New User Special Price Expires in

Let's log you in.

Sign in with Facebook


Don't have a StudySoup account? Create one here!


Create a StudySoup account

Be part of our community, it's free to join!

Sign up with Facebook


Create your account
By creating an account you agree to StudySoup's terms and conditions and privacy policy

Already have a StudySoup account? Login here


by: Jessica Logner
Jessica Logner

Preview These Notes for FREE

Get a free preview of these Notes, just enter your email below.

Unlock Preview
Unlock Preview

Preview these materials now for free

Why put in your email? Get access to more of this material and other relevant free materials for your school

View Preview

About this Document

Molecular and Cellular Biology
Bradley G Mehrtens
Study Guide
Biology, MCB
50 ?




Popular in Molecular and Cellular Biology

Popular in Molecular, Cellular And Developmental Biology

This 14 page Study Guide was uploaded by Jessica Logner on Sunday May 8, 2016. The Study Guide belongs to MCB 150 at University of Illinois at Urbana-Champaign taught by Bradley G Mehrtens in Summer 2015. Since its upload, it has received 109 views. For similar materials see Molecular and Cellular Biology in Molecular, Cellular And Developmental Biology at University of Illinois at Urbana-Champaign.

Popular in Molecular, Cellular And Developmental Biology


Reviews for MCB 150 EXAM II


Report this Material


What is Karma?


Karma is the currency of StudySoup.

You can buy or earn more Karma at anytime and redeem it for class notes, study guides, flashcards, and more!

