New User Special Price Expires in

Let's log you in.

Sign in with Facebook


Don't have a StudySoup account? Create one here!


Create a StudySoup account

Be part of our community, it's free to join!

Sign up with Facebook


Create your account
By creating an account you agree to StudySoup's terms and conditions and privacy policy

Already have a StudySoup account? Login here

Bio Exam 3

by: Manaswini Mattegunta

Bio Exam 3 BIO 1362

Manaswini Mattegunta

Preview These Notes for FREE

Get a free preview of these Notes, just enter your email below.

Unlock Preview
Unlock Preview

Preview these materials now for free

Why put in your email? Get access to more of this material and other relevant free materials for your school

View Preview

About this Document

Chapters 14,15.1,16.1,20,21 Transcription and translation Phylogeny
Intro to biological sciences
Dr. Cheek
Study Guide
50 ?




Popular in Intro to biological sciences

Popular in Department

This 12 page Study Guide was uploaded by Manaswini Mattegunta on Tuesday April 19, 2016. The Study Guide belongs to BIO 1362 at University of Houston Downtown taught by Dr. Cheek in Spring 2016. Since its upload, it has received 79 views.


Reviews for Bio Exam 3


Report this Material


What is Karma?


Karma is the currency of StudySoup.

You can buy or earn more Karma at anytime and redeem it for class notes, study guides, flashcards, and more!

