New User Special Price Expires in

Let's log you in.

Sign in with Facebook


Don't have a StudySoup account? Create one here!


Create a StudySoup account

Be part of our community, it's free to join!

Sign up with Facebook


Create your account
By creating an account you agree to StudySoup's terms and conditions and privacy policy

Already have a StudySoup account? Login here

Bio 211 Midterm 2 Study Guide

by: Melissa

Bio 211 Midterm 2 Study Guide Biology 211

Marketplace > University of Oregon > Biology > Biology 211 > Bio 211 Midterm 2 Study Guide
GPA 3.26

Preview These Notes for FREE

Get a free preview of these Notes, just enter your email below.

Unlock Preview
Unlock Preview

Preview these materials now for free

Why put in your email? Get access to more of this material and other relevant free materials for your school

View Preview

About this Document

This is a study guide of everything we need to know for the midterm on Monday. There are notes about Photosynthesis, DNA, RNA, replication, transcription, translation and Cystic Fibrosis. The study...
Gen Biol I: Cells
Jana Prikryl
Study Guide
Bio, midterm, Study Guide
50 ?




Popular in Gen Biol I: Cells

Popular in Biology

This 9 page Study Guide was uploaded by Melissa on Thursday February 18, 2016. The Study Guide belongs to Biology 211 at University of Oregon taught by Jana Prikryl in Fall 2015. Since its upload, it has received 107 views. For similar materials see Gen Biol I: Cells in Biology at University of Oregon.

Similar to Biology 211 at UO


Reviews for Bio 211 Midterm 2 Study Guide


Report this Material


What is Karma?


Karma is the currency of StudySoup.

You can buy or earn more Karma at anytime and redeem it for class notes, study guides, flashcards, and more!