Date Created: 05/08/16
MCB 150 EXAM II  phase of glycolysis which is endergonic  Investment Phase (requires ATP)  glycolysis net results  2 ATP, 2 NADH, 2 pyruvate  Cellular respiration in presence of oxygen  aerobic respiration (Kreb's cycle, Electron Transport Chain)  cellular respiration without oxygen  anaerobic respiration (all energy from glycolysis)  krebs cycle net results  6 CO2, 8 NADH, 2 FADH2, 2 GTP  where does the electron transport chain take place?  prokaryotes ­ cytoplasmic membrane  eukaryotes ­ inner mitochondrial membrane  FADH2 in the Electron transport chain  bypasses complex 1 which means not as many protons are pumped  across membrane meaning a lower electrochemical gradient  porin  allows protons to move freely between intermembrane space and  cytoplasm, not present in intermitochondrial membrane  Steps of Aerobic Respiration  glycolysis ­> Kreb's cycle ­> Electron Transport chain  ATP Synthase  pumps protons back into mitochondrial matrix producing ATP  why do protons go through the ATP synthhase?  electrochemical gradient  cellular coordination  prevents cell from spending more energy than necessary, coordinated  by amount of enzyme present and the activity of allosteric enzymes  allosteric regulators  bind somewhere other than active site to increase or decrease activity  of an enzyme  feedback inhibition  allosteric regulator is a product of a later reation in the pathway  The central dogma  the flow of genetic information from DNA to RNA to protein  transcription  information from genes of DNA is copied into RNA  translation  information in RNA is used to build proteins  chromatin  complex of DNA and protein which makes up chromosomes  Chargaff's Rules  showed 1:1 relationship between pyrimidines and purines in DNA  Franklin and Wilkins  x­ray diffraction showed DNA shape of helix of uniform width of 2nm  with stacked bases with sugar­phosphate groups on outside  Watson and Crick  put together Chargaff, Franklin and Wilkin's data, showed DNA must  be a double helix  what holds chains of nucleotides together?  hydrogen bonding between purine on one strand and pyrimidine on the  other  adenine pairs with  thymine (2 H bonds)  cytosine pairs with  guanine (3 H bonds)  antiparallel  5' end of one strand of DNA is opposite 3' end of the other  DNA denaturation  separation of double helix into single strands by disrupting stabilizing  base stacking and H­bonds through addition of heat, acid, base, urea  or formamide  aka complex I  NADH dehydrogenase  aka complex II  bc1 complex  aka complex III  cytochrome oxidase complex  proton carriers  ubiquinome, cytochrome c  terminal electron acceptor  oxygen (to make water)  Alfred Hershey and Martha Chase  experimented with viruses that affect bacteria and determined that  DNA not protein made up genetic information  what is the difference between a pyrimidine and a purine?  purine has two ring structure while pyrimidine has one ring structure  three possible models of replication  conservative, semiconservative and dispersive  semiconservative replication  two seperate but intact parent strands used to each build one daughter  strand  Meselson­Stahl experiment  determined the semiconservative method was used in DNA replication  where does replication start?  origin (aka ori)  how many oris are in a prokaryote?  one  DNA polymerases in E. coli  DNA polymerase I (removes primers from the lagging strand and  replaces with DNA)  DNA polymerase II (involved in the DNA repair process)   DNA polymerase III (responsible for the bulk of DNA synthesis)  endonucleases  break phosphodiester bonds between nucleotides internally  exonucleases  break phosphodiester bonds starting from end of nucleotide strand  helicases  enzymes that use energy from ATP to unwind DNA  supercoiling  caused by torsional strain on a DNA molecule  class of enzymes that relieve torsional strain  topoisomerases  continuously replicating strand  leading strand  discontinuously replicating strand  lagging strand  Okazaki fragments  small fragments of DNA used to synthesize the lagging strand  in what direction does DNA synthesis occur?  5' to 3'  x dependant, y synthesizing  uses x as a template to make y  primase  syntesizes RNA primers necessary to provide DNA polymerase with a  free 3' hydroxyl group  lagging strand synthesis process  primase synthesizes RNA primers for okazaki fragments to attach to.  primers are then removed and relpaced with DNA by DNA polymerase  I. Ligase joins fragments together with phosphodiester linkages  single stranded DNA binding proteins  bind to single stranded DNA to prevent it from forming complementary  base pairs and recoiling  how many oris are in a eukaryote?  many (much more to replicate)  transcription  conversion of DNA to RNA  translation  conversion of RNA to protein  template strand  strand of DNA that is copied into RNA  coding strand  strand of DNA not used as a template for RNA; has the same  sequence as the transcripted strand  three types of RNA  messenger RNA (mRNA), transfer RNA (tRNA) and ribosomal RNA  (rRNA)  how is bacterial DNA compacted?  supercoiling  Kornberg  discovered chromatin (beads on a string)  histone proteins  small, positive proteins that combine in groups of 8+1 with DNA to  form nucleosome  how much DNA is in one nucleosome  146 or 147  how big are chromatin coils  10nm  how big are chromatin fibers  30nm  euchromatin  loosely condensed chromatin, transcriptionally active  heterochromatin  highly condensed chromatin, transcriptionally inactive  telomeric region  bound by proteins that allow for replication and protection of linear  molecules  replicon  amount of DNA synthesized from a single ori  semi­discontinuous  refers to how DNA must use okazaki fragments to synthesize lagging  strand  codons  3 nucleotide blocks of genetic information  reading frame  establishes how codons are read  stop codons  UAA, UGA and UAG (signal the termination of translation for a protein,  dont add an amino acid)  RNA polymerase  synthesizes RNA using a DNA template  what marks the beginning of a gene?  promotor regions  4 steps of transcription  promotor recognition, initiation, elongation, termination  start codon  AUG (methionine)  degenerate  some amino acids are specified by more than one codon (have more  than one choice for an amino acid)  not ambiguous  each codon only specifies one specific amino acid  holoenzyme  RNA polymerase with the sigma factor  core enzyme  RNA polymerase without the sigma factor  transcription unit  region from promotor to terminator  where are promotor sites located?  ­10 and ­35 (10 and 35 units upstream from where transcription starts)  what does it mean to be conserved?  stuff is located at the same place every time  what does it mean to have consensus?  