New User Special Price Expires in

Let's log you in.

Sign in with Facebook


Don't have a StudySoup account? Create one here!


Create a StudySoup account

Be part of our community, it's free to join!

Sign up with Facebook


Create your account
By creating an account you agree to StudySoup's terms and conditions and privacy policy

Already have a StudySoup account? Login here

Biochem275, biochem

by: cairo stanislaus

Biochem275, biochem 275

cairo stanislaus
GPA 3.21

Preview These Notes for FREE

Get a free preview of these Notes, just enter your email below.

Unlock Preview
Unlock Preview

Preview these materials now for free

Why put in your email? Get access to more of this material and other relevant free materials for your school

View Preview

About this Document

Goes over EVERYTHING covered in this course! long and in depth!
Study Guide
50 ?




Popular in Biochemistry

Popular in Biochemistry

This 36 page Study Guide was uploaded by cairo stanislaus on Wednesday May 11, 2016. The Study Guide belongs to 275 at University of Massachusetts taught by in Spring 2016. Since its upload, it has received 23 views. For similar materials see Biochemistry in Biochemistry at University of Massachusetts.


Reviews for Biochem275, biochem


Report this Material


What is Karma?


Karma is the currency of StudySoup.

You can buy or earn more Karma at anytime and redeem it for class notes, study guides, flashcards, and more!