Date Created: 02/18/16
Bio 211 Midterm 2 Study Guide    **Lectures 10­18 and Labs 4­7  Quizlet lin  Password provided after purchase!    Aerobic vs. Anaerobic Harvest  ● Aerobic  ○ Happens in the mitochondria and site of cellular respiration  ○ Pyruvate Processing: No ATP produced, 2 CO2, and 2 NADH, and 2 Acetyl­  Co­A  ■ Put in: 2 NAD+, 2 COA, 2 pyruvate  ○ ETC: No ATP; no CO2, 10 NADH used up   ■ 2 NAD+ and 2 FAD  ○ Krebs Cycle: 2 ATP produced, 4 CO2, and 6 NADH, 2 FADH2  ○ Glycolysis:   ■ In: 4 ADP, 2 NAD+, and 2 ATP  ■ Out: 4 ATP, 2 NADH, 2 pyruvate  ● Anaerobic  ○ NO ATP  ○ 2 CO2 produced while 2 NADH is used up  ○ In humans: lactic acid formation  ■ Get out 2 lactate and 2 NAD+  ○ Alcoholic Fermentation  ■ Get out 2 ethanol, 2 CO2 and 2 NAD+  ○ grow much slower because they produce no ATP  Redox Reactions  ● Pyruvate Processing  ○ Pyruvate undergoes OXIDATION  ○ NADH is undergoing reduction because it accepts the electron from pyruvate  ● Oxygen undergoes reduction in the mitochondria          Photosynthesis  ● Parts of the chloroplast  ○ Inner and outer membranes  ○ Granum: stacks of thylakoids  ■ Within the thylakoid is the thylakoid  lumen and thylakoid membrane  ● ETC takes place in the thylakoid membrane  ○ Stroma:​space where the granum are located  ○ Intermembrane space: space in between the outer and inner membranes  ● Light Reactions  ○ Water enters the chloroplast through the stomata of the leaves and sunlight is  absorbed by chlorophyll which drives the transfer of electrons and hydrogen ions  from water to the acceptor NADP+  ○ Light excites the electrons on PS2 by oxidizing water and those electrons are  carried to Pq. The Hydrogen ions are used in the PMF  ○ Energy is stored in energy carriers and the high energy electron is passed along  the reaction centers. As they travel, they lose energy  ○ Then PS1: also absorbs light energy from the antenna complex which excites  electrons as well; here pheophytin is the electron acceptor. Once it has the  electrons needed it reduces NADP+ to NADPH  ○ ATP is produced during this cycle because the hydrogen ions from the PMF  provide the energy required to catalyze the reaction that produces ATP from ADP  and Pi  ○ Products: O2, ATP, and NADPH  ● Calvin Cycle  ○ Uses the ATP and NADPH from the light reactions to provide energy for the  reduction of CO2 to G3P  ○ ADP and NADP+ are regenerated by the Calvin Cycle and used again in the light  reactions  ○ 3 steps  ■ Fixation: carbon dioxide reactions with RuBP and produces 3PGA  ■ Reduction: 3PGA is phosphorylated by ATP and then reduced by  electrons from NADPH which produces G3P  ■ Regeneration: G3P acts as a substrate for reactions that use additional  ATP in regeneration of RuBP  ○ Inputs per glucose: 18 ATP, 12 NADPH, 6 CO2  ○ Products: 2 G3P, ADP, NADP+    (From “intro to photosynthesis”)    ● Photophosphorylation  ○ production of ATP by transformation of light energy to chemical energy via PMF  ○ Includes the steps of the ETC  ● The different photosystems  ○ Antenna complex, pigment molecules, pigment molecules, chlorophyll, and  reaction centers  ● Absorption spectrum of chlorophyll  ○ Absorbs red and blue and reflects green and yellow  ● What happens if a herbicide prevents electrons from being transferred from photosystem  2 to the electron carrier?  ○ no ATP can be made  ○ light reactions will not occur so no production of NADPH, thus causing the end of  photosynthesis  ● If two scientists are studying radioactiity of plant cells and one group is labeled as an  oxygen atom and the second group has cells growing with carbon dioxide with two  radioactive oxygen, where should the scientists look to find the radioactive oxygens in  group 1?  ○ in the oxygen gas given off. ater is split during the light­capturing reactions and  oxygen gas is given off as a biproduct  ○ Where should they look to find the radioactive oxygens in group 2?  ■ in the carbs made during the calvin cycle because a 5 carbon is reduced  to produce sugars  Genetic Structure  ● Central Dogma of Molecular Biology: DNA→ mRNA→ protein→ traits  ● Qualities of hereditary material  ○ contains info for organism’s cell structure, function, development, and  reproduction  ○ capable of variation so some mutation is acceptable  ○ must replicate accurately so not too much mutation  ○ In Eukaryotes: contained in the nucleus and proteins are made in the cytoplasm;  RNA is also made in the nucleus  ● Chromosomes are made up of DNA and proteins(histones)  DNA vs. RNA    Material  Sugar   Bases  Structure  H or  OH  DNA  Deoxyribose  A,T,C,G  double strand  H  RNA  Ribose  A,U,C,G  single strand  OH      ● DNA  ○ hydrogen bonds between base pairs  ○ covalent bonds between 3’ end of one nucleotide and the 5’ of the other  ○ strands run antiparallel  ○ negatively charged  ○ Major and Minor grooves  ■ Major groove provides more access to proteins  ○ If given a