same sequence will be there more often than not  strong vs weak consensus  how closely you match the consensus sequence (closer=stronger)  stronger consensus makes for...  more transcription which equals more protein  sigma subunit function  scans DNA for promotor region  closed promotor complex  specific binding of sigma factor to ­35 and ­10 promotor regions  open promotor complex  unwind DNA to initiate transcription  rho  accessory protein which helps terminate transcription  mRNA  messenger RNA which carries instructions for making proteins  rRNA  ribosomal RNA which combine with proteins to form ribosomes for  protein synthesis  tRNA  transfer RNA which carry amino acids and act as a bridge to attach to  mRNA and build proteins  ­35 consensus  TTGACA  ­10 consensus  TATAAT  how many RNA polymerases do eukaryotes have?  3 (one each for each type of RNA)  aspects of mature mRNA  5' cap, 3' poly­A tail, intron removal (sometimes alternative splicing)  transcription factors  used by eukaryotes to begin formation of the transcription initiation  complex which allows RNA polymerase to bind to promotor region  introns  intervening sequence of DNA (removed because doesnt encode for  protein)  exons  expressed sequences of genes (remain in mature mRNA)  why have introns?  introns allow for alternative splicing (control which exons are  expressed) which allow mRNAs from the same template to vary  slightly  spliceosome  responsible for splicing or removal of introns  aka snRNPs  small nuclear ribonucleoprotein particles  For each molecule of glucose processed during glycolysis,  the net yield is ____.  two molecules of NADH, two of ATP, and two of pyruvate    Glycolysis begins by using molecules of ATP, but the net yield is  positive.  During pyruvate processing, two carbons from pyruvate  combine with ____.  coenzyme A    One carbon of the three­carbon pyruvate becomes oxidized to CO2  and the remaining two carbons (acetate) combine with coenzyme A to  form acetyl coenzyme A.  Which of these enters the citric acid cycle?  ­acetyl CoA  ­NADH + H+  ­glucose  ­pyruvate  ­G3P  acetyl CoA  In the citric acid cycle, ATP molecules are produced by  _____.  substrate­level phosphorylation    A phosphate group is transferred from GTP to ADP.  Which of these is NOT a product of the citric acid cycle?  ­acetyl CoA  ­CO2  ­ATP  ­NADH + H+  ­FADH2  acetyl CoA          acetyl CoA is a reactant in the citric acid cycle.  What process occurs in Box A? (Glucose ­­> pyruvate)  glycolysis    Glycolysis occurs in the cytosol.  What process occurs within Box B? (Electrons ­­> NADH and  FADH2)  The citric acid cycle.    The citric acid cycle transfers electrons to NADH and FADH2.  What molecule is indicated by the letter D? (An input of  oxidative phosphorylation)  Oxygen    Oxygen is the final electron acceptor of cellular respiration.  What is glycolysis?  The process in which the six­carbon sugar glucose is converted to two  molecules of pyruvate (three carbons each), with the net production of  2 ATP and 2 NADH per glucose molecule. There is no O2 uptake or  CO2 release.  ~ Glycolysis:  From the following compounds involved in cellular  respiration, choose those that are the net inputs and net  outputs of glycolysis.    NADH, ADP, glucose, NAD+, ATP, pyruvate, acetyl CoA, CO2,  coenzyme A, O2  Net Input:  ­NAD+, ADP, glucose    Net Output:   ­NADH, ATP, pyruvate    Neither:  ­acetyl CoA, CO2, coenzyme A, O2  What is Acetyl CoA formation?  The process in which pyruvate is oxidized to produce acetyl CoA, with  the reduction of NAD+ to NADH and the release of one molecule of  CO2.  ~ Acetyl CoA Formation:  From the following compounds involved in cellular  respiration, choose those that are the net inputs and net  outputs of acetyl CoA formation.    NADH, ADP, glucose, NAD+, ATP, pyruvate, acetyl CoA, CO2,  coenzyme A, O2  Net Input:  ­NAD+, pyruvate, coenzyme A    Net Output:  ­NADH, acetyl CoA, CO2    Neither:  ­O2, ADP, ATP, glucose  What is the Citric acid cycle/Krebs cycle?  The process in which the two carbons from the acetyl group of acetyl  CoA are oxidized to two molecules of CO2, while several molecules of  NAD+ are reduced to NADH and one molecule of FAD is reduced to  FADH2. In addition, one molecule of ATP is produced. Acetyl CoA is  completely oxidized.  ~ Citric Acid Cycle  From the following compounds involved in cellular  respiration, choose those that are the net inputs and net  outputs of the citric acid cycle.    NADH, ADP, glucose, NAD+, ATP, pyruvate, acetyl CoA, CO2,  coenzyme A, O2  Net Input:  ­ADP, NAD+, acetyl CoA    Net Output:  ­ATP, NADH, coenzyme A, CO2    Neither:  ­glucose, pyruvate, O2  Redox (oxidation­reduction) reactions in glycolysis:    When a compound donates (loses) electrons, that compound  becomes ____. Such a compound is often referred to as an  electron donor.  Oxidized  Redox reactions in glycolysis:    When a compound accepts (gains) electrons, that compound  becomes ____. Such a compound is often referred to as an  electron acceptor.  Reduced  Redox reactions in glycolysis:    In glycolysis, the carbon­containing compound that  functions as an electron donor is ____.  Glucose  Redox reactions in glycolysis:    Once the electron donor gives up its electrons, it is oxidized  to a the compound is called ____.  Pyruvate  Redox reactions in glycolysis:    ____ is the compound that functions as the electron  acceptor in glycolysis.  NAD+  Redox reactions in glycolysis:    The reduced form of the electron acceptor in glycolysis is  ____.  NADH  Among the products of glycolysis, which compounds  contain energy that can be used by other biological  reactions?  Pyruvate, ATP, and NADH    ATP is the main product of cellular respiration that contains energy  that can be used by other cellular processes. Some ATP is made in  glycolysis. In addition, the NADH and pyruvate produced in glycolysis  are used in subsequent steps of cellular respiration to make even  more ATP.  ~ ATP synthesis in glycolysis:   substrate­level phosphorylation    Sort the statements into the appropriate bin depending on  whether or not they correctly describe some aspect of  substrate­level phosphorylation in glycolysis.    ­The enzymes involved in ATP synthesis must be attached to  a membrane to produce ATP.  ­The phosphate group added to ADP to make ATP comes  from free inorganic phosphate ions.  ­An enzyme is required in order for the reaction to occur.  ­A bond must be broken between an organic molecule and  phosphate before ATP can form.  ­One of the substrates is a molecule derived from the  breakdown of glucose.  Correct:  ­An enzyme is required in order for the reaction to occur.  ­A bond must be broken between an organic molecule and phosphate  before ATP can form.  ­One of the substrates is a molecule derived from the breakdown of  glucose.    Incorrect:  ­The enzymes involved in ATP synthesis must be attached to a  membrane to produce ATP.  ­The phosphate group added to ADP to make ATP comes from free  inorganic phosphate ions.    In substrate­level phosphorylation, an enzyme transfers a phosphate  group from one molecule (an intermediate in the breakdown of glucose  to pyruvate) to ADP to form ATP. This is very different from the  mechanism of ATP synthesis that takes place in oxidative  phosphorylation.  ~ Carbon atoms in acetyl CoA formation & the citric acid  cycle:    During acetyl CoA formation and the citric acid cycle, all of  the carbon atoms that enter cellular respiration in the  glucose molecule are released in the form of CO2. Use this  diagram to track the carbon­containing compounds that play  a role in these two stages.  Pyruvate (from glycolysis) ­­­> CO2 & 2C (Acetyl CoA) ­­­> 6C (citrate)  ­­­> 6C (isocitrate) ­­­> CO2 & 5C (alpha­ketoglutarate) ­­­> CO2 & 4C  (succinyl CoA) ­­­> 4C (succinate) ­­­> 4C (fumarate) ­­­> 4C (malate)  ­­­>   