Date Created: 04/19/16
genes & Evolution  Chapters 14, 15.1 & 16.1, 20, 21,   Chapter 14  Central Dogma of Molecular Biology     Eukaryote   Transcription occurs in the nucleus, translation occurs  in the cytoplasm   Deoxyribose       Gene expression  Is the process by which DNA directs the synthesis of  proteins ( or in some cases, just the RNAs)   Facts!  ● Archibald Garrod was the first to suggest that  genes dictate phenotypes through enzymes  that catalyze specific chemical reactions in the  cell.  ● The term codon is also used for the DNA  nucleotide triplets along the nontemplate  strand  ● The first codon was deciphered in 1961 by  Marshall Nirenberg (UUU)   The one gene–one protein hypothesis  Based on results from work in their lab on nutritional  mutants, Beadle and Tatum​  proposed that the  function of a specific gene is to dictate production of a  specific enzyme that catalyzes a particular reaction.  states that the function of a gene is to dictate the  production of a specific enzyme  Transcription  is the synthesis of RNA using information in the  DNA. The two nucleic acids are written in different  forms of the same language, and the information is  simply transcribed, or “rewritten,” from DNA to RNA  messenger RNA (mRNA)   because it carries a genetic message from the DNA to  the protein­synthesizing machinery of the cell.  Translation   is the synthesis of a polypeptide using the information  in the mRNA.The cell must translate the nucleotide  sequence of an mRNA molecule into the amino acid  sequence of a polypeptide    Ribosomes are the translation sites  primary transcript.   The initial RNA transcript from any gene, including  those specifying RNA that is not translated into  protein is called primary transcript  Triplet code   The genetic instructions for a polypeptide chain are  written in the DNA as a series of nonoverlapping,  three­nucleotide words.    template strand   it provides the pattern, or template, for the sequence of  nucleotides in an RNA transcript.  codons   The mRNA nucleotide triplets are called codons, and  they are customarily written in the 5′→ 3′ direction  RNA polymerase    An enzyme called an RNA polymerase pries the two  strands of DNA apart and joins together RNA  nucleotides complementary to the DNA template  strand.  THEY DON’T NEED A PRIMER  Promoter   The DNA sequence where RNA polymerase attaches  and initiates transcription is known as the promoter   terminator   the sequence that signals the end of transcription  transcription unit   The stretch of DNA that is transcribed into an RNA  molecule    Facts!  Bacteria have single type of RNA polymerase that  synthesis not only mRNA but also other types  In contrast, eukaryotes have at least three types of  RNA Polymerase  Transcription factors  In eukaryotes, a collection of proteins called  transcription factors mediate the binding of RNA  polymerase and the initiation of transcription.    Transcription initiation complex   The whole complex of transcription factors and RNA  polymerase II bound to the promoter is called a  transcription initiation complex  RNA splicing  A stage of RNA processing in the eukaryotic nucleus  is the removal of large portions of the RNA molecule  that is initially synthesized—a cut­and­paste job   Introns   The noncoding segments of nucleic acid that lie  between coding regions are called intervening  sequences, or introns.  Exons  The regions that code are called exons. THey are  called exons because they are eventually expressed.  Spliceosome  The removal of introns is accomplished by a large  complex made of proteins and small RNAs.  Transfer RNA  The message is a series of codons along an mRNA  molecule, and the translator is called transfer RNA  (tRNA).  Main function is to transfer amino acids from  cytoplasmic pool to growing polypeptide.  Anticodon  The particular nucleotide triplet that base­pairs to a  specific mRNA codon.   Signal­recognition particle (SRP)  The signal peptide, a sequence of about 20 amino  acids at or near the leading end (N­terminus) of the  polypeptide, is recognized as it emerges from the  ribosome by a protein­RNA complex called a  signal­recognition particle (SRP). This particle  functions as an escort that brings the ribosome to a  receptor protein built into the ER membrane.   Mutations   Responsible for the huge diversity of genes found    among organisms because mutations are the ultimate    source of new genes  Point Mutations  ­ changes in a single nucleotide pair of a gene.      Nucleotide­pair Substitution  ­ replacement of one nucleotide and its partner    with another pair of nucleotides   Substitution     ­ Silent mutation   ­ which has no observable effect on the    phenotype  ­ Missense mutations   ­ Substitutions that change one amino acid to    another one   ­ Nonsense Mutation  ­ a point mutation can also change a codon for    an amino acid into a stop codon.      Insertion or deletion  Insertions and deletions are additions or losses of    nucleotide pairs in a gene       ­ Frameshift  The # of nucleotides inserted or deleted is not a    multiple of three   ­ Immediate ( 1 pair insertion)    ­ Extensive (1 pair deletion)  ­ No frameshift (missing amino acid)    Spontaneous mutations   The incorrect base will be used as a template in the  next round of replication, resulting in a mutation. Such  mutations are called spontaneous mutations.       The P site (peptidyl­tRNA binding site) holds the tRNA carrying the growing polypeptide chain, while  the A site (aminoacyl­tRNA binding site) holds the tRNA carrying the next amino acid to be added to the  chain. Discharged tRNAs leave the ribosome from the E site (exit site).   The nucleotide base triplets UAG, UAA, and UGA do not code for amino acids but instead act as signals  to stop translation.    ● In a bacterium, the RNA transcript is immediately usable as mRNA; in a eukaryote, the  RNA transcript must first undergo processing.   ●  eukaryotic promoter commonly includes a TATA box,   ●  During RNA processing, both ends of the primary transcript are altered.  ● The 5′ end is synthesized first; it  receives a 5′ cap, a modified form of  a guanine   ●  At the 3′ end, an enzyme adds  50–250 more adenine (A)  nucleotides, forming a poly­A tail.   Chapter 15.1 and 16.1  This picture is about the tryptophan  First, cells can adjust the activity of the enzymes  that are already present  Second, cells can adjust the production level of  certain enzymes; that is, they can regulate the  expression of the genes encoding the enzymes.     One basic mechanism for this control of gene  expression in bacteria, described as the operon  model, was discovered in 1961 by François Jacob  and Jacques Monod     Operator    The switch is a segment of DNA called an  operator. Positioned within the promoter or, in  some cases, between the promoter and the  enzyme­coding genes, the operator controls the  access of RNA polymerase to the genes.       Enchancer  In genetics, an enhancer is a short (50­1500 bp)  region of DNA that can be bound by proteins  (activators) to activate transcription of a gene.  These proteins are usually referred to as  transcription factors.  Operon  DNA sequence on a prokaryotic chromosome  including (in 3’ to 5’ order): a promoter,  operator, enzymes  Repressor  The operon can be switched off by a protein  called repressor  Regulatory gene  Changing the transcription or translation changes  amount of mrna and potentially amount of  proteins  Inducible Gene Expression  Transcription of the operon occurs when  environmental conditions induce( turn on)  transcription   corepressor   a small molecule that cooperates with a repressor  protein to switch an operon off.   Inducer     Differentiation   the process by which cells become specialized in  structure and function.  morphogenesis,    The physical processes that give an organism its  shape constitute morphogenesis, the development  of the form of an organism and its structures.   Cytoplasmic determinants  Maternal substances in the egg that influence the  course of early development  Induction   Such signals cause changes in the target cells, a  process called induction    Chapter 21  Microevolution  We can define evolution on its smallest scale,  called microevolution, as a change in allele  frequencies in a population over generations.   Genetic Variation  Differences among individuals in the composition  of their genes or other DNA sequences.  Hardy­Weinberg principle  Describes the expected frequency of genotype in a  population for a single locus only with 2 alleles     This principle states that the frequencies of  alleles and genotypes in a population will remain  constant from generation to generation, provided  that only Mendelian segregation and  recombination of alleles are at work(textbook  version)  Population  A group of individuals of the same species that  live in the same area and interbreed, producing  fertile offspring.  Gene Pool   consists of all copies of every type of allele at  every locus in all members of the population.   If only one allele exists for a particular locus in a  population, that allele is said to be fixed in the  gene pool, and all individuals are homozygous for  that allele.  If multiple are present then individuals  might be either homozygous or heterozygous.    Conditions for Hardy­Weinberg Equilibrium    Conditions for Microevolution  Change in allele frequency in a population over  generation  A. Genetic Variation  B. Random selection  a. Genetic drift  b. Gene flow  C. Natural selection  D. Sexual selection  Genetic Variation  Individuals of a population differ in their genetic  make up   1. Mutation  2. Sexual reproduction  a. Crossing Over  b. Independent assortment of  homologous chromosomes  c. fertilization.  Gene drift  Random events that change allele frequency  without regard to whether traits provide a  reproductive advantage.  1. Genetic drift is significant in small  populations  2. Can cause allele frequencies to change at  random  3. Can lead to loss of genetic variation  within populations  4. Can cause harmful alleles to become  fixed  founder effect  When a few individuals become isolated from a  larger population, this smaller group may  establish a new population whose gene pool  differs from the source population   bottleneck effect  A sudden change in the environment, such as a  fire or flood, may drastically reduce the size of a  population. A severe drop in population size can  cause the bottleneck effect, so named because the  population has passed through a “bottleneck” that  reduces its size   ● Bottlenecking a population tends to  reduce genetic variation.    Gene flow  The transfer of alleles into or out of a population  due to the movement of fertile individuals or their  gametes  Occurs when conditions favor individuals at one  extreme of a phenotypic range, thereby shifting a  population’s frequency curve for the phenotypic  character in one direction or the other     Directional selection   Disruptive selection Occurs when conditions favor individuals at both  extremes of a phenotypic range over individuals  with intermediate phenotypes    Stabilizing selection  Acts against both extreme phenotypes and favors  intermediate variants. This mode of selection  reduces variation and tends to maintain the status  quo for a particular phenotypic character    Selection pressure  some aspect of the env’t that reduces survival &  repro of a phenotype    Chapter 20    Phylogeny   Evolutionary relationships among organisms  Inferred by comparing traits between potential  close relatives  classification  Hierarchy of more inclusive categories  Taxon  Named unit at any level of hierarchy  Kingdom ­­­> Phylum ­­­> Class ­­­> Order ­­­>  Family ­­­> Genus ­­­> Species  Sister Taxa   groups of organisms that share an immediate  common ancestor and hence are each other’s  closest relatives    Basal Taxa  refers to a lineage that diverges early in the  history of a group and hence, lies on a branch that  originates near the common ancestor of the group.    homologies   phenotypic and genetic similarities due to shared  ancestry are called homologies  analogy  A potential source of confusion in constructing a  phylogeny is similarity due to convergent  evolution  Inferring relationships  Comparing traits between potential close relatives  1. Morphology  2. Biochemistry  3. Pattern of embryonic development  4. DNA sequence data  Basal Taxon outage  Taxa that are each other's closest relatives because  they share an immediate common ancestor.  Cladistics   common ancestry is the primary criterion used to  classify organisms.   Using this methodology, biologists attempt to  place species into groups   called clades, each of which includes an ancestral  species and all of its descendants         Shared ancestral character   a character that originated in an ancestor of the  taxon.  Shared derived character  an evolutionary novelty unique to a clade  Characters different from ancestors and unique to  the clade.  Clade   Complete group of descendents from a single  ancestor.  Outgroup    An outgroup is a species or group of species from  an evolutionary lineage that is known to have  diverged before the lineage   Parsimony   Simplest explanation is the most likely     


