicated that seedless vascular plants, like bryophytes,  do not form a clade  Ancient lineages of lycophytes included both small herbaceous plants and large trees.   Present day lycophytes are small herbaceous plants  Seedless vascular plants formed the earliest forests about 385 million years ago.  Their  growth may have contributed to a major global cooling that took place during the  Carboniferous period.  The decaying remnants of the first forests eventually became coal Chapter 30 Vocabulary Arbuscular Mycorrhiza­ Association of a fungus with a plant root system in which the fungus  causes the invagination of the host (plant) cells’ plasma membranes Ascocarp­ The fruiting body of a sac fungus (ascomycete) Ascomycete­ A member of the fungal phylum Ascomycota, commonly called sac fungus.  The  name comes from the saclike structure in which the spores develop Basal Angiosperm­ A member of one of three clades of early diverging lineages of extant  flowering plants Carpel­ The ovule­producing reproductive organ of a flower, consisting of the stigma, style and  ovary Chitin­ A structural polysaccharide, consisting of amino sugar monomers, found in many fungal  cell walls and in the exoskeletons of all arthropods Chytrid­ A member of the fungal phylum Chytridiomycota, mostly aquatic fungi with flagellated zoospores that represent an early diverging fungal lineage Complete Flower­ A flower that has all four basic floral organs: sepals, petals, stamens and  carpels Conifer­ A member of the largest gymnosperm phylum.  Most conifers are cone­bearing trees,  such as pines and firs Cotyledon­ A seed leaf of an angiosperm embryo.  Some species have one cotyledon, others two Cross­Pollination­ In angiosperms, the transfer of pollen from an anther of a flower on one plant  to the stigma of a flower on another plant of the same species Deuteromycete­ Traditional classification for a fungus with no known sexual stage Dicot­ Refers to flowering plants that have two embryonic seed leaves, or cotyledons Dormancy­ A condition typified by extremely low metabolic rate and a suspension of growth and development Double Fertilization­ A mechanism of fertilization in angiosperms in which two sperm cells  unite with two cell in the female gametophyte to form the zygote and endosperm Embryo Sac­ The female gametophyte of angiosperms, formed from the growth and division of  the megaspore into a multicellular structure that typically has eight haploid nuclei Endosperm­ In angiosperms, a nutrient rich tissue formed by the union of a sperm with two polar nuclei during double fertilization.  The endosperm provides nourishment to the developing  embryo in angiosperm seeds Eudicot­ A member of a clade that contains the vast majority of flowering plants that have two  embryonic seed leaves, or cotyledons Filament­ In an angiosperm, the stalk portion of the stamen, the pollen­producing reproductive  organ of a flower Flower­ In an angiosperm, a specialized shoot with up to four sets of modified leaves, bearing  structures that function in sexual reproduction Fruit­ A mature ovary of a flower.  The fruit protects dormant seeds and often functions in their  dispersal Haustorium­ In certain symbiotic fungi, a specialized hypha that can penetrate the tissues of host  organisms Heterokaryon­ A fungal mycelium that contains two or more haploid nuclei per cell Hypha­ One of many connected filaments that collectively make up the mycelium of a fungus Incomplete Flower­ A flower in which one or more of the four basic floral organs (sepals, petals, stamens, or carpels) are either absent or nonfunctional Integument­ Layer of sporophyte tissue that contributes to the structure of an ovule of a seed  plant Karyogamy­ In fungi, the fusion of haploid nuclei contributed by the two parents; occurs as one  stage of sexual reproduction, preceded by plasmogamy Magnoliid­ A member of the angiosperm clade that is most closely related to the combined  eudicot and monocot clades Micropyle­ A pore in the integuments of an ovule Mold­ Informal term for a fungus that grows as a filamentous fungus, producing haploid spores  by mitosis and forming a visible mycelium Monocot­ A member of a clade consisting of flowering plants that have one embryonic seed leaf, or cotyledon Mycorrhiza­ A mutualistic association of plant roots and fungus Nucleariid­ A member of a group of unicellular, amoeboid protists that are more closely related  to fungi than they are to other protists Opisthokont­ A member of an extremely diverse clade of eukaryotes that includes fungi, animals and several closely related groups of protists Ovary­ In flowers, the portion of a carpel in which the egg­containing ovules develop Ovule­ A structure that develops within the ovary of a seed plant and contains the female  gametophyte Petal­ A modified leaf of a flowering plant Pheromone­ A small molecule released into the environment that functions in communication  between members of the same species Plasmogamy­ The fusion of the cytoplasm of cells from two individuals; occurs as one stage of  sexual reproduction, followed later by karyogamy Pollen Grain­ In seed plants, a structure consisting of the male gametophyte enclosed within a  pollen wall Pollination­ The transfer of pollen to the part of a seed plant containing the ovules, a process  required for fertilization Seed­ An adaptation of some terrestrial plants consisting of an embryo packaged along with a  store of food within a protective coat Sepal­ A modified leaf in angiosperms that helps enclose and protect a flower bud before it  opens Sporangium­ A multicellular organ in fungi and plants in which meiosis occurs and haploid cells  develop Spore­ (1) In the life cycle of a plant or alga undergoing alternation of generations, a haploid cell produced in the sporophyte by meiosis. A spore can divide by mitosis to develop into a  multicellular haploid individual, the gametophyte, without fusing with another cell. (2) In fungi,  a haploid cell, produced either sexually or asexually, that produces a mycelium after  germination. Stamen­ The pollen­producing reproductive organ of a flower, consisting of an anther and a  filament Stigma­ The sticky part of a flower’s carpel, which receives pollen grains Style­ The stalk of a flower’s carpel, with the ovary at the base and the stigma at the top Yeast­ Single cells fungus.  