New User Special Price Expires in

Let's log you in.

Sign in with Facebook


Don't have a StudySoup account? Create one here!


Create a StudySoup account

Be part of our community, it's free to join!

Sign up with Facebook


Create your account
By creating an account you agree to StudySoup's terms and conditions and privacy policy

Already have a StudySoup account? Login here

Bio 2 Final Review

by: Simrat Kaur

Bio 2 Final Review BIOL 1362

Marketplace > University of Houston > Biology > BIOL 1362 > Bio 2 Final Review
Simrat Kaur

Preview These Notes for FREE

Get a free preview of these Notes, just enter your email below.

Unlock Preview
Unlock Preview

Preview these materials now for free

Why put in your email? Get access to more of this material and other relevant free materials for your school

View Preview

About this Document

This is a review for the bio 2 final
Biology 2
Study Guide
50 ?




Popular in Biology 2

Popular in Biology

This 26 page Study Guide was uploaded by Simrat Kaur on Friday April 29, 2016. The Study Guide belongs to BIOL 1362 at University of Houston taught by CHEEK in Spring 2016. Since its upload, it has received 49 views. For similar materials see Biology 2 in Biology at University of Houston.


Reviews for Bio 2 Final Review


Report this Material


What is Karma?


Karma is the currency of StudySoup.

You can buy or earn more Karma at anytime and redeem it for class notes, study guides, flashcards, and more!