Buy Material

Are you sure you want to buy this material for

50 Karma

Buy Material

BOOM! Enjoy Your Free Notes!

We've added these Notes to your profile, click here to view them now.


You're already Subscribed!

Looks like you've already subscribed to StudySoup, you won't need to purchase another subscription to get this material. To access this material simply click 'View Full Document'

Why people love StudySoup

Jim McGreen Ohio University

"Knowing I can count on the Elite Notetaker in my class allows me to focus on what the professor is saying instead of just scribbling notes the whole time and falling behind."

Allison Fischer University of Alabama

"I signed up to be an Elite Notetaker with 2 of my sorority sisters this semester. We just posted our notes weekly and were each making over $600 per month. I LOVE StudySoup!"

Jim McGreen Ohio University

"Knowing I can count on the Elite Notetaker in my class allows me to focus on what the professor is saying instead of just scribbling notes the whole time and falling behind."


"Their 'Elite Notetakers' are making over $1,200/month in sales by creating high quality content that helps their classmates in a time of need."

Become an Elite Notetaker and start selling your notes online!

Refund Policy


All subscriptions to StudySoup are paid in full at the time of subscribing. To change your credit card information or to cancel your subscription, go to "Edit Settings". All credit card information will be available there. If you should decide to cancel your subscription, it will continue to be valid until the next payment period, as all payments for the current period were made in advance. For special circumstances, please email


StudySoup has more than 1 million course-specific study resources to help students study smarter. If you’re having trouble finding what you’re looking for, our customer support team can help you find what you need! Feel free to contact them here:

Recurring Subscriptions: If you have canceled your recurring subscription on the day of renewal and have not downloaded any documents, you may request a refund by submitting an email to

Satisfaction Guarantee: If you’re not satisfied with your subscription, you can contact us for further help. Contact must be made within 3 business days of your subscription purchase and your refund request will be subject for review.

Please Note: Refunds can never be provided more than 30 days after the initial purchase date regardless of your activity on the site.