Yeasts reproduce asexually by binary fission or by the pinching of  small buds off a parent cell. Many fungal species can grow both as yeasts and as a network of  filaments; relatively few species grow only as yeasts. Zoospore­ Flagellated spore found in chytrid fungi and some protists Zygomycete­ A member of the fungal phylum Zygomycota, characterized by the formation of a  sturdy structure called a zygosporangium during sexual reproduction Zygosporangium­ In zygomycete fungi, a sturdy multinucleate structure in which karyogamy and meiosis occur Key Facts  Dominance of the sporophyte generation, the development of seeds from fertilized  ovules, and the role of pollen in transferring sperm to ovules are key features of a typical  gymnosperm life cycle  Gymnosperms appear early in the plant fossil record and dominated many Mesozoic  terrestrial ecosystems.  Living seed plants can be divided into two monophyletic groups:  gymnosperms and angiosperms.  Extant gymnosperms include cycads, Ginkgo biloba,  gnetophytes and conifers  Flowers, generally consist of four types of modified leaves: sepals, petals, stamens  (which produce pollen) and carpels (which produce ovules).  Ovaries ripen into fruits,  which often carry seeds by wind, water or animals to new locations  Flowering plants originated about 140 million years ago, and by the mid­Cretaceous (100 mya) had begun to dominate some terrestrial ecosystems.  Fossils and phylogenetic  analyses offer insights into the origin of flowers  Several groups of basal angiosperms have been identified.  Other major clades of  angiosperms include magnoliids, monocots, and eudicots  Pollination and other interactions between angiosperms and animals may have  contributed to the success of flowering plants during the last 100 million years  Humans depend on seed plants for products such as food, wood and many medicines  Destruction of habitat threatens the extinction of many plant species and the animal  species they support  Chapter 31 Vocabulary Arbuscular Mycorrhizal Fungus­ A symbiotic fungus whose hyphae grow through the cell wall  of plant roots and extend into the root cell (enclosed in tubes formed by invagination of the root  cell plasma membrane) Ascus­ A saclike spore capsule located at the tip of a dikaryotic hypha of a sac fungus Basidiocarp­ Elaborate fruiting body of a dikaryotic mycelium of a club fungus Basidiomycete­ A member of the fungal phylum Basidiomycota, commonly called club fungus.   The name comes from the club­like shape of the basidium Basidium­ A reproductive appendage that produces sexual spores on the gills of mushrooms Coenocytic Fungus­ A fungus that lacks septa and hence whose body is made up of a continuous  cytoplasmic mass that may contain hundreds or thousands of nuclei Conidium­ A haploid spore produced at the tip of a specialized hypha in ascomycetes during  asexual reproduction Dikaryotic­ Referring to a fungal mycelium with two haploid nuclei per cell, one from each  parent Ectomycorrhizal Fungus­ A symbiotic fungus that forms sheaths of hyphae over the surface of  plant roots and also grows into extracellular spaces of the root cortex Endophyte­ A harmless fungus, or occasionally another organism, that lives between cells of a  plant part or multicellular alga Glomeromycete­ A member of the fungal phylum Glomeromycota, characterized by a distinct  branching form of mycorrhizae called arbuscular mycorrhizae Lichen­ The mutualistic association between a fungus and a photosynthetic alga or  cyanobacterium  Model­ A physical or conceptual representation of a natural phenomenon Mycelium­ The densely branched network of hyphae in a fungus Mycosis­ General term for a fungal infection Soredium­ In lichens, a small cluster of fungal hyphae with embedded algae Key Facts  All fungi (including decomposers and symbionts) are heterotrophs that acquire nutrients  by absorption.  Many fungi secrete enzymes that break down complex molecules  Most fungi grow as thin, multicellular filaments called hyphae; relatively few species  grow only as single celled yeasts.  In their multicellular form, fungi consist of mycelia,  networks of branched hyphae adapted for absorption.  Mycorrhizal fungi have specialized hyphae that enable them to form a mutually beneficial relationship with plants  In fungi, the sexual life cycle involves cytoplasmic fusion (plasmogamy) and nuclear  fusion (karyogamy), with an intervening heterkaryotic stage in which cells have haploid  nuclei from two parents.  The diploid cells resulting from karyogamy are short lived and  undergo meiosis, producing genetically diverse hhaploid spores  Many fungi can reproduce asexually as filamentous fungi or yeasts  Molecular evidence indicates that fungi and animals diverged 1­1.5 billion years ago  from a common unicellular ancestor that had a flagellum.  