Date Created: 04/29/16
Final Exam Review  Biodiversity – Chapters 24 ­ 27  ● List characteristics shared by Archaea & Bacteria, but not Eukarya  ○ No nuclear envelope  ○ No membrane bound organelles  ○ One (1) circular chromosome  ● List characteristics shared by Archaea & Eukarya, but not Bacteria  ○ No peptidoglycan cell wall  ○ More than 1 (>1) RNA polymerase  ○ Initiator amino acid: methionine  ○ No ribosome assembly sensitive to antibiotics  ● List characteristics unique to each domain  ○ Archaea  ■ Extremophiles: can live in harsh environments (salty, hot, freezing)  ■ Methanogens: producers, use CO​  to oxidize H​ to CH​, hydrothermal vents, cow and  2​ 2​ 4 ​ termite guts  ■ Growth at temperatures greater than 100°C  ○ Bacteria  ■ Peptidoglycan cell wall  ■ One (1) RNA polymerase  ■ No introns or histones  ○ Eukaryotes  ■ Nuclear envelope  ■ Membrane bound organelles  ■ No circular chromosomes  ■ Many introns, one histone  ● Histones are proteins that coil with DNA  ● Introns are noncoding DNA sequences       Bacteria  Archaea  Eukarya  nuclear envelope  0  0  1  membrane­bound organelles  0  0  1  circular chromosome  1  1  0  peptidoglycan cell wall  1  0  0  RNA polymerase  1  >1  >1  initiator aa  formyl Met  Met  Met  Ribosome assembly sens to antibio1 cs  0  0  growth at > 100°C  0  1  0  membrane lipids  unbranched hc tail  some branched hc tail unbranched hc tail  introns  rare  some  many  histones  0  0/1  1      ● Name the 5 kingdoms within Domain Bacteria and be able to draw a phylogenetic tree showing  relationships among the 5 kingdoms  ○ Proteobacteria  ■ Salmonella  ■ ­ Vibrio  ■ ­ Helicobacteria pylori  ■ ­ Rhizobium  ○ Chlamydia   ○ Spiro­ parasitic   ■ Barrelia burgdorferi  ■ Treponema pallidum  ○ Cyano=parasitic   ■ lichen  ○ GramPositive  ■ ­ Streptomyces  ■ ­ Bacillus antrhacis  ■ ­ Clostridium botulinum  ●   ● Know the kingdom for each species of bacteria listed in lecture  ●   ● Know characteristic that differentiates gram­positive and gram­negative bacteria and which  kingdoms belong to which category  ○ Gram­positive  ■ No additional membrane covering cell wall  ■ thick layer of peptidoglycan  ■ dark stained  ■ Pathogenic vs. Nonpathogenic  ○ Gram­negative  ■ Proteobacteria  ■ Cell wall, thin layer of  peptidoglycan, with additional  membrane  ■ Autotrophs (chemo and photo) vs.  Heterotrophs can be pathogenic  vs. nonpathogenic  ■ Pathogenic vs nonpathogenic  ● Name the 4 supergroups within Domain  Eukarya and be able to draw a phylogenetic  tree showing relationships among the  supergroups  ○ Animalia  ○ Fungi  ○ Plant   ○ Charophyte algae     ● Know the supergroup to which each  single­celled eukaryote listed in lecture  belongs    ● Explain what the branching pattern on a  phylogenetic tree indicates about evolutionary  relationships  ○ The branch point represents a pattern of divergence  ○ unknown shared traits     ● Compare phylogenetic trees to see if they represent the same or different relationships between  groups    ● Use a phylogenetic tree to identify which groups descend from a more recent or more ancient  common ancestor                        ● Define the ancestral characteristics that  unite the Archaeplastida  ○ Shared with green algae: chlorophyll a and b    ● Define the shared derived traits that unite  the plant kingdom  ○ Alternation of generations­fertilization  ○ Sporangia­multicellular organs that  produce desiccation resistant spores   ○ Gametangia­embryo  ○ Apical meristem­ cell division at the tip  of the root    ● Draw the cycle of alternation of generations  – name each generation, indicate ploidy (1n  or 2n) and type of cell division that produces  the single cells that develop into the next  generation    ● Name the 7 phyla within Kingdom Plantae and  be able to match the name of plants listed in  lecture to the correct phylum  ○ Liverworts  ○ Hornworts  ○ Mosses­  ○ Lycophytes  ○ Monilophytes  ○ Gymnosperms  ○ Angiosperms    ● Dra​w a phylogenetic tree showing relationships  among the 7 plant phyla  ● Draw a phylogenetic tree showing relationships among these animal phyla:  Porifera, Cnidaria,  Chordata, Mollusca, Annelida, Nematoda, Arthropoda    ● Be able to indicate on the phylogenetic  tree which groups are part of the  BilateriaDe​uterostomia,  Lophotrochozoa, Ecdysozoa    ● List ancestral characteristics common  to all animals and choanoflagellates,  distinguish animals from  choanoflagellates by shared derived  characteristic of animals  ○ Genes encoding rRNA  ○ Chaperone proteins  ○ Tubulin    ● List and map shared derived  characteristics of Eumetazoa, Bilateria,  Deuterostomia, and the ​rotostomes  onto a phylogenetic tree    ● List the 4 protostome phyla discussed in lecture  ○ Ecdysozoa  ○ Lophotrochozoa  ○ Cnidaria  ○ Deuterostomes    ● List shared derived characteristics of Lophotrochozoaand list 2 phyla that belong to this group  ○ Spiral cleavage pattern of embryonic cells  ○ Hox genes  ○ Annelida and Mollusca    ● List shared derived characteristics of Ecdysozoa and 2 phyla that belong to this group  ○ Shedding exoskeleton to grow larger  ○ Invertebrates  ○ Arthropoda and Nematoda    ● List the 4 classes of arthropods and be able to match the name of arthropods listed in class (and  in the Life video) to the correct class  ○ Chelicerata  ○ Myriapoda  ○ Crustacea  ○ Insecta                Darwin and Natural Selection:  Chapter 19  ● Describe Lyell’s ideas about geologic processes and inferences about Earth’s age  ○ Lyell believed that geologic processes operate today at the same rate as in the past.    ● Compare & contrast Lamarck’s ideas vs Darwin’s idea regarding mechanisms of change in living  organisms   ○ Lamarck  ■ Species can change into new species  ■ Use and disuse  ■ Inheritance of acquired characteristics  ○ Darwin  ■ Adaptation  ■ Species are changing due to natural selection  ■ Survival of the fittest  ■ Descent with modification: all species descend from a common ancestor  ■ Artificial Selection    ● Define ​descent with modification   ○ All living spp descended from one ancestor    ● List and recognize examples of descent with modification in living organisms, both within and  between species, and fossil organisms    ● Define 2 conditions necessary for natural selection and give examples that satisfy each condition  ○ Variation in inherited traits  ○ More offspring than environment can support    ● Evaluate conditions under which natural selection could occur    ● Understand that natural selection acts on individuals, but causes changes in populations    ● Compare and contrast natural selection and artificial selection:  conditions necessary, selection  pressure, result  ○ Both: variation in heritable trait   ○ Artificial selection  ● ­ trait desired by humans  ● ­ desired trait increases   ○ Natural selection  ● ­ selection pressure  ● ­ trait desired by environment  ● ­ favorable trait increases    Chapters 11:  Heredity  ● Define Mendel’s Law of segregation   ○ Principles that governs heredity    ● Define Mendel’s Law of independent assortment   ○ When two or more characteristics are inherited,  individual hereditary factors assort independently  during gamete production, giving different traits an  equal opportunity of occurring together.  ● Monohybrid cross ​– use Punnett square to detail possible genotype of gametes and progeny and  indicate progeny phenotypes   ○ Two individuals­ two or multiple alleles for a single locus.    ● Dihybrid cross – ​use Punnett square to show possible genotypes of gametes and progeny and indicate  progeny phenotype  ○ Cross between two different lines (varieties, strains) that differ in two observed traits.    ● Identify dominant or recessive modes of inheritance from the notation ​(example:  A is the dominant  allele, a is the recessive allele)    ● Analyze a pedigree to determine whether a trait is dominant or recessive   ○­PBA.pdf  ■ D​ominance ​­ whether the disease alleles are dominant or recessive; (2)  ■ Linkage­ whether disease alleles are X­linked or autosomal  ■  ​ utosomal chromosomes  ­ The 22 chromosome pairs other than the XX (female) or  XY (male) sex chromosomes.   ■ Allele ­ A version of a gene. Humans have 2 alleles of all their autosomal genes;  females have 2 alleles of X­ linked genes; males have one allele of X­linked genes (and  one allele of Y­linked genes).  ■ Recessive­if any affected individual has 2 unaffected parents.   ■ Dominant­ if every affected child of non­founding parents has an affected parent.     ● Use information in a pedigree to determine genotype and calculate the probability of a dominant  or recessive trait being inherited by a son or daughter    ● Use a Punnett square to figure out possible gamete genotype and progeny genotypes for  autosomal traits    ● Use genotype and phenotype of parents to figure out genotype and phenotype of offspring (vice  versa)    ● Use correct notation for dominant, recessive, co­dominant, wild­type, mutant, sex­linked  ○ co­dominant​­ relationship between two versions of a gene.   ○ wild­type­ characteristic that prevails among individuals in natural conditions, as distinct from  an atypical mutant type.  ○ mutan​t­ organism or a new genetic character arising or resulting from an instance of mutation,  which is a base­pair sequence change within DNA or chromosome  ○ sex­linked­ trait associated with gene that is carried only by male or female parent.     ● Define gene, locus, and allele.  Know how many alleles an individual diploid organism can have  for each locus.   ○ Gene: the biological code of all traits  ○ Locus: location on a chromosome where a gene sits  ○ Allel: version of gene that codes for specific version of a character  ○ An individual can have 2 alleles, one from each parent, in each locus.      ● Explain why the number of alleles per gene in an individual can be different from the number of  alleles per gene in a population  ○ An individual has one allele per gene in each chromosome, meaning the individual exhibits only  one trait.    Vocabulary  Phylogenetic tree­​ branching diagram representing the evolutionary history, group of organisms  Archaea­​ unicellular prokaryot distinguished by cell walls made of certain polysaccharides not found  in bacterial or eukaryotic cell walls   plasma membranes composed of unique isoprene­containing phospholipids,   ribosomes and RNA polymerase similar to those of eukaryotes  Bacteria­ consisting of unicellular prokaryotes distinguished by cell walls   composed largely of peptidoglycan,   plasma membranes similar to those of eukaryotic cells,   ribosomes and RNA polymerase that differ from those in archaeans or eukaryotes.  Eukarya­​ unicellular to multicellular organisms that have a membrane­bound nucleus containing  several chromosomes. Sexual reproduction is common.   Cyanobacteria­ ​unicellular organisms  photosynthetic  oldest fossil autotroph  ancestor of chloroplast  form soil crust  forms a symbiotic relationship with fungi resulting in lichen  early cyanobacteria began releasing oxygen into the Earth’s atmosphere. With this rising  concentration of atmospheric O2, several prokaryotic groups went extinct  Excavata­ Feeding groove along one side of cell  mitochondria that do not use O2  many are heterotrophs and many are parasites  Giardia Intestinalis ­ intestinal parasite in mammals, transmitted by infected feces  Trypanosoma ­ parasite that causes sleeping sickness in mammals; transmitted by tsetse fly  bites.  Stramenopile­unicellular diatoms  2­part silicon dioxide wall  Photosynthetic  Alveolate­ Dinoflagellates  Photosynthetic  Some are symbiotic with corals (ex. Cnidaria)  Red tide  Some are bioluminescent  Plastid­ organelle surrounded by multiple organelles  Diatom­​ unicellular, major group of algae  Dinoflagellate­​Photosynthetic  Some are symbiotic with corals (ex. Cnidaria)  Red tide  Some are bioluminescent  Giardia­intestinal parasite in mammals, transmitted by feces  Trypanosoma­​ parasite that causes sleeping sickness in mammals, transmitted by tsetse fly bites  Plasmodium­ ​causes malaria  Autotroph­ able to make its own food and energy  Heterotroph­Consumes other organisms for energy  Saprotroph­ acquiring energy by absorbing nutrients from the environment  Archaeplastida­land plants  Ancestral characteristishared by the ancestral and current descendants   Shared­ derived trait shared by descendants   Apical meristem­cell division at roots   Sporangia­ multicellular organs that produce desiccation­resistant spores  Gametangia­​ either makes  eggs OR sperm  Sporophyte­ is dominant generation, spores develops into a microscopic gametophyte within the  parent sporophyte   Gametophyte­ ​produces sperm or egg  Sporopollenin­ resistant polymer that prevents spore from drying out or being crushed  Unikonta­ Fungi/Animalia  Metazoa­ ​nimalia  Eumetazoa­​ eukaryotic clad in Kingdom Animalia that contains most major groups  Bilateria two­sided symmetry  Lophotrochozoa­ ​Spiral cleavage pattern of embryonic cells  Hox genes  Annelida and Mollusca  Ecdysozoa­ ​hedding of the exoskeleton to grow larger   Gastrulation tissue formation  Mycorrhizae­ symbiotic relationship between fungus and plant roots  Adaptation­inherited trait that enhances survival and reproduction in the envi  Natural selectionDarwin  mechanism of descent with modification  Individuals that inherit certain traits will survive better and produce more offspring in current  local environment  Artificial selectiintentional reproduction of individuals to have certain traits  Evolution­ theory that individuals descend from a common ancestor into better and more diverse forms  Homology­ ​existence of shared characteristics between structures or genes in different species.  