Buy Material

Are you sure you want to buy this material for

50 Karma

Buy Material

BOOM! Enjoy Your Free Notes!

We've added these Notes to your profile, click here to view them now.


You're already Subscribed!

Looks like you've already subscribed to StudySoup, you won't need to purchase another subscription to get this material. To access this material simply click 'View Full Document'

Why people love StudySoup

Bentley McCaw University of Florida

"I was shooting for a perfect 4.0 GPA this semester. Having StudySoup as a study aid was critical to helping me achieve my goal...and I nailed it!"

Jennifer McGill UCSF Med School

"Selling my MCAT study guides and notes has been a great source of side revenue while I'm in school. Some months I'm making over $500! Plus, it makes me happy knowing that I'm helping future med students with their MCAT."

Jim McGreen Ohio University

"Knowing I can count on the Elite Notetaker in my class allows me to focus on what the professor is saying instead of just scribbling notes the whole time and falling behind."


"Their 'Elite Notetakers' are making over $1,200/month in sales by creating high quality content that helps their classmates in a time of need."

Become an Elite Notetaker and start selling your notes online!

Refund Policy


All subscriptions to StudySoup are paid in full at the time of subscribing. To change your credit card information or to cancel your subscription, go to "Edit Settings". All credit card information will be available there. If you should decide to cancel your subscription, it will continue to be valid until the next payment period, as all payments for the current period were made in advance. For special circumstances, please email


StudySoup has more than 1 million course-specific study resources to help students study smarter. If you’re having trouble finding what you’re looking for, our customer support team can help you find what you need! Feel free to contact them here:

Recurring Subscriptions: If you have canceled your recurring subscription on the day of renewal and have not downloaded any documents, you may request a refund by submitting an email to

Satisfaction Guarantee: If you’re not satisfied with your subscription, you can contact us for further help. Contact must be made within 3 business days of your subscription purchase and your refund request will be subject for review.

Please Note: Refunds can never be provided more than 30 days after the initial purchase date regardless of your activity on the site.