DNA strand with the sequence 5’ AATTCGCA 3’  ■ It’s complementary strand written 5’ to 3’ would be 5’ TGCGAATT 3’  ○ 5’ end occurs at the phosphate side while the 3’ is where the OH or H molecule is  located  ● RNA  ○ AZT  ■ has extra phosphate group and 3 Ns double bonded to each other  ■ Stops DNA synthesis because the AZT cannot form the phosphate link  between the nucleotides  ○ Single stranded  ○ Contains Uracil rather than Thymine  ● The Bases  ○ A and G are purines­ two ringed structures  ○ C, T, and U are pyrimidines­ 1 ring  ○ A and T or A and U, C and G pairs  DNA Replication  ● Semiconservative­ made up of one new strand and one old; strands separate and then  each strand is used as a template for synthesis of a new daughter strand  DNA synthesis  ● new nucleotides are added to the 3’ end  ○ energy comes from hydrolysis of the 2 end phosphates that are incoming  ● DNA polymerase makes DNA in the 5’ to 3’ direction  ○ enzyme  ● Replication fork  ○ where the strands form an opening and allows for replication in both directions  ○ Moves in opposite direction of the polymerase  ● Leading strand: made continuously from 5’ to 3’  ● Lagging strand: made in pieces but also 5’ to 3’   ○ known as the okazaki fragments  ○ made in opposite direction of the replication fork  ● To bring together the lagging strand, ligase is used to make a covalent bond between  phosphate of one fragment and the 3’ OH of the other  ● Helicase: unwinds the DNA  ● Primase​: makes RNA primer to prime DNA synthesis  ● DNA polymerase:​ makes new strand starting at the primer, removes the primer in the  front  ● Single­strand binding proteins: binds single­stranded DNA and keeps it stable  Mitosis and Chromosome Structure  ● Ploid: the number of sets of chromosomes  ○ Haploid is represented by N; diploid by 2N, and triploid by 3N and so forth  ■ In a haploid cell where N=4, that means there is only one set of four  ■ In a diploid cell if 2N=6, that means there are two groups of 3  chromosomes  ○ Haploid cells are found in prokaryotes and germ cells; diploid in somatic cells of  eukaryotes  ● Homologous chromosomes​ : identical in size, shape, and gene content  ○ diploid chromosomes are homologous but even though they are homologous  they made have alleles that code for different genes  ● Sister Chromati: DNA molecules that are exact copies of one another due to DNA  replication  ○ this would occur in the S phase  ○ Sister chromatids separate during M phase to become individual chromosomes   ○ each have their own DNA molecule  ○ A single chromatid is one stand of replicated chromosome  ● Centromere: structure that joins sister chromatids together  ● Karyotype  ○ Representation of our chromosomes from the M phase because chromosomes  are condensed  ● Centrosomes: organize the formation of the mitotic spindle  ● Cell cycle  ○ Interphase  ■ G1, S, G2, Go, and Terminal Differentiation  ● G1: The growth period; DNA not yet replicated  ○ Each chromosome is one DNA molecule and DNA is not  condensed  ● Go: only for cells that do not continue to divide  ○ cell is terminally differentiated or done dividing  ■ Ex. neurons  ● S: Synthesis, DNA is replicated( still uncondensed)  ● G2: Each chromosome consists of 2 DNA molecules; still  uncondensed  ○ sister chromatids  ○ M Phase  ■ Mitosis  ● Condensed and replicated DNA  ● PPMATC­ Please Prepare Macaroni And Triple Cheese  ○ Prophase, Prometaphase, Metaphase, Anaphase,  Telophase, Cytokinesis  ○ Prophase: Chromosome condenses and the mitotic spindle  forms; appears like a spaghetti bowl  ○ Prometaphase: Nuclear envelope breaks down and the  spindle fibers connect to the chromosome  ○ Metaphase: Chromosomes line up in the middle of the cell  forming what looks like a plate  ○ Anaphase: Microtubules attach to the centromeres and pull  the sister chromatids apart, pulling each one to different  sides  ○ Telophase: Nuclear envelope reforms and the  chromosomes begin decondensing  ○ Cytokinesis: Cytoplasm is divided and two new daughter  cells form   ● Cell Division checkpoints  ○ Controlled by genes  ○ some block while others promote cell cycle progression  ○ G1 checkpoint: passes if the nutrients are sufficient, presence of growth factors,  adequate cell size, and DNA is undamaged  ○ G2: Passes if there is successful chromosome replication, no DNA damage, and  activated MPF is present  ■ MPF: protein that stimulates the mitotic phase of cell cycle  ● promotes entrance into M phase by phosphorylating multiple  proteins needed during mitosis  ○ Metaphase checkpoint: if all chromosomes successfully attach to the mitotic  spindle  ● Cancer’s Relationship to the Cell Cycle  ○ Cancer cells divide and grow uncontrollably  ■ interferes with cells that work to promote cell division or inhibit cell division  ● Normal functions  ○ Proto­oncogenes: promote cell division  ○ Tumor­ suppressor genes inhibit cell division  ■ Apoptosis: cell death, blocked division  ○ Dominant gain of function mutations cause activity of proto­oncogenes to  become oncogenes that lead to cancer  ○ If cells are unable to die, this leads to cancer   ○ Cancer typically caused by one oncogene and several mutations in the  tumor­suppressor genes  ● Growth Factors  ○ proteins that bind to the cell membrane that regulate replication and growth  ○ Diffuse through body  ○ act by binding receptors  ■ receptors bind to different growth facto s ○ HER 2 is a gene involved in aggressive forms of breast cancer  ■ Herceptin is used as an antibody that interferes with the growth factor  receptor; triggers an immune reaction that targets the cells with the  antibodies  Protein Synthesis  ● Genotype: genetic makeup  ○ sequence of nucleotides accounts for the differences in characteristics of  individual organisms  ● Phenotype​: physical characteristics  ● Cystic Fibrosis  ○ Mucus buildup in the lungs  ○ Infections  ○ Salty sweat because sodium and chloride ions are not reabsorbed  ○ males are sterile because vas deferens does not form properly  ○ trouble digesting food  ○ early death  ○ CFTR is the protein that codes for CF  ■ transmembrane protein  ■ loss of function gene  ■ functions as channel across membrane of cells that produce mucus,  sweat, saliva, tears, and digestive enzymes  ■ transports negatively charged chloride ions  ■ controls movement of water which is a huge component of mucus  ● Nucleotide vs. Nucleoside  ○ Nucleoside: the bases  ○ Nucleotide: sugar, phosphate, and base  ● Transcription: DNA → mRNA  ○ Prokaryotes: transcription and translation both happen in the cytoplasm  ■ RNA transcribed 5’ to 3’  ■ DNA template read 3’ to 5’ in transcription   ○ Eukaryotes:   ■ Transcription  and RNA processing in the nucleus  ■ Translation in the Cytoplasm  ○ Steps for DNA to pre­mRNA  ■ Initiation  ● RNA polymerase causes DNA to unwind and the strands separate  ■ Elongation  ● Complementary RNA nucleotides bind to one DNA strand and  adjacent RNA nucleotides join forming single strands of RNA  ○ RNA is made in 5’ to 3’ direction  ■ Termination  ● RNA transcript is released  ○ Next:RNA processing of pre­mRNA to mature mRNA  ■ only occurs in eukaryotic cells  ■ Protects RNA from RNAses, helps recruit ribosomes once RNA is in  cytoplasm, removes RNA that shouldn't be translated  ■ Addition of 5’ cap to the 5’ end of a nucleotide  ■ Splicing: introns removed  ● Exons are translated  ○ Exons are both the DNA sequence within a gene and to  the corresponding sequence in RNA transcripts  ■ Addition of the poly­A tail to 3’end  ● not encoded by DNA  ● increases ribosome recruitment and translation and prevents  degradation of the 3’ end by RNAse  ● added by the Poly A Polymerase  ● Next step:TRANSLATION of mRNA to protein  ○ The promoter: sequence that tells RNA polymerase where to bind and which way  to go  ○ Regulatory regions: help recruit polymerase to the promoter  ○ Codons  ■ Start Codon: AUG  ■ STOP Codon: UGA, UAA, and UAG  ■ group of 3 bases that specify a particular amino acid  ○ Ribosomes  ■ complex of rRNA and proteins  ● small and large subunit and in between that is the tRNA  ■ 3 sites  ● Aminoacily site  ● Peptidyl site  ● Exit Site  ■ tRNA: single RNA strand  ● anticodon forms base pair with mRNA codon  ● amino acids attatch to the 3’ end   ● Codon sequence runs antiparallel  to the anticodon   ● If charged with an amino acid it is ​minoacyl tRNA  ● Aminoacyl tRNA synthetase joins a specific amino acid to tRNA  ○ tRNA brings the correct amino acids to the mRNA  ○ Steps  ■ Initiation  ● mRNA recruits small ribosomal subunits via the 5’ cap  ● ribosome scans for start codon AUG via attached Met­tRNA  ● large ribosomal subunit arrives  ● a site is available to the tRNA with next amino acid  ● This is the only time that the aminoacyl tRNA is directly next to the  P site  ■ Elongation   ● tRNAs deliver amino acids to growing polypeptide  ○ Peptide bond formation  ■ peptide bond forms between the new amino acid in  the A site and the growing polypeptide in the P site  ■ Termination  ● when a stop codon is reached on the mRNA, a release factor is  accepted in the A site  ● release factor hydrolyzes the completed polypeptide from the  tRNA in the P site  ● two ribosomal subunits disassemble  ● Genomic vs. Complementary DNA  ○ Genomic: DNA as it is found in the organism, including introns and regulatory  regions  ○ Complementary: DNA representation of the mature mRNA sequence  ■ no introns, promoters, or regulatory regions; just exons      HW Example:   Electrons that enter the light reactions of photosynthesis can be traced through all the photosynthesis  processes ending up in a molecule that can be later used in respiration. These same electrons can then be  tracked through the processes of respiration.  H20­­> PS2­­> PS1­­> NADPH­­>G3P­­> NADH­­> Complex 1­­> ubiquinol­­> H20 