Analogy­  similarity of function and resemblance of structures that have different origins  Biogeography­ ​tudy of species in different environments  Hutton­ Earth’s physical features are changing   Lyell Geological process operate today at the same rate as the past  Lamarck­S​pecies can change into  new species   Cuvier­Species go extinct due to a catastrophe  Extant­opposite of extinct   Allelealternative version of the gene   Blending hypothesis­mixing of the two parents   Particulate hypothesismixing of the particles   Character­varies between individuals  Trait​ariant of character   P generation­​arent  F1 generation­​st offspring  F2 generation­​nd offspring  Law of segregation Alleles separate from each other in the formation of gametes  Law of independent assortment­ Individual hereditary factors assort independently, so it gives an  equal chance of occurring together  Genotype­​enetic makeup  Phenotype​­ What they look like   Dominant allel­ is heterozygous for that trait, or possesses one of each allele, then the dominant trait  is expressed.   Recessive alleleis only expressed if an organism is homozygous for that trait, or possesses two  recessive alleles.  Heterozygous­ having 2 different versions of hereditary particles for a character  Homozygous​ ­ having the same version of hereditary particles for a character  Punnett square­method to predict possible combinations of gametes and offspring  Monohybrid cross­ one mixture of traits  Dihybrid cross­mating between parents heterozygous for 2 characters      Chapters 9 & 10:  Cell division  ● Cell cycle:  name the phases, describe the events in each pha​now relative length of each  phase with the cycle  ● Interphase ­ 90% of the cell cycle, high metabolic activity. The cell grows by producing proteins and  organelles, and chromosomes are replicated, Nucleoli are present  ○ G1 ­This is the portion of the cell cycle just after division, but before DNA  synthesis. The cell grows by producing proteins and organelles  ○ S phase  ■ DNA synthesis (or replication) occurs during this phase. At the  beginning of the phase, each chromosome is single. At the end,  after DNA replication, each chromosome consists of two sister  chromatids.  ■ most DNA from the cell cycle.   ● # of chromosomes = 4  ● # of DNA =8  ● # of sister chromatids = 4  ○ G2​­ growth and preparation for cell division     ● M phase ­Cell division occurs during this short phase, which generally involves two discrete processes:  the contents of the nucleus (mainly the duplicated chromosomes) are evenly distributed to two daughter  nuclei, and the cytoplasm divides in two.  ● Mitosis­​ivision of chromosomes of the nucleus occurs. ​he chromosomes  that have been replicated are distributed to two daughter nuclei.  ■ Prophase   ● include the condensation of chromatin and the dispersal of  nucleoli  ● Spindle forms   ● Centrosomes begins to move away from each other  ● ­Chromosomes become visible the chromatin fibers  become discrete chromosome  ■ Prometaphase   ● the attachment of spindle fibers to kinetochores.  ● Spindle fibers attach to kinetochores  ■ Metaphase ­chromosomes align along the metaphase plate.  ■ Anaphase  ● Centromeres divide and sister chromatids become  full­fledged chromosome, sister chromatids separate and  daughter chromosomes migrate to opposite poles.  ● centromeres come apart, and sister chromatids become  full­fledged chromosomes, which migrate to opposite poles  of the cell.  ■ Telophase​­both nuclear envelopes+nucleoli reform.  ● Cytokinesis:​plant vs animal   ○ Cytoplasm divides in two  ○ Cytokinesis in plant cells involves the formation of a cell plate.  ○ Cytokinesis in animal cells involves formation of a cleavage furrow.  ○ each one has:   ■ # of chromosomes = 4,   ■ # of DNA =8)    ● Cell division:  list the 3 main steps required, list the 3 major functions of cell division  ○ Roles of Cell Division   ■ Reproduction (equal distribution of genetic material to two daughter cells)   ■ Growth; sexually reproducing organisms develop from a single cell  ■ Renewal and Repair: replacing cells that die from normal wear and tear or accidents    ● Mitosis in eukaryotes: Identify the ploidy level at the beginning and end of cell division; Name  the 5 phases and describe the events in each phase, including what happens to chromosomes,  nucleus, and cytoskeleton    ● Explain how chromosomes move along spindle & where spindle attaches  ○ Motor proteins and the elongating and shortening of spindle attaches     ● Identify organs in which mitosis occurs.  ○ every organ except the nervous system (brain and nerves)   ○ sex organs do have mitosis too, but they produce sex cells (sperm and ova) by meiosis.     ● Define the terms:  ploidy, haploid, and diploid  ○ Ploidy   ■ number of sets of chromosomes in a cell. Usually a gamete(sperm or egg, which fuse  into a single cell during the fertilization phase of sexual reproduction) carries a full set of  chromosomes that includes a single  copy of each chromosome  ○ haploid number(n)  ■ number of chromosomes in a gamete.  Two gametes form a diploidzygote  with twice this number (2n, the zygotic  or diploid number)  ■ 2n= 1 chromosomes ­­ 2(23)=46  chromosomes   ● ame the phases of meiosis I, describe the events of each phase, identify the ploidy level of cells at the  end of meiosis I.     ● Name the phases of meiosis II, describe the events of each phase, identify the ploidy level of cells at  the end of meiosis II.     ● Indicate when homologous chromosomes separate and when sister chromatids separate during  meiosis.     ● Explain what occurs during crossing over  ○ It is the process by which two chromosomes pair up and exchange sections of their DNA  between non­sister chromatids. This often occurs during prophase 1 of meiosis in a process  called synapsis.    ● Name the products of meiosis and describe their chromosome content and their genetic make­up  compared to each other    ● Identify organs in which meiosis occurs    ● Identify the key steps during meiosis that result in genetically different daughter cells from the same  parent cell    ● Compare and contrast mitosis, meiosis I and meiosis II.  Fill in text descriptions in a chart similar to the  one below.     Mitosis  Meiosis I  Meiosis II  Ploidy level BEFORE division   2n=46­chromosomes  46 chromo  23              End ­23  92­ chromatid  92  46                       23  2n cells =46  2n=46  2n  Homologous chromo =23  1st stage           prophase  2nd stage           proprophase  3rd stage           metaphase  4th stage   Sister chromatids        anaphase  separate   5th stage           telophase  Product – number of cells  2 genetically identical 2n   2 daughter cells   4(n) daughter cells   Genetic make­up  cells=46 sister  2n=23 chromo in each cell  N cells=23 chromo  46 sister                Chapter 12:  Heredity  ● Define Mendel’s Law of segregation & explain its physical basis in chromosome movement during  Anaphase I    ● Define Mendel’s Law of independent assortment & its physical basis in chromosome movement during  Metaphase I                                   Chapter 13:  DNA structure & replication  ●   Griffith, Avery et al, Hershey & Chase, Meselson & Stahl experiments ­ for each experiment:  ○ Hershey and Chase:  ​T2 Phage and E. Coli 35 Sulfur coated the proteins and the 32p was for  the DNA. They proved that DNA was the genetic material not proteins.  ○ Chargaff:​ different compositions of the nitrogenous bases  ○ Griffith transformation, used streptococcus pneumoniae. Mouse thing with S cells and R cells  and Heat  ○ Avery:DNA, RNA or protein from dead S cells was transforming R cells  ○ Watson and Crick​ : DNA replication­double helix (discovered by Rosalind Franklin)   ○ Meselson and Stahl: U ​ sed E. Coli, worked with the 3 models (dispersive, semiconservative,  etc)                                      ● Explain the purpose of each treatment in the experimental design    ● State the hypothesis (or hypotheses, if there is more than one)    ● Predict the likely results if a hypothesis is true    ● Evaluate whether results are consistent with or contrary to a hypothesis    ● Apply Chargaff’s rule to calculate the percentage of the other 3 nucleotides when given the  percentage of 1 of the 4 DNA nucleotides    ● Apply complementary base pairing & anti­parallel arrangement of the 2 DNA helices to predict  the sequence of one DNA strand from the other    ● List the observations about DNA structure that led to Watson & Crick’s hypothesis for DNA  structure and replication    ● State Watson & Crick’s description of DNA structure and their hypothesis for replication    ● *Mechanics of DNA replication:  Describe the molecules involved, the steps of the process on  the leading strand and on the lagging strand            AMINO ACID STRUCTURE                                  ● For each step, predict the outcome if a particular molecule were limited or inhibited:  e.g. a  shortage of nitrogenous bases, or inhibition of primase, DNA polymerase, DNA ligase, or  helicase  Big picture:  Identify cellular process(es) that require DNA replication  Know when DNA replication occurs in life cycle of cell            DNA STRUCTURE                            Vocabulary    Centrosome­ a structure that is present in the cytoplasm of animal cells that functions as a microtubule  organizing center. Contains two centrioles  Centromere­ the region on each sister chromatid where they are most likely attached to each other by proteins  that bind to  specific DNA sequences, causes constriction in chromosome  Chromatid­​colored stuff   Prophase​­ the first stage of mitosis; chromatin condenses into discrete chromosomes; mitotic spindle forms,  and nucleolus disappears  Spindle­ Array of microtubules  Prometaphase­  it the second stage of the mitosis. Nuclear envelope disappears. Chromosomes are now even  more condensed and chromatids have kinetochores.  Kinetochore­ Protein structure that is attached to centromere, connects centromeres to spindle fibers.  Metaphase​ ­ Centrosomes are now at the opposite poles of the cell and they align on an imaginary central line.  Anaphase­​ the fourth stage of mitosis; chromatids of each chromosome have separated and the daughter  chromosomes are moving to the poles cell  Telophase​­ two daughter nuclei form in cell. Nucleoli reappear. Mitotic division is now complete.  Cleavage furrow­ groove around the animal cell near the old metaphase plate   Traits​ ariant of a character   Gene­ specifi sequence of DNA nucleotides of the molecule of a chromosome   Locus ­ ocation of a gene on a chromosomes   Chromosome­​  consists of one DNA molecule and are associated with protein molecules. Eukaryotes have  multiple, linear chromosomes located in the nucleus. Prokaryotes have a single, circular chromosome located  in the nucleoid.  Homologous chromosome ­ ​ same length and pattern, one from father and one for mother  Karyotype ­​icture thing in our bio lab manual   Autosome­​ a chromosome that is not a sex chromosome  Sex chromosome ­​ last pair on the karyotype picture, determine the sex   Haploid  ­ n ­ gametes   Diploid ­2n ­ zygote   Meiosis ­ reduces 2n to n  Meiosis I  Meiosis I ­ Cell division that reduces a 2n(diploid) number of chromosomes to a haploid number.  Allele alternative versions of a gene that may produce distinguishable phenotypic effects  Chiasma​ ­ A point where crossovers occur  Synaptonemal Complex  ​­ Is a protein structure that forms between homologous chromosomes during meiosis  and is thought to mediate chromosome pairing, synapsis and recombination.  Law of segregatio­ Mendel's 1st law; 2 alleles sepa​anaphase I  Law of independent assortment Mendel’s 2nd law; each pair of alleles assort independently of each other  duringgamete formation;​enes for 2 characters may act as if on different chromosom​etaphase I  Sex­linked gene­a gene located on either sex chromosome  Carrier individual who is heterozygous at any given locus for a recessive disorder. Can pass gene onto  offspring  Pyrimidine A and G  Purine­ U, T and C  3’ end of nucleotide  5’ end of nucleotide  Anti­parallel­refers to arrangement of sugar­phosphate backbones in a DNA double helix; run opposite (3’ →  5’)  Rosalind Franklin­ ​discovered DNA double helix  James Watson & Francis Crick­​  worked and experimented using the idea of a double helix  Replication fork the y shaped region, where the parental strand are being unwound   DNA polymerase­​  enzyme that catalyzes elongation of new DNA by addition of nucleotides to the 3’ end of an  existing chain.   Helicase ­ enzymes that unwinds   Primer ­ short pieces of complementary RNA, it starts replication   Leading strand­​  the new complementary DNA strand synthesized continuously along the template strand  toward the replication fork in a 5’ → 3’ direction  Lagging strand­​  a discontinuously synthesized DNA strand that elongates by means of Okazaki fragments,  each synthesized in a 5’ → 3’ direction away from the replication fork  DNA ligase­​  a linking enzyme essential for DNA replication; catalyzes the covalent bonding of the 3’ end of one  DNA strand to the 5’ end of another  Nucleosome­​  basic unit of DNA; consists of DNA wrapped around a protein core composed of two copies of  each of the four types of histone  Histone­​ small protein with high proportion of highly charged amino acids that binds to negatively charged DNA         ● Drawings to help you prepare:  ○ Assume a cell with 2n = 2.   ○ Draw the chromosomes at  prophase, prometaphase,  metaphase, anaphase, and  telophase of mitosis.                                ● Draw the chromosomes at each stage of Meiosis I and Meiosis II.  Assume a cell with 2n = 6.   ​ Draw each stage of mitosis and each stage of meiosis.    ● Draw a DNA replication bubble showing the origin of replication, the replication fork, and the position of  the RNA primer on the leading strand and on the lagging strand (more than 1 RNA primer).  Be sure to  show the leading strand and lagging strand for both parent strands of DNA (top and bottom of the  bubble).  Indicate the direction of elongation of the new DNA strand.                This  exam covers  Chapters 14, 15.1 &  16.1,  20, 21, and 23.   