However, the oldest fossils  that are widely accepted as fungi are 460 million years old  Chytrids, a group of fungi with flagellated spores, include some basal lineages  Fungi were among the earliest colonizers of land; fossil evidence indicated that these  included species that were symbionts with early land plants  Fungi perform essential recycling of chemical elements between the living and nonliving  world  Lichens are highly integrated symbiotic associations of fungi and algae or cyanobacteria  Many fungi are parasites, mostly of plants  Humans use fungi for food and to make antibiotics Chapter 35 Vocabulary ABC Hypothesis­A model of flower formation identifying three classes or organ identity genes  that direct formation of the four types of floral organs Apical Bud­ A bud at the tip of a plant stem; also called a terminal bud Apical Dominance­ Tendency for growth to be concentrated at the tip of a plant shoot, because  the apical bud partially inhibits axillary bud growth Apical Meristem­ Embryonic plant tissue in the tips of roots and buds of shoots.  The dividing  cells of an apical meristem enable the plant to grow in length Axillary Bud­ A structure that has the potential to form a lateral shoot, or branch.  The bud  appears in the angle formed between a leaf and a stem Bark­ All tissues eternal to the vascular cambium, consisting mainly of the secondary phloem  and layers of periderm Blade­ (1) A leaflike structure of a seaweed that provides most of the surface area for  photosynthesis. (2) The flattened portion of a typical leaf Collenchyma­ A flexible plant cell type that occurs in strands or cylinders that support young  parts of the plant without restraining growth Companion Cell­ A type of plant cell that is connected to a sieve­tube element by many  plasmodesmata and whose nucleus and ribosomes may serve one or more adjacent sieve­tube  elements Cork Cambium­ A cylinder or meristematic tissue in woody plants that replaces the epidermis  with thicker, tougher cork cells Cortex­ (1) The outer region of cytoplasm in a eukaryotic cell, lying just under the plasma  membrane, that has a more gel­like consistency than the inner regions due to the presence of  multiple microfilaments. (2) In plants, ground tissue that is between the vascular tissue and  dermal tissue in a root or eudicot stem. Dermal Tissue System­ The outer protective covering of plants Determinate Growth­ A type of growth characteristic of most animals and some plant organs, in  which growth stops after a certain size is reached Development­ The events involved in an organism’s changing gradually from a simple to a more complex or specialized form Endodermis­ In plant roots, the innermost layer of the cortex that surrounds the vascular cylinder Epidermis­ (1) The dermal tissue system of nonwoody plants, usually consisting of a single layer of tightly packed cells. (2) The outermost layer of cells in an animal Fiber­ A lignified cell type that reinforces the xylem of angiosperms and functions in mechanical support; a slender, tapered sclerenchyma cell that usually occurs in bundles Ground Tissue System­ Plant tissues that are neither vascular nor dermal, fulfilling a variety of  functions, such as storage, photosynthesis and support Guard Cells­ The two cells that flank the stomatal pore and regulate the opening and closing of  the pore Indeterminate Growth­ A type of growth characteristic of plants, in which the organism  continues to grow as long as it lives Internode­ A segment of a plant stem between the points where leaves are attached Lateral Meristem­ A meristem that thickens the roots and shoots of woody plants.  The vascular  cambium and cork cambium are lateral meristems Lateral Root­ A root that arises from the pericycle of an established root Leaf Primordium­ A fingerlike projection along the flank of a shoot apical meristem, from which a leaf arises Lenticel­ A small raised area in the bark of stems and roots that enables gas exchange between  living cells and the outside air Lignin­ A strong polymer embedded in the cellulose matrix of the secondary cell walls of  vascular plants that provides structural support in terrestrial species Meristem­ Plant tissue that remains embryonic as long as the plant lives, allowing for  indeterminate growth Meristem Identity Gene­ A plant gene that promotes the switch from vegetative growth to  flowering Mesophyll­ Leaf cells specialized for photosynthesis.  In C3 and CAM plants, mesophyll cells  are located between the upper and lower epidermis; in C4 plants, they are located between the  bundle­sheath cells and epidermis Node­ A point along the stem of a plant at which leaves are attached Organ Identity Gene­ A plant homeotic gene that uses positional information to determine which  emerging leaves develop into which types of floral organs Parenchyma Cell­ A relatively unspecialized plant cell type that carries out most of the  metabolism, synthesizes and stores organic products, and develops into a more differentiated cell type Pattern Formation­ The development of a multicellular organism’s spatial organization, the  arrangement of organs and tissues in their characteristic places in three­dimensional space Periderm­ The protective coat that replaces the epidermis in woody plants during secondary  growth, formed of the cork and cork cambium Petiole­ The stalk of a leaf, which joins the leaf to a node Phase Change­ In plants, a morphological change that arises from a transition in shoot apical  meristem activity Phloem­ Vascular plant tissue consisting of living cells arranged into elongated tubes that  transport sugar and other organic nutrients throughout the plant Pith­ Ground tissue that is internal to the vascular tissue in a stem; in many monocot roots,  parenchyma cells that form the central core of the vascular cylinder Polarity­ A lack of symmetry; structural differences in opposite ends of an organism or structure, such as the root end and shoot end of a plant Primary Growth­ Growth produced by apical meristems, lengthening stems and roots Root­ An organ in vascular plants 