Buy Material

Are you sure you want to buy this material for

50 Karma

Buy Material

BOOM! Enjoy Your Free Notes!

We've added these Notes to your profile, click here to view them now.


You're already Subscribed!

Looks like you've already subscribed to StudySoup, you won't need to purchase another subscription to get this material. To access this material simply click 'View Full Document'

Why people love StudySoup

Jim McGreen Ohio University

"Knowing I can count on the Elite Notetaker in my class allows me to focus on what the professor is saying instead of just scribbling notes the whole time and falling behind."

Anthony Lee UC Santa Barbara

"I bought an awesome study guide, which helped me get an A in my Math 34B class this quarter!"

Steve Martinelli UC Los Angeles

"There's no way I would have passed my Organic Chemistry class this semester without the notes and study guides I got from StudySoup."

Parker Thompson 500 Startups

"It's a great way for students to improve their educational experience and it seemed like a product that everybody wants, so all the people participating are winning."

Become an Elite Notetaker and start selling your notes online!

Refund Policy


All subscriptions to StudySoup are paid in full at the time of subscribing. To change your credit card information or to cancel your subscription, go to "Edit Settings". All credit card information will be available there. If you should decide to cancel your subscription, it will continue to be valid until the next payment period, as all payments for the current period were made in advance. For special circumstances, please email


StudySoup has more than 1 million course-specific study resources to help students study smarter. If you’re having trouble finding what you’re looking for, our customer support team can help you find what you need! Feel free to contact them here:

Recurring Subscriptions: If you have canceled your recurring subscription on the day of renewal and have not downloaded any documents, you may request a refund by submitting an email to

Satisfaction Guarantee: If you’re not satisfied with your subscription, you can contact us for further help. Contact must be made within 3 business days of your subscription purchase and your refund request will be subject for review.

Please Note: Refunds can never be provided more than 30 days after the initial purchase date regardless of your activity on the site.