Concepts  Chapter 14:  Transcription & Translation  ● Apply complementary base pairing of DNA & RNA nucleotides and anti­parallel arrangement of RNA  in relation to DNA to predict RNA primer or messenger RNA sequence in the correct 5’ to 3’  orientation  Coding strands     ­ 5­3  Template strand ­ 3­5  mRNA ­ 5­3    ● Know the number of different DNA bases, number of bases in a codon  ​(3)  DNA ­ A­C­T­G  RNA ­ U­G­A­C  ● Know where translation begins on the mRNA  ​(5’)    ● Use codon table (will be provided) to figure out  which amino acids are coded for by a given DNA  or mRNA sequence        ● *Mechanics of transcription: Describe the  molecules involved, the steps of the process, and  location within the cell    ● *Mechanics of translation: Describe the molecules,  steps of process, location within the cell, importance  of GTP    ● For each step in transcription or translation,  predict the outcome if a particular molecule were  limited or inhibited:  e.g.a shortage of GTP or  tRNA, RNA polymerase inhibition, or inhibited  enzymatic activity of large ribosomal subunit    ● Explain how multiple copies of a protein molecule are  made from one molecule of mRNA    ● Big picture:  ○ Identify several examples of cellular processes that require transcription & translation  ○ Know when transcription and translation occur in the life cycle of cell         Chapters 15 & 16 (selected sections):  Regulating Gene Expression  ● Describe inducible regulation of an operon in prokaryotes  ○ Gene expression is usually “off” because a repressor gene is present and attached to an  operator.This blocks transcription. If an inducer binds to a repressor protein, it cannot attach to  an operator. Gene expression is now “on” and transcription proceeds.    ● Explain how transcription factors and chromatin modification regulate gene expression in  eukaryotes  ○ Transcription factors: attach to DNA at control elements and either enhance or reduce  interaction of RNA polymerase with promoter.   ○ Chromatin modification: chemical changes in histone proteins or to DNA can alter transcription  rate  ■ Histone acetylation: adding an acetyl group to histone protein reduces binding between  nucleosomes → increases transcription  ■ DNA methylation: enzymes add methyl group to cytosine → decrease transcription  ●   ● Define transcription factor, explain how function differs between general and specific transcription  factors with regard to where they attach to DNA and how they regulate gene expression  ○ Transcription factor ­ proteins that interact with control elements of genes  ○ General: can interact with promoters of any protein­coding gene  ○ Specific: works only on specific promoters    Big picture:  ● Give examples of changing environmental or physiological conditions that turn on or turn off gene  expression  ○ Glucose ­Lactose ­ Other sugar   ○ Nutrients ­ Hormone signal ­ O2    ● Inducible gene expression ­ turn on  ○ Gene expression is usually off as the  repressor proteins is there, attached to  the operator, blocking transcription  ○ If an inducer binds to the repressor  protein, it can no longer attach to the  operator     ● 3 ways to change eukaryotic gene expression   ○ Chromosomes structure ­ histone  acetylation ,  DNA methylation   ○ Transcription ­ control elements  ○ Translation                             Microevolution:  Chapter 21  ● Graph each mode of natural selection ­  stabilizing selection, disruptive selection, and directional  selection                                              ● Analyze frequency distributions of a trait in original and evolved populations to identify the type of  selection occurring  ● List 5 conditions that lead to changes in allele frequency in a population and explain the difference  between random and adaptive evolution    ● Define the sources of genetic variation, explain how each source contributes to genetic variation  ○ Behavior of chromosomes during the meiosis and fertilization is the most of the variation that  arise each generation.   ○ Independent assortment at metaphase  (meiosis I) and meiosis II  ■ chromosomes contributes to genetic variability due to the random orientation of tetrads  at the metaphase plate.(2^n) n= haploid )  ○ Crossing over ­ recombinant chromosomes ­prophase I ­ homologous chromosomes (non­sister  chromatids) pair up gene by gene  ○ Fertilization ovum * sperm   ○ Mutation ­ process of mutation does not itself drive evolution. The rate of change in gene  frequency from the mutation process is very low because spontaneous mutation rates are low.  The mutation rate is defined as the probability that a copy of an allele changes to some other  allelic form in one generation.    ● Given the genotypes in a population, calculate the frequency of each allele for a single locus with only 2  alleles  ○ Use Hardy­Weinberg Principle  ○ p^2 + 2pq + q^2 = 1.0    ● Explain why the number of alleles per gene inndividua​can be different from the number of alleles  per gene in population  ○ There may be several alleles in a population, but an individual can only inherit 2 alleles (one  from mom, one from dad)    ● Define and give examples of genetic drift, founder effect, bottleneck effect  ○ Genetic drifis when chance events cause changes in frequencies of alleles in a population.  ○ Acts more quickly to reduce genetic variation in small populations, under​ottleneckcan  reduce a population's genetic variation by a lot, even if the bottleneck does not last for very  many generations  ○ Founder effectsoccurs when a new colony is started by a few members of the original  population. This small population size means that the colony may have:  ■ reduced genetic variation from the original population.  ■ a non­random sample of the genes in the original population.     Phylogenetic Hypotheses:  Chapter 20  ● List the kinds of characters used to construct a phylogenetic tree  ○ Shared ancestral characters  ○ Clade  ○ Outgroup     ● Interpret relationships shown in a phylogenetic tree:   ○ Homologies/analogies  ○ Morphology  ○ Biochemistry  ○ Pattern of embryonic development  ○ DNA sequence data    ● Which species share a common ancestor?  Which group of species shares a more recent common  ancestor than another group?  Compare trees and determine which show the same hypotheses for  relationships among species and which show a different hypothesis of relationships    ● Estimate time when common ancestor of a group of species lived in relative terms (before­after) and  based on branch length (millions of years ago)    ● Compare parsimony between 2 phylogenetic trees  ○ Identify whether 2 trees show the same or different numbers of evolutionary changes    ● Evaluate whether 2 structurally similar characteristics in 2 different organisms are more likely  homologous or analogous structures  ○ Define homologous structure; define analogous structure  ■ Homologous: same structure, different function  ■ Analogous: same function, different structure  ○ Identify criteria needed to decide  ■ Homology: recent common ancestor  ■ Analogy: Common ancestor is long time ago  ○ Know how to use the criteria to make your decision    Macroevolution – Chapter 23  ● Radiometric dating: explain what is measured and how time elapsed is calculated; choose appropriate  half­life duration for determining potential age of rocks or fossils  ○ Measures the time passed since death  ○ Expressed as half lives  ○ Usually Carbon­14 (t½ = 5730 years)    ● O2 production – who made it, when, and what are the consequences?  ○ Aerobic cyanobacteria  ○ 1 BYA  ○ O2 concentration increased, more life on Earth    ● List biochemical evidence supporting 3 domains of life and use characters to draw a phylogenetic tree  showing relationships between the 3 domains                                      ● Describe the endosymbiont theory of mitochondria and chloroplast origins and list 4 types of evidence  supporting it  ○ Host cell (archaeal) ingested but did not digest another cell (a­proteobacterium)  ○ Evidence:  ■ Replication, transcription, translation similar in archaea and eukarya  ■ Mitochondrial genome and translation system similar to proteobacteria  ■ Circular DNA  ■ rRNA genes  ■ Ribosome assembly sensitive to streptomycin and chloramphenicol  ■ Membrane transport system  ■ Reproduce by binary fission          ● Identify the corphylum​ for species we have discussed this semester using a resource such as  Encyclopedia of Life ( and be able to place these phyla in the correct kingdom and domain on a  phylogenetic tree.   ○ Sea urchin, sand dollaAmoeba, ​ newt, human, pea plant, dog, fruit fly,  Streptococcus pneumoniae, Escherichia col​ mourning dove, mouse,  pocket mouse, grasshopper, ​rtemia, American robin, finch, flower  mantid, pigeon, mustard plant, soapberry bug, Tiktaalik, cougar, cattle  egret, grackle, humpback whale, leopard    ● Know the shared derived characteristics supporting the animal and plant phylogenetic trees shown in  Fig. 26.16 (plants) and 27.10 (animals)     Vocabulary  Pyrimidine­ C, T, and U; 1 ring  Purine­ A and G; 2 rings  3’ end of nucleoti ­ OH group  5’ end of nucleoti ­ links to PO4 group  Anti­parall ­ two complementary DNA strands running opposite of each other  Transcriptio​­ copying DNA info to mRNA  RNA polymerase​ ­ enzyme that binds to promoter; unwinds DNA double helix  Translatio​­ making a protein from the instructions on mRNA  Codon​ ­ 3 base sequence on the mRNA that specifies an amino acid; read 5’ to 3’  Transfer RNA ­ tRNA; matched amino acids to codons on mRNA  Messenger RNA​  ­ mRNA; copy of the DNA code  Ribosome ​­ organelle containing protein and rRNA; facilitates coupling of tRNA and mRNA  Template strand ­ strand of DNA read from 3’ to 5’ by RNA polymerase to make mRNA  Coding strand ­ strand of DNA complementary to the template strand; written 5’ to 3’  Anti­codon ­ complementary sequence to mRNA codon  Point mutatio​­ single DNA nucleotide pair is changed  Operon ​ DNA sequence on aprokaryotic chromosome including (in 3’ to 5’ order): a promoter, operator,  enzymes  Promoter ­ specific DNA nucleotide sequence making start site for transcription of a gene  Operator ­ DNA sequence that controls access of RNA polymerase to start transcription    Enhancer​ region of DNA that can be bound by proteins (activators) to activate transcription of a  gene. These proteins are usually referred to as transcription  actors. Gene expression ­ making a functional product from a gene  Transcription facto­ enhancer proteins; interact with control elements of genes; can enhance or reduce rate  of transcription by RNA polymerase  Control elements ­ aka response elements; specific binding sites for transcription factors  Differentiati ­ becoming specialized in structure and function  Cytoplasmic determinant ­ molecules in egg cytoplasm produced by mother and added to eggs; begins  process of cell differentiation  Histone acetylatio­ adding an acetyl group to a histone protein reduces binding between nucleosomes  DNA methylation​ ­ enzymes add methyl groups to cytosine; decreases transcription of heavily methylated  genes  Inductive signa ­ chemical signals secreted by neighboring cells  Morphogenesis​  ­ development of spatial organization in an  organism  Homeotic genes​  ­ Hox genes; genes that control anterior­posterior position of limbs, developments of digits  and organs  HomeobOX​  ­ DNA sequence in hox genes  Homeodomain​  ­ DNA binding domain in the transcription factor protein  Evolution​­Change in an population over time  Homology​  ­ characters shared because they were inherited from a common ancestor; may not have same  function  Analogy​ ­ characters with similar function because of similar selection, not due to gradual modification of an  ancestral structure  Biogeography​  ­ current distributions of species reflect historical locations of continents   Gene pool ­ allele frequencies in a population  Gene flow​ ­ individuals from a geographically distinct population bring new alleles into the local population  Binomial nomenclature​ ­ 2 part nameGenus species  Classificatio​­ hierarchy of more inclusive categories  Taxon ­ names unit at any level of hierarchy  Phylogeny​ ­ evolutionary relationships among organisms  Locus ­ location of a gene on a chromosome  Gene​ ­ sequence of DNA nucleotides that codes for a protein  Allel ­ version of a gene; codes for a specific version of a character  selection pressure ­ some aspect of the environment that reduces survival and reproduction of a phenotype  stabilizing selectio­ extreme characteristics are selected against, intermediate phenotype is favored  disruptive selectio ­ environment changes and intermediate phenotype is selected against  directional selecti ­ environment changes and a more extreme phenotype is favored  Microevolution ­ change in allele frequency in a population over generations  genetic drif ­ random events that change allele frequency without regard to whether traits provide a  reproductive advantage  founder effec ­ potion of a population founds a new colony  bottleneck effec ­ population size is drastically reduced; allele frequency changes from one generation to  next; population stays in same place after die­off  Parsimony​ ­ simplest explanation if the most likely; tree with fewest evolutionary changes to get from ancestor  to descendent most likely  sister tax ­ are each other’s closest relatives because they share an immediate common ancestor  Outgroup​ ­ basal taxon; lineage that diverges early in the evolutionary history of a group  shared ancestral character ­ characters originated in the ancestor  shared derived character ­ characters different from ancestor and unique to the clade  Clade ­ complete group of descendents from a single ancestor  Cyanobacteria​ ­ first prokaryotes; produce oxygen  Radiometric dating ­ measures time passed since death using Carbon­14 (commonly)  Half­life (t ­ time required for half of a substance to decay  Endosymbiosis​  ­ host cell ingested but did not digest other cell   Archaea    ●  Draw a phylogenetic tree consisting of 5 taxa, A, B, C, D, E:    ○ Show 1 taxon as an outgroup and show 2 pairs of sister taxa 2 of which are sister taxa.                        Comparing Transcription and Translation     