Date Created: 05/11/16
BioChem Final Review 1. DNA and RNA Monday 9/14 ­ Composition of the DNA double helix: 2 polynucleotide chains, made up of many nucleotides ­ The nucleotide parts: deoxyribose or ribose, a base, and a phosphate group— the sugar and the base is the nucleoside ­ Purines are larger: adenine and guanine ­ Pyrimidines are smaller: cytosine and thymine ­ Rosalind Franklin first suggested the double helix nature of DNA by using an x­ray diffraction ­ Chargaff ’s ratio’s: A to T and C to G; GC content + AT content = 100% Chemical bonds and DNA structure (Textbook pages 51­60) ­ Covalent bonds provide stability to the DNA backbone ­ Hydrogen bonds hold the twi DNA strands together ­ DNA has minor and major grooves DNA properties (Textbook pages 77­83, 147­151, and 158) ­ We can (1) use gel electrophoresis to separate DNA fragments (2) hybridization to identify  specific DNA sequences (3) PCR  — polymerase chain reaction — to identify specific DNA  sequences (4) restriction enzymes to digest DNA at sequence specific sites ­ A deoxyribose has 5 carbons: Carbon 1 is indeed to the base. Carbons 3 and 5 are blinded to the phosphates.  If a phosphate is coming off of the 5th carbon at the end, that is the 5 ­ ’ end ­ The negative charge of DNA determines how it will behave ­ The backbone is negatively charged and hydrophillic; it can bind with water Electrophoresis: smaller fragments move farther and reach the end earlier while that larger  ­ ones do not — DNA fragment separation ­ Now, remember that covalent bonds are in the backbone and hydrogen bonds hold the bases together; heating the strands up causes denaturing and calling them causes annealing ­ The melting temperature: what ’s the temp. when the double strand denatures to form two  single strands?  ­ For this to occur, the covalent bonds must be broken (85 degrees celsius) ­ The reverse action is called hybridization; they will come back together to form the double  stranded DNA again ­ In a lab: there’s a collection of DNA samples and each person wants to know if they have a  specific mutation. First, we need a copy of the DNA fragment that’s mutated.  Each person ­ ’s DNA will be mixed with the mutated fragment, heated up the cooled down again.  ­ If the mutation is present, the sample will fluoresce PCR: Polymerase chain reaction ­ ­ You have small fragments of DNA ­ You also have a specific region of DNA you are interested in to study Heat the fragments the cool them so slightly that the smaller fragments will come back  ­ together ­ There are primers on these strands Now, the primers will add nucleotides on the 3 ­ ’ end PCR overview: v(changes the temperatures automatically) ­ Denature the DNA at a high temperature to break the hydrogen bonds and separate the two  strands ­ Then, lower the temperature  — THIS THEN ALLOWS THE PRIMERS TO ANNEAL (the  primers are of the sequence we want) ­ then raise the temperature to the optimal condition to extend the nucleotide sequence by the  primers ­ These steps represent one cycle; this cycle makes 4 copies of DNA ­ This cycle can now continuously be repeated; you now how multiple copies of the DNA you  want to study ­ Recognition sites: ­ Restriction enzymes are proteins that cut both strands at specific sites ­ We ’re able to cut in two ways: (1) blunt end — goes straight through (2) palindrome Wednesday 9/16 ­ It takes more energy to break the CG pairs The strand with the most GC content is the most stable ­ So, what do we know so far? ­ DNA is made up of two complementary strands The strands run antiparallel ­ ­ GC have 3 hydrogen bonds, and are stronger than AT pairs with 2 hydrogen bonds ­ The sugar and the phosphate form the backbone of DNA and consist of strong  covalent bonds ­ Adding heat breaks the hydrogen bonds, which allows the two strands to separate Friday 9/18 How do the vectors operate? ­ A vector is cut with a restriction enzyme at specific sites ­ An insert is then added into this (using the ligase enzyme) ­ The meting temperature equation = 2(A+T) + 4(G+C) ­ An annealing temperature of 5 degrees celsius that the melting temperature is used Monday 9/21 (restriction enzymes — chapter 7) Certain viruses can infest bacteria: The virus injects its viral DNA into the bacterium ­ ­ The bacterial DNA are now deactivated ­ the viral DNA now takes over the bacteria and reproduces How do bacteria protect themselves that the restriction enzymes  they produce do not cut up their own DNA? A. Bacterial DNA backbone changes its charge to positive B. Restriction sites are protected by hydrogen bonds C. Methyl group protects restriction site D. Bacteria produce an oil that protects the entire DNA E. Give up! Bacteria store their defense on their plasmids (a type of vector) ­ ­So, specific genes are ligated into the plasmid vector (the EcoRI and tetra) ­Many cells are put on a medium and only those with the recombinant plasmid survive to  produce the resistant colony Wednesday 9/23 How are plasmids constructed? ­There ’s a multiple cloning site (EcoRI, Xhol, EcoRV, etc.) ­There ’s an origin of DNA replication There ­ ’s the drug resistant gene (for example, ampicillin resistant) ­A specific cloning vector is pUC19 2. The Genome Monday 9/28 The genome is the complete set of genes or genetic material preset in a cell or organism (3200  Mb) ­The genome is divided into  ‘intergenic DNA’ and ‘genes and gene related sequences’ ­Intergenic DNA consists of genome­wide repeats, microsatellites, regulatory regions, and  miRNA ’s ­Genes and gene related sequences consist of genes, introns, UTR ’s, gene fragments, and  pseudogenes Which of the following answer choices represents the correct evolutionary relationship between  complexity of organisms and gene density (genes/Mb)? A • Less complex organisms have increased gene density. • Less complex organisms have decreased gene density. • Most organisms have a similar gene density. • There is no relationship between organismal complexity and gene density. The “intergenic” parts of the human genome (i.e., the portion of the genome that does not encode proteins or structural RNAs) consist of  which types of DNA sequences? A • genome­wide repeats, microsatellite DNA, and regulatory sequences • introns, gene fragments, and pseudogenes • genome­wide repeats, pseudogenes, and microsatellite DNA • introns, regulatory sequences, and microsatellite DNA Packaging the DNA: ­ Transcription factors recognize the DNA through major grooves ­ Histones wrap the DNA around themselves ­ The histone with the DNA wrapped around it is a nucleosome ­ The extra DNA in between two histones is linker DNA Wednesday 9/30 A nucleosome forms hydrogen bonds with what part of the DNA? A A. with the phosphodiester backbone and with bases via the minor groove B. only with bases via the major groove C. only with bases via the minor groove D. with the phosphodiester backbone and with bases via the major groove ­ Histones are positively charged so they form hydrogen bonds with the DNA ’s negatively  charged backbones ­ Chromatin  — the protein and DNA which make up a chromosome You digest the chromatin from an isolated DNA sample with micrococcal nuclease, extract the DNA, and run it on a gel. The periodic banding pattern observed on the right