Buy Material

Are you sure you want to buy this material for

50 Karma

Buy Material

BOOM! Enjoy Your Free Notes!

We've added these Notes to your profile, click here to view them now.


You're already Subscribed!

Looks like you've already subscribed to StudySoup, you won't need to purchase another subscription to get this material. To access this material simply click 'View Full Document'

Why people love StudySoup

Steve Martinelli UC Los Angeles

"There's no way I would have passed my Organic Chemistry class this semester without the notes and study guides I got from StudySoup."

Allison Fischer University of Alabama

"I signed up to be an Elite Notetaker with 2 of my sorority sisters this semester. We just posted our notes weekly and were each making over $600 per month. I LOVE StudySoup!"

Jim McGreen Ohio University

"Knowing I can count on the Elite Notetaker in my class allows me to focus on what the professor is saying instead of just scribbling notes the whole time and falling behind."

Parker Thompson 500 Startups

"It's a great way for students to improve their educational experience and it seemed like a product that everybody wants, so all the people participating are winning."

Become an Elite Notetaker and start selling your notes online!

Refund Policy


All subscriptions to StudySoup are paid in full at the time of subscribing. To change your credit card information or to cancel your subscription, go to "Edit Settings". All credit card information will be available there. If you should decide to cancel your subscription, it will continue to be valid until the next payment period, as all payments for the current period were made in advance. For special circumstances, please email


StudySoup has more than 1 million course-specific study resources to help students study smarter. If you’re having trouble finding what you’re looking for, our customer support team can help you find what you need! Feel free to contact them here:

Recurring Subscriptions: If you have canceled your recurring subscription on the day of renewal and have not downloaded any documents, you may request a refund by submitting an email to

Satisfaction Guarantee: If you’re not satisfied with your subscription, you can contact us for further help. Contact must be made within 3 business days of your subscription purchase and your refund request will be subject for review.

Please Note: Refunds can never be provided more than 30 days after the initial purchase date regardless of your activity on the site.