Buy Material

Are you sure you want to buy this material for

50 Karma

Buy Material

BOOM! Enjoy Your Free Notes!

We've added these Notes to your profile, click here to view them now.


You're already Subscribed!

Looks like you've already subscribed to StudySoup, you won't need to purchase another subscription to get this material. To access this material simply click 'View Full Document'

Why people love StudySoup

Bentley McCaw University of Florida

"I was shooting for a perfect 4.0 GPA this semester. Having StudySoup as a study aid was critical to helping me achieve my goal...and I nailed it!"

Kyle Maynard Purdue

"When you're taking detailed notes and trying to help everyone else out in the class, it really helps you learn and understand the I made $280 on my first study guide!"

Steve Martinelli UC Los Angeles

"There's no way I would have passed my Organic Chemistry class this semester without the notes and study guides I got from StudySoup."


"Their 'Elite Notetakers' are making over $1,200/month in sales by creating high quality content that helps their classmates in a time of need."

Become an Elite Notetaker and start selling your notes online!

Refund Policy


All subscriptions to StudySoup are paid in full at the time of subscribing. To change your credit card information or to cancel your subscription, go to "Edit Settings". All credit card information will be available there. If you should decide to cancel your subscription, it will continue to be valid until the next payment period, as all payments for the current period were made in advance. For special circumstances, please email


StudySoup has more than 1 million course-specific study resources to help students study smarter. If you’re having trouble finding what you’re looking for, our customer support team can help you find what you need! Feel free to contact them here:

Recurring Subscriptions: If you have canceled your recurring subscription on the day of renewal and have not downloaded any documents, you may request a refund by submitting an email to

Satisfaction Guarantee: If you’re not satisfied with your subscription, you can contact us for further help. Contact must be made within 3 business days of your subscription purchase and your refund request will be subject for review.

Please Note: Refunds can never be provided more than 30 days after the initial purchase date regardless of your activity on the site.