gel of the figure is the result of? A A. Partial digest of nucleosome linker DNA B. Bands reflect protein and DNA fragments C. Dissociation of DNA from histone core D. Complete digest of histone protein and DNA E. Partial digest of histones The core histone proteins: ­They ’re positively charged ­Each histone has a long amino-terminal tail ­There are four core histones — H2A, H2B, H3, and H4 ­There are two of each ­2 H3 ’s and 2 H4’s come together and form a tetramer 1 H2A and 1H2B form a dimer ­ — this happens again ­Now, we have 1 tetramer and 2 dimers but two copies of each core histone ­When they all come together, an octamer of core histones is formed ­Protease trypsin, an ezyme, is used to digest the tail afterwards — this enzymatic digestion avoids the cutting of the actual histone Why are the histone tails so important? C A. They mark locations restriction enzymes can recognize. B. Hybridization is most sensitive in the presence of      histone tails. C. Post­translational modifications influence the DNA       in close proximity D. They are not important, they are just an appendix. What about histone H1? ­It binds to the DNA after the DNA wraps around the core histones This stabilizes the nucleosome ­ ­H1 histones is also half as abundant as the other histones ­H1 histones are NOT tightly bound to chromatin How it all breaks down: ­At the simplest level, chromatic is a double­stranded helical structure of DNA ­DNA is complexed with histones to form nucleosomes ­Each nucleosome consists of 8 histone proteins around which the DNA wraps ­A chromatosomes  — a nucleosome plus the H1 histone ­The nucleosomes fold to make a 30­nm fiber The tight coiling in the end produces the chromatid of a chromosome ­ Remember — chromatin is the protein and DNA that make up a chromosome that make up the  nucleus There are two types; (1) Heterochromatin and (2) Euchromatin ­ ­Heterochromatin: tighter DNA packaging, more DNA, only in eukaryotes, and can ’t be  transcribed Euchromatin: looser DNA packaging, less DNA, in prokaryotes and eukaryotes, and can be  ­ transcribed If you would look at the nuclei of cells which of the below would you see most often? C A. Heterochromatin B. Chromosomes C. Euchromatin D. Chromatids Monday 10/5 A single histone H1 binds to which of the following? A A. linker DNA on one side of a nucleosome and a second site in the middle of the DNA wrapped around the nucleosome B. linker DNA on one side of a nucleosome C. linker DNA on both sides of a nucleosome DNA and to a region in the middle of the DNA wrapped around the nucleosome D. linker DNA on both sides of a nucleosome The ratio between the linker histone H1 and one of the core histone H3 is: B A. 1:4 B. 1:2 C. 1:1 D. 2:1 E. 4:1 In order for the transcription factors to access the DNA through the major grooves, the DNA  must first be unpackaged ­ This unpacking happens by (1) sliding, (2) ejection, or (3) dimer exchange Histone — DNA interactions ­ There are hydrogen bonds between histones and DNA ­ This occurs between the proteins and oxygen atoms in the phosphodiester backbone This occurs through the minor groove of DNA molecules ­ How do transcription factors bind to the DNA? ­ A transcription factor first has to pass the histone tails in order to bind to DNA ­ The  “tails” are the N­terminal regions of the core histone proteins, exposed, undefined  structure ­ N­terminal refers to the start of a protein terminated by an amino acid with a free amine group (­NH2) In order for the transcription factors to pass, the histones must undergo specific modifications: Less packaging: ­ Acetylation occurs by acetyl transferase ­ Less positive charges and more negative ones Bromo­domains are found ­ ­ The tails flap around more ­ This loosens the DNA and makes it easier for the transcription factors to access it More packaging: ­ Methylation occurs by histone deacetylase ­ More and more positive charges ­ Chromo­domains are found ­ DNA methyltransferase (DNMT ’s) also cause this What is the general property of the chromatin when DNA is undergoing active transcription? B A. Highly compact, nucleosomes not modified. B. Not very compact, nucleosomes often highly modified. C. Nucleosomes disassembled. D. None of the above. Which of the following enzymes is directly responsible for sliding DNA along the surface of an assembled nucleosome, or transferring a nucleosome from one DNA helix to another: A A. Nucleosome­remodeling complexes B. Histone chaperones C. Histone acetyltransferases D. Topoisomerase II ** Nucleosome­remodeling complexes are multi­subunit enzymes. All contain an ATP­ hydrolyzing DNA translocase subunit, which powers the directional movement, or translocation,  of DNA relative to the surface of the histone octamer. A subset of nucleosome­remodeling  complexes can catalyze the ejection of a nucleosome into solution or catalyze its transfer from  one DNA helix to another** Friday 10/2 & 10/9 If I run a PCR reaction, and I get a bunch of bands instead of a single band (non­specific  amplification), what can I do? (select any that apply): 1, 3, 6 1. Increase annealing temp 2. Decrease annealing temp 3. Increase primer length 4. Decrease primer length 5. Primers dimerizing, redesign primers avoid complementary bases 6. Run a control without template to see if some of your buffers are contaminated with other  DNA 7. Add more DNA template to the reaction mix Basically, you want to make it harder to bind: (1) Increasing the annealing temperature would  break it down even further and make it harder to bind (3) The longer it is, the more specific the  sequence is and the harder it will be to bind (6) That’s always a possibility How do we clone? ­Digest the vector and the PCR fragment (with similar enzymes) ­Ligate the reaction Transform bacteria ­ ­Grow the colonies and select bacteria ­Now grow the right colony of bacteria ­Isolate a lot of DNA of interest **Preparing and ligating are the longest steps** If you want to put this insert into the pUC18 vector, what enzyme(s) would you choose? A, B, E A) EcoRI (still cutting only one will allow you to go in either direction) B) BamHI and SmaI C) HindIII and XbaI D) EheI and PfoI E) HindIII and EcoRI What happens if you use one enzyme? If you cut the vector and the insert with BamHI and SmaI, which of the following things could  happen when you do a ligation? 3 1. Vector ends rejoin – vector ends up without insert 2. Insert ends rejoin – insert becomes a circle 3. Insert ends join to vector, direction of insert gene matches direction of vector promoter 4. Insert ends join to vector ends, direction of insert gene is opposite direction of vector  promoter Antibiotic Selection: Bacteria are placed on food plates with ampicillin.  What will grow on plates with ampicillin? 4 1. Plain Bacteria no vector only 2. Bacteria with empty vector only 3.  Bacteria with vector with insert only 4. Bacteria with either empty vector or vector with insert **The ampicillin allows the bacteria to grow in the presence of antibiotics. If it’s placed on  ampicillin, it will grow under any conditions** Blue/White screening: ­ The pUS18 vector has a LacZ gene, that makes the B­Galactosidase enzyme ­ The multiple cloning site is in the LacZ gene ­ Bacteria are plated on food with X­gal in it (shows if B­gal was created or not) You transform bacteria with your ligase reaction, and plate the bacteria at low density on media  with X­gal. You get white and blue colonies growing on your plate. Which ones may have your insert? B A. Blue B. White If you isolate DNA from two different bacteria, and digest the DNA with BamHI and SmaI, and run the digested DNA on a gel, and get the following Lane 1: 47bp and 2453bp Lane 2: 1200bp and 2453bp Which bacteria sample has your vector + insert in it? B A) Lane 1 B) Lane 2 C) Both Lanes D) Can’t tell / Don’t know If you isolate DNA from a bacteria that contains a vector with an insert in it, and digest it with  SacI enzyme. What will happen when you run the DNA on a gel? A) Won’t cut the DNA, circular DNA will be on gel B) Will cut the plasmid once, single band of linear DNA  C) Will cut the plasmid twice, two bands of linear DNA  D) Can’t tell, don’t know ????????????????????????????? If you wanted to tell the direction of insertion of your insert/gene, given that you used only  EcoRI… what digestion could you use to tell the difference between inserted in the correct  direction and inserted in the incorrect direction? D A) Single digest – EcoRI B) Single digest – PfoI C) Double digest – EcoRI and PfoI D) Double digest – EheI and SmaI Packaging and Un­packaging the Genome (Textbook chapter  8) ­ Before replication occurs, this packaging has to occur ­ Prophase: DNA is dispersed throughout the nucleus (preparation for cell division) ­ DNA because packaged as cell division goes on ­ Metaphase: the chromosomes become visible Anaphase: the cell divides the chromosomes ­ ­ Telophase: two new nuclei are now formed ­ DNA is usually found unpacked and very loose in eukaryotes (hence the euchromatin) Histone proteins: ­ They ’re made up of 20% of arginine and lysine ­ In terms of the histones, the H3 and H4 tetramer forms first; the other two dimers are then  formed Unpackaging DNA — a dynamic process: ­ Once a DNA is bound d to the histone, the site is unaccessible ­ Sliding: the histone complex literally moving and freeing the DNA ­ Ejection: the histone core disc can literally be removed ­ Dimer exchange: taking the dimer out and putting a post translational modified histone tail in  its place  3. Replication Replication I — DNA Synthesis (Textbook chapter 9 — starting with page 257) Replication: making a duplicate of a double helix DNA; necessary before cytokinesis What components are necessary? ­ Template strand ­ Primer 2 ­ ’­deoxynucleoside triphosphates (dNTP’s) ­ DNA polymerase The control and accuracy of DNA synthesis: The DNA polymerase adds each base at a single active site using base pairing information ­ ­ The proofreading: DNA exonuclease removes mismatched bases The PCR: Remember that the two strands are parallel ­ ­ Primers must direct the growth The basic components of a nucleotide: There are three phosphates (gamma, beta, and alpha) connected to the 5 carbon of the  ­ deoxyribose ­ The only phosphate group actually connected is the alpha phosphate while the other two are  cleaved off giving that energy to the alpha phosphate  — this helps facilitate the growing chain ­ The phosphate is added to the oxygen on the 3rd carbon DNA Synthesis: ­ Using the template strand, the primer anneals and adds dNTPs on the 3 ’ end DNA polymerase facilitates DNA synthesis: ­ The DNA polymerase forms a groove (like a hand) where the DNA runs through ­ The new nucleotides are at the catalytic center Adding a dNTP is tightly controlled; if there is in correct base pairing, the hydrogen bonds  ­ won ’t be able to form — the alpha phosphate is also too far for the oxygen on the 3’ hydroxyl  group ­ If rNTP was used instead of dNTP, the hydrogen bonds would form but the alpha phosphate  would still be too far from the oxygen on the’ hydroxyl group DNA Synthesis speeds: ­ When the DNA polymerase binds slow, it ’s called “putative” nonprocessive DNA polymerase  where only one dNTP is added at a time ­ The processing DNA polymerase adds many dNTP ’s at a time (more than 100 nucleotides  per second) Proofreading: ­ The exonuclease recognizes the end of the newly synthesized DNA in case of a mistake ­ If there is a mistake, synthesis will stop ­ The wrong nucleotide is removed and DNA synthesis resumes Wednesday 10/7 If the entire process of replication is making a copy of something,  what is the template used to make a copy of? D A. Single stranded RNA B. Single stranded DNA C. Double stranded RNA D. Double stranded DNA E. Single stranded amino acid chain What is made during replication? D A. Single stranded RNA B. Single stranded DNA C. Double stranded RNA D. Double stranded DNA E. Single stranded amino acid chain Overview:  ­The leading strand has one RNA primer at the beginning ­The lagging strand has many primers and okazaki fragments ­The DNA polymerase adds from the 3 ’ end to the 5’ end If you wanted to prevent elongation of the nucleotide strand, what part of the molecule could you modify? C A. Nitrogenous base B. 2’­ of the deoxyribose C. 3’­ of the deoxyribose D. 5’­ of the deoxyribose E. Phosphate  Chain Termination: Adding a ddNTP instead of a dNTP leads to the chain being terminated ­ ­The ddNTP deoxyribose does not have a hydroxyl group on the 3rd carbon ­ 3’ 1   A 2   T  3   G 4   C 5   G 6   A 7   C 8   T  9   T 10 A 11 G 12 C  ­ 5’ Template dGTP : ddGTP = 100 : 0 B: Everything gets replicated dGTP : ddGTP = 0 : 100 C: replication will stop here dGTP : ddGTP = 90 : 10 A: replication can stop at any one of these three points Tuesday 10/13 How do we sequence a genome? ­When you don't know the sequence, you can ’t design primers and most detection technologies aren’t sensitive enough to detect all of this ­So, (1) we break the genome into smaller fragments (2) create many copies of that same fragment (3) introduce universal primers ­Bioformatics is used to align and merge fragments of a long DNA sequence to reconstruct the original sequence Replication II (Textbook pages 269-289) ­First off, the double strands need to be easy to separate therefore it is AT-rich ­That specific part is called the replicator; the initiator binds to that part and begins replication ­Now, two identical double stranded molecules are produced The Steps: ­The double helix has to open u p — this creates the replication fork The newly synthesized strands run anti parallel ­ ­When the polymerase from the leading strand reached the replication fork, it opens up even more E. Coli Pol III Holoenzyme: The sliding clamp on the bottom hooks onto the DNA ­ ­There are also 3 little hands, each holds a pol III core: where the actual synthesis occurs One pol III core is in charge of the leading strand and the other is in charge of the ­ lagging strand ­Primase immediately makes primes once the replication fork opens again The small orange center opens the replication fork ­ Primers: ­RNase H removes the primer from the lagging strand ­DNA polymerase Pol I fills in the gap ­DNA ligase joins everything together Wednesday 10/14 In drosophila (fruit fly), replication proceeds at a speed of 2600 nucleotides per minute.  If a chromosome contains 6 x 107 nucleotide, how long does it take to replicate the whole  chromosome? E A. One hour B. One day C. One week D. Two weeks E. More than two weeks Replication begins at the origin and proceeds in both directions. Which strands are replicated in a continuous manner (leading)? C A. A and B B. A and C C. A and D D. B and C E. B and D Monday 10/19 Prokaryotic Replication: ­Has the holoenzyme Monday 10/26 Differences between eukaryotic and prokaryotic chromosomes? ­Eukaryotic cells have linear chromosomes and prokaryotic cells have circular chromosomes ­Eukaryotic chromosomes have a more complicated replication machinery ­Linear chromosomes are much longer so they have multiple sites of replication Suppose origins 3 and 5 initiate replication, that means origin 4 is passively replicated ­ Helicase Loading: ­The origin recognition complex (ORC) recognizes the replicator DNA ­2 copies of helices are loaded onto the ORC ­REMEMBER: HELICASE UNWINDS THE DNA ­Helicase loading is only active during G1 phase The actual helices is activated during every other phase ­ ­When helices loading is occurring, CDK levels are low ­So, CDK levels are low in G1 phase and high in S, G2, and M phase Eukaryotic Replisome: ­Activating the helices leads to the assembly of the eukaryotic replisome ­This consists of the two helicases as well as a DNA polymerase on each strand Polymerase Epsilon is on the leading strand ­ ­Polymerase Delta is on the lagging strand Which one of the following factors significantly contributes to the ability of eukaryotic cells to complete DNA replication during the short window of time offered by S phase? C A. The next round of replication begins before the cell exits S phase. B. Eukaryotic DNA polymerases synthesizes DNA at higher rate. C. Multiple origins of replication are activated per chromosome. D. Origins of replication can initiate again after they have been replicated and before  mitosis. Since eukaryotes have linear chromosomes so telomeres are at these ends: ­Telomeres are added to the ends of chromosomes ­Telomerase extends the 3 ’ end of the telomere The other strand makes a complementary okazaki fragment, which gets ­  repaired ­Now, the whole two strands are longer than before but the ends are telomeres: a repeating  sequence  — TTAGGG ­The only difference is that the 3’ end has an overhang ­Now, a t­loop can form and leads to more protection An RNA template is used ­ Which of the following statements correctly describes the role of telomerase in eukaryotic cells? B A. It synthesizes the Okazaki fragment needed to prevent loss of genetic information at the 5′ end of the chromosome. B. It synthesizes new DNA (using a RNA template) at the 3′ end of the chromosome. C. It synthesizes new DNA (using a DNA template) at the 3′ end of the chromosomes. D. It synthesizes DNA on both the 5′ and 3′ ends of the chromosome. Wednesday 10/28 Exonuclease: ­ Recognizes any incorrect finding on either the 3 ’ or 5’ END (and only end) ­ It stops transcription, replaces the wrong nucleotide with the right one, then transcription  continues again Ames Test: ­ Salmonella needs histidine in order to grow ­ Test: two plates; both had no histidine but one plate had some growth ­ What happened? a mutation occurred! certain cells gained a function that allowed them to grow ­ When mutagens (mutation causing factors) were added,more growth occurred Mutations: Point mutation  ­ — substituting a nucleotide for a different nucleotide (the simplest form) • Transition: switching a purine for a purine or switching a pyrimidine for a pyrimidine • Transversion: switching a purine for a pyrimidine or switching a pyrimidine for a purine ­ Deletion ­ Duplication — may lead to down’s syndrome Repair: (MutS, MutL, MutH) ­ MutS locates the mutation by first locating the template strand  — by recognizing the methyls on  the ‘A’ in the ‘GATC’ sequence on the template strand ­ MutS recruits MutL ­ MutL finds the corresponding site on the daughter strand ­ MutL recruits MutH ­ MutH is an endonuclease  — it cuts the wrong base out and creates a small nick ­ Exonuclease takes out the DNA around d the nick?? ­ Now, the DNA polymerase III puts in the right nucleotides Transcription Monday 11/2 5’ and 3’ UTRs exist in: D A. Eukaryotic genes B. Prokaryotic genes +1 C. Neither A. or B. D. Both A. and B. 5’­CCTGACGTTGCAT……­3’ E. I don’t know. 3’­GGACTGCAACGTA…...­5’ Below is the sequence at the beginning of a gene. “+1” refers to the transcriptional start site. Which DNA strand does the RNA polymerase read as a template, and in which direction? A A. Top (sense) strand, from left to right B. Top (sense) strand, from right to left C. Bottom (antisense) strand, from left to right D. Bottom (antisense) strand, from right to leftI don’t know. Introns exist in ? A A. Eukaryotes B. Prokaryotes C. Neither D. Both RNA splicing occurs when and where? C A. In the nucleus in prokaryotes, in the cytosol in eukaryotes B. In the nucleus in eukaryotes, in the cytosol in prokaryotes C. Before the whole RNA molecule is synthesized. D. After the whole RNA molecule is synthesized. E. I don’t know. The UTRs belong to which part of a gene? B A. Intron B. Exon C. Coding sequence D. Untranscribed region E. I don’t know. Differences: Replication — ­Deoxyribonucleotides ­Requires a primer Product remains annealed ­ ­Very accurate ­Permanent copy ­Copies entire genome Transcription — Ribonucleotides ­ ­No primer needed ­Product is displaced ­Not so accurate ­Transient copies ­Copies only part of genome Transcription in prokaryotes: ­Prokaryotic DNA: consists of different genes Prokaryotic mRNA: coding and noncoding sequences ­ ­Each coding sequences codes for a different protein Of the three major life forms (bacteria, archaea, and eukaryotes), we are using bacterial RNA polymerase as the model to illustrate transcription. Why? C A) Bacterial RNA polymerases are under  the most transcriptional control. B) Because the bacterial genome is circular, the RNA polymerase doesn’t have to start and  stop at any particular site. C) They all use the same principle and similar machinery, but the bacterial polymerase is much  simpler. D) You can’t see the RNA polymerase in eukaryotes, because it is hidden in the nucleus. Which of the following is the most important step in regulating protein function? A. DNA replication B. RNA transcription C. RNA degradation D. Protein translation E. Protein degradation Wednesday 11/4 The transcription cycle: ­Initiation This process begins, then stops after a few bases, then starts back over again ­ ­Elongation ­Termination How can the RNA polymerase begin transcription at every gene, even though every gene is different? (i.e. what does the RNA polymerase recognize/binds?) A) Binds like histones – does not care about sequence B) Binds like restriction endonucleases – recognizes certain specific sequences. How do you think the lack of a primer affects transcription initiation? C A. No effect B. It lowers the accuracy of initiating at the right site. C. It lowers the efficiency of initiating.  D. It allows transcription to start on both DNA strands. Bacterial promoters: ­The UP­element is upstream, before the +1 site ­After the UP­element, there are ­35 and ­30 promoter sites The RNA polymerase has two subunits that recruit the polymerase to the promoter ­ ­ The two sigma subunits bind to the ­35 and ­10 sites ­ The alpha­CTD binds as well Compared to the standard -35 and -10 elements, an additional UP-element in the promoter of one bacterial gene can be expected to have which of the following effects? D A. It competes for binding at the ­35 element. B. It competes for binding at the ­10 element. C. It weakens interaction with the RNA polymerase. D. It strengthens the ability of the RNA polymerase to initiate transcription. Why is sigma factor NOT considered part of the core enzyme? A A. It doesn’t contribute to enzymatic activity of the RNA polymerase. B. It doesn’t bind promoter. C. A lot of bacteria species do not have sigma factors. D. It can be replaced by other subunits of the RNA polymerase (a’, a”, b, b, ω). Elongation: ­Occurs in +1 forward translocationRNA polymerase is not a smart enzyme: It doesn ­ ’t start well, read well, and doesn’t correct mistakes ­Phosphorolytic editing: removes the last nucleotide ­Hydrolytic editing: cleaves multiple last nucleotides Termination: ­Rho­dependent: the Rho protein binds to the newly synthesized DNA ­Rho­independent: A hairpin loop is created on its own Prokaryotic Transcription I (Pages 429­466) Making the complementary RNA:  ­RNA polymerases in bacteria is a holoenzyme ­The RNA polymerases in yeast contain additional subunits Anatomy of a gene: ­The DNA contains a start and a stop codon; the sequences between these two is the cds  — coding sequence ­The regions on either side are the untranslated regions Prokaryotic Transcription II Phases of the cycle: ­Initiation ­ The RNA polymerase is recruited to where transcription should begin by the promoter  (this is very specific) ­ After it is bound, the DNA is still a double stranded complex (closed complex) ­ The DNA opens up and melts to become single stranded (open complex) ­Elongation There ­ ’s a stable ternary complex ­Termination ­ the RNA polymerase associates from the template Prokaryotic Transcription III RNA polymerase: ­Initiation: does not start well ­Elongation: +1 translocation (always added one at a time) • Pauses during elongation ­Termination: it doesn ’t know when to stop Monday 11/9 Compared with DNA replication, which statement about RNA transcription is correct? C A. Both processes require primer to start. B. The product of RNA transcription is always shorter than that of DNA replication C. DNA polymerase makes a double stranded product (one of the strands is newly  synthesized), while the product of the RNA polymerase is single­stranded. D. DNA polymerases have proofreading activities, while RNA polymerases don’t. Does RNA polymerase have proofreading activity? D A. No. This is why the transcription process is not highly accurate. B. It has one proofreading mechanism: Pyrophosphorolytic editing C. It has one proofreading mechanism:       Hydrolytic editing D. It can perform both pyrophosphorolytic editing and hydrolytic editing. In eukaryotic transcription, the sigma factors are replaced by general transcription factors Eukaryotes also have three polymerases: Pol I (ribosomal RNA precursor), Pol II (RNA  encoding proteins), and pol III (tRNA) Why are there at least 3 different RNA polymerases (Pol I, Pol II, and Pol III) in eukaryotes? E A) Structurally, Pol I is the simplest, Pol II has more components, and Pol III has the most  parts. B) Different cells have genes for different RNA polymerases. C) They are expressed in different cells. D) They are expressed in different stages of development. E) It’s called functional specialization. Eukaryotes have a “minimal promoter” ­the core promoter is the minimal set of sequence elements required for accurate transcription  initiation Usually 40­60 nucleotides either upstream or downstream of the +1 site ­ General transcription factors: ­TFIID: initiates TBP and TAF ’s (remains binded after transcription occurs) ­ TBP binds to the TATA box ­ TAF ’s binds to the remaining core promoters ­TFIIA: stabilizes the binding of TFIID  ­TFIIB: recruits TFIIF ­TFIIF: binds to RNA polymerase and directs it TFIIH: promotes the melting using helices activity ­ Both the TATA box and the ­10 element are rich in As & Ts.  Why? D A. Coincidence B. They are bound by similar proteins (i.e. sigma factor and TBP have similar sequences. C. They are bound by totally different proteins, but the mode of binding is similar. D. AT­rich sequences more readily form open complexes. One difference is that the TATA box is further from the transcriptional start site than the ­10  element.  Why? B & C A. Coincidence B. More proteins are recruited to the promoter. C. The eukaryotic RNA polymerase is larger, needing more space. Friday 11/13 ­The TFIIH not only melts, but also phosphorylates the CTD ­In order for the promoter to escape, ATP is required and the C terminal tail must be  phosphorylated The C terminal tail: It ­ ’s under a lot of regulation ­The same sequence: Tyr­Ser­Pro­Thr­Ser­Pro­Ser ­Proline doesn ’t code for anything How many phosophorylation combinations can this repeat theoretically assume? D Tyr­Ser­Pro­Thr­Ser­Pro­Ser A. 2 B. 6 C. 10 D. 32 Phosphorylation of the CTD: ­A key event in transcription Wednesday 11/18  Capping: ­Capping the 5 ’ end of RNA protects the mRNA To study the 5’ capping process, you want to radiolabel (using P 32) the G to be added to the 5’ end of an mRNA. Which phosphate should have the P 32 ? A A. α B. β C. γ D. Doesn’t matter.  Any one would do. **Adding to the G — the G is apart of the nucleotide and the only phosphate that stays blinded  is the alpha phosphate** Polyadenylation: ­Marks the end of the mRNA Which one is a nucleic acid polymerase? E A. DNA polymerase B. RNA polymerase C. Telomerase D. Poly(A) polymerase E. All of the above Contrasting transcriptional termination: ­Transcription termination in prokaryotes is physical: DNA, RNA, and polymerase. If one leaves,  the process stops ­ Transcription termination in eukaryotes is a two­step process: Mature mRNA is released and  ready for action The released mRNA is: ­ Modified on both ends Bound by an array of proteins ­ ­ Transported out of the nucleus ­ What about polymerase? It ’s still blindly transcribing until it’s somehow stopped Eukaryotic Transcription I ­ Transcription in prokaryotes — the melting of DNA doesn’t require energy ­ General transcription factors + RNA polymerase = the core enzyme ­ The core enzyme initiates transcription in vitro (not in vivo) ­ basically, more factors are required Much more complicated in eukaryotes: ­ Much more regulation ­ Large genomes compacted into chromatins Why do we need different polymerases? RNA comes in different forms  ­ — RNA precursor, mRNA, and tRNA  The minimal promoter: ­ The minimal sequence elements recognized by the RNA polymerase  — the core promoter It ­ ’s usually 40­60 nucleotides either upstream or downstream of the +1 site ­ In vivo requires much more additional components Pol II elements: The +1 site is upstream of the coding sequence ­ ­ Transcription begins at +1 ­ The CDS is downstream of the +1 site ­ So, transcription goes from +1, to the 5’ UTR, the CDS, then the 3’ UTR ­ BUT, translation begins at the actual CDS (coding sequence), because the 5 ’ UTR doesn’t  have protein encoding sequences The ­35 and ­10 sites are more upstream of the +1 site (in prokaryotes) ­ Different core elements: ­ The TATA box in eukaryotes is equivalent to the ­10 site in prokaryotes ­ The TATA box is recognized by the  “TBP” ­ “TAF” recognizes an initiator sequence ­ TFIID is responsible for the TBP and TAF ­ When TBP binds to the TATA box, the DNA template bends USING THE  BETA SHEET IN THE MINOR GROOVE ­ The bending brings the promoter elements closer to one another to make everything easier General transcription factors: TFIID  ­ — (1) TBP: TATA box (2) TAF’s: others ­ TFIIB — recruits TFIIF ­ TFIIF — helps the RNA polymerase II to find the promoter TFIIH  ­ — promotes melting Eukaryotic Transcription II ­ Once every component is recruited, the pre­initiation complex is formed ­ Now, the two strands are still held together — DNA needs to undergo melting ­ In eukaryotes, melting requires energy in the form of ATP (the chromatin requires more energy) ­ Once it’s melted, it’s now an open complex Now, transcription can begin ­ C terminal tail: ­ This tail anchors the RNA polymerase II to the DNA But, in order for transcription to begin, RNA polymerase II must move away from the promoter  ­ — it needs to escape ­ So, TFIIH phosphorylates the C terminal tail of the polymerase **The tail is blinded to the polymerase** Now, the polymerase can begin the process of transcription ­ C terminal domain: ­ Same amino acids forming this tail; proline can ’t be phosphorylated ­ Only hydroxyl groups can be phosphorylated ­ Now, they are negatively charged ­ This leads to dissociation of the tail ­ This also leads to splicing factors being activated What happens to the GTF’s? ­ Those that don ’t bind directly (TFIIB and TFIIH) leave — promoter clearance ­ Those that bind directly, TFIID, stays ­ Once the polymerase moves away, this complex allows the recruitment of another polymerase  to come **The new RNA is processed before termination** Eukaryotic Transcription III mRNA after processing — The Cat in the Hat: (1) he has a cap at the 5’ end (on his head) (2)  he has a tail at the 3’ end Processing: The introns must be removed  ­ — splicing Capping: ­ The moment the polymerase escapes, hSPT5 recruits the 5 ’ capping (they bind) They both bind on the tail of the polymerase and is close to the 5 ­ ’ end Steps: ­ On the 5 ’ end of the new RNA, thee has to be a triphosphate The end phosphate is cut off ­ ­ The new  “cap” has three phosphates — the beta phosphate of the 5’ end binds to the alpha  phosphate on the “cap” ­ There is a methyl on the end of the  “cap” on the 7th carbon Polyadenylation — marks the 3’ end of the mRNA: ­ While 5’ capping is in progress ­ CstF and CPSF are on the tail; once the tail begins to get phosphorylated, these two factors are  activated ­ They leave the tail and go to the 3’ end The CstF leaves and the CPSF stays to recruit the poly­A polymerase (PAP) ­ ­ The PAP adds multiple A ’s on the 3’ end without a template ­ The length can vary but is about 200 A ’s Additional poly­A­binding proteins also come into play ­ Now, what happens to the RNA polymerase? ­ When the mRNA is released, the RNA polymerase is still transcribing ­ SO, THERE IS A SECOND RNA MOLECULE IS BEING CREATED ­ The tail being phosphorylated before recruits an enzyme, Rat1 ­ Rat1 is a nuclease that recognizes the uncapped 5 ’ end of the new RNA ­ Rat1 fights off one nucleotide after another ­ Rat1 wins, because it ’s faster This is the  ­ “torpedo” model ­the Rat1 only recognizes and degrades this cause the 5 ’ end is uncapped — this is why  capping the 5’ end is so important Splicing Splicing I ­Genomic DNA: exons and introns ­Pre­mRNA is next Spliced mRNA: UTR ­ ’s and exons ­ Part of the RNA is removed ­ Exons are the coding regions so this process makes it continuous and non disruptive ­ Resulting in a mature RNA = UTR ’s and CDS (exons) The process in order so far: ­Transcription ­RNA processing (while transcription is occurring): 5 ’ capping, 3’ polyadenylation, splicing, and  RNA editing (changing the coding sequences) Recognition sequences: ­the intron has three sites: (1) ’ splice site (2) branch site (3) 3’ splice site A lariat: ­2 phosphodiester bonds are broken and 2 are formed Steps: (1) The  ­ “A” in the branch site has a 2’­OH — this breaks the phosphodiester bond a the 5’ end  of the intron ­Now, there is a 3 ’­OH group at the first exon ­(2) This 3’­OH group breaks the other phosphate at the 3’ end ­The eons are now joined and the intron has a lariat Splicing II The spliceosome: ­150 proteins 5 RNA ­ ’s: U1, U2, U4, U5, and U6 ­Proteins + RNA ’s = snRNPS ­RNA ’s are responsible for recognizing splicing sites More steps: ­U1 recognizes the 5 ’ splice site (to help with the folding) ­The branch site is recognized by the BBP ­The BBP is replaced by U2  — the “A” in the branch site doesn’t get its complementary part ­ This causes the 2 ’­OH group to stick out ­ This can attack what ’s upstream ­U6 now replaces U1 ­Now, we have U2 and U6  — they are complementary to one another — this allows them to bind to create the lariat loop after the hydroxyl group attacks upstream Splicing III Other steps: ­U1 and BBP recognizes the 5 ’ splicing site and branch point BBP is displaced by U2 ­ **The 3’ splicing site is recognized by the U2 associated factor** ­A complex of snRNP ’s is introduced: it brings in U5 and U6, which is connected by U4 to the  intron site ­U6 replaces U1 ­U5 brings the eons together Why introns? ­Allows alternative splicing Different types of splicing: ­pre­mRNA spliceosome: what we just learned ­Group II self­splicing: a loop is formed so the branch site can get closer to the ’ splice site — then the lariat loop is created ­Group I self­splicing: the 3’­OH of the branch site breaks the phosphodiester bond of the 5’ splice site — then the two eons join Splicing IV Why are the 5’ and branch sites each bound twice? ­5 ’ splice site: 1st by U1, then U6 branch site: 1st by BBP, then U2 ­ ­Why not those two to begin with? this increases accuracy What else increases accuracy? There additional factors to  ­ “guide” the spliceosome to the right site ­There are also multiple checks and balances ­The exon definition  — when the exon ends at the exon­intron junction Other proteins: ­Sr proteins — they define the beginning and end of the exon — they help splicing occur and  continue hnRNP ­ ’s — they’re the opposite and do not enhance splicing Splicing V Mutually exclusive splicing — when neighboring eons encode he same functional protein and  only one has to be chosen ­Steric hindrance ­Using the minor splice sites Steric hindrance: Either exon 2 or exon 3 can be skipped — How would nature go about which  exon to choose? ­There is a small intron between exon 2 and exon 3 ­A U2 snRNP can be skipped, the U6 has to bind with the next U2 that is more downstream and  skips an exon — in both scenarios mRNA transportation: ­Transcription in eukaryotic cells is in the nucleu— DNA to pre­mRNA ­In the nucleus, there is ’ capping, 3’ adenylation, and splicing in the nucleus — pre­mRNA to  mRNA ­mRNA is transported to the cytosol for translation Translation Monday 11/30 Translation takes place in the cytoplasm: ­In prokaryotes, the ribosome can load onto the RNA as it ’s being transcribed ­Prokaryotes an eukaryoes still have the same genetic code ­There is a start and stop codon ­In eukaryotes it’s simple — the start codon is ATG (methionine) ­Since prokaryotic mRNA ’s can code for more than one protein (polycistronic), their process  relies on a specific sequence: shine­delgarno sequence Translation in prokaryotes and eukaryotes share what components and properties? E A. The genetic code B. Ribosomes as factories of protein synthesis C. Transfer RNAs (tRNAs) that bring amino acids D. The chemical reaction of polypeptide extension E. All of the above Translation in prokaryotes and eukaryotes differ in which aspects? E A. The structural features of mature mRNA B. The site (subcellular location) of translation C. The size of the ribosomes D. The number of different proteins each mRNA molecule can encode E. All of the above Translation I The central dogma: the movement of DNA to protein This discussion: ­ The structure of mRNA ­ Choosing the right start In eukaryotes: ­ Every process but this occurs in the nucleus ­ After, the mRNA is transported to the cytoplasm ­ The mRNA is now located at the ribosomes  — this translates the mRNA into a polypeptide — a string of amino acids ­ Amino acids are the building blocks of proteins ­ Here, there is a physical separation in synthesizing the mRNA and the polypeptide In prokaryotes: ­ The space is just a big cytoplasm ­ No processing ­ Transcription and translation aren ’t physically separated ­ The ribosomes can load immediately while the RNA is still being transcribed ­ The new mRNA exists the RNA polymerase The 5 ­ ’ end of the mRNA enters the ribosome ­ The N­terminal end of the new protein being synthesized exists the ribosome when it ’s time ­ 5 ’ end is analog to the N­terminal; the 3’ end is analog to the C­terminal ­ You will also find multiple ribosomes on the same mRNA molecule Differences and commonalities: ­ Eukaryotes have the methyl group and a poly­A tail ­ They use the same nucleotides The genetic code: ­ Stop codons: UAA, UAG, and UGA ­ Start codon: AUG or ATG Where does translation start? ­ How does the ribosome know where to start? ­ Between the start and stop codon is the open reading frame (ORF) ­ The start codon, methionine, is at the N­terminal end (since that side is what goes into the  ribosome first) ­ The 5 ’ UTR and 3’ UTR isn’t read ­ Since there are 3 stop codons, if the ORF shifts, the stop codon can come on early If there is no start codon, the translational machinery doesn ­ ’t make that specific protein ­ But, in prokaryotes, the ribosomal subunit has to find the shine­dalgarno site to bind, then  finds the first start codon from there Why the shine­dalgarno in prokaryotes? ­ In eukaryotes, 1 mRNA encodes for 1 protein ­ In prokaryotes, 1 mRNA can encode for multiple proteins ­ 1 ORF in prokaryotes is a cistron (spelling?) Translation II This discussion: ­ tRNA: structure and  “charging” Polypeptide structure ­ ­ The chemical reaction to extend a polypeptide tRNA: ­ Amino acids are brought to the ribosome by tRNA ­ The acceptor arm receives the amino acid ­ The opposite end, the anticodon loop, codes for the nucleotide triplet by aligning its anti  coding ­ The tRNA lies antiparallel with the mRNA ­ Before recognizing the sequence and without the amino acid, the tRNA is uncharged Once the amino acid is covalently bound to the tRNA, it is now charged ­ ­ The 3 ’ end is always “ACC” Charging the tRNA: a two step process: The amino acid is floating freely around ­ ­ The amino acid connects with an ATP at the alpha phosphate ­ This is now the adenylate amino acid The energy from the ATP used is stored in this newly formed bond ­ ­ Now, this adenylate amino acid is transferred to the 3 ’ end of the tRNA ­ The 3 ’­OH of the tRNA attacks the carbon of the amino acid — the tRNA is now charged This energy is stored as well  ­ — only 1 ATP was used A polypeptide chain: ­ Amino acids form polypeptides with a repeating structure A condensation reaction takes place as they bond and water is released ­ ­ Remember that the charged tRNA drives this reaction ­ This is a peptidyltransferase reaction The peptide is transferred to the new amino acid ­ Translation III Ribosome in Translation: ­ Ribosomes are made of the small and large subunits ­ Eukaryote is 80s and prokaryote is 70s (how macromolecules behave when exposed in a  centrifuge) ­ In eukaryotic cells, the large subunit is 60s and the small subunit is 40s ­ In prokaryotic cells, the large subunit is 50s and the small subunit is 30s Ribosomal assembly: ­ The small subunit interacts with the mRNA and tRNA before binding to the large subunit ­ When the large subunit bonds, other tRNA ’s are recruited to make the protein Now, the process can start until it reaches the stop codon ­ ­ It then falls apart ­ A ribosome occupies about 80 nucleotides  — many ribosomes can act on a single RNA — this RNA is a polysome — this can also occur in eukaryotes The ribosome: STEP 1 ­ Three different sites: E, P, and A ­ Initial phase: mRNA binds to the small subunit through the P site ­ Then, the tRNA binds to  the mRNA How do we make sure that the mRNA binds to the P site and not any other site? ­ The shrine Delgarno sequence binds to the ribosome so the start codon is on the P site Prokaryotic translation factors: ­ IF1, IF2, and IF3 • IF 3 — binds to the E site to prevent the small and large subunits from interacting  • IF1 — binds to the A site to stop another tRNA from binding there • IF2 — binds to IF1 (IF2 has to be active and bound to GTP) • Now, the mRNA and tRNA (fMet­tRNA in prokaryotes) can be recruited • This is all held together by RNA interactions — this is the 30s complex ­ After everything is in place, IF3 is released — now, the large subunit binds ­ After the large subunit binds GTPase is stimulated  — instead of IF2­GTP, you now have IF2­ GDP ­ This lowers the affinity, so this as well as IF1 is released ­ This is now the 70s initiation complex Translation IV The three stages of translation: ­ Initiation ­ Elongation: similar in prokaryotes and eukaryotes ­ Termination/release The 70s initiation complex leads to elongation: ­ Elongation factors are needed ­ termination: release factors ­ Molecular mimicry Elongation: ­ Binding of aminoacyl­tRNA ­ Bond formation Translocation ­ Step 1: ­ EF­Tu delivers the aminoacyl­tRNA to the A site of the ribosome ­ Now the P and A site are both occupied ­ Tu is due to GDPase activity Step 2: ­ But, the growing polypeptide is on the P site from the old tRNA ­ The new tRNA wants to go to the P site, so the old tRNA has to move everything to the E site  — this works by translocation ­ EF­G helps with translocation: it binds to the new tRNA and pushes it to the P site  — this pushes the old tRNA to the E site — this factor is now released ­ EF­G is involved in mimicking the tRNA ­ The old tRNA is released while the new one is on the P site with the polypeptide bound to it THIS PROCESS WILL CONTINUE UNTIL THE STOP CODON Termination: Release factors 1 and 2 recognize stop codons ­ ­ The eukaryotic release factor recognizes all three stop codons ­ These factors fit in the A site and stop the process (binds but no bond)


Buy Material

Are you sure you want to buy this material for

50 Karma

Buy Material

BOOM! Enjoy Your Free Notes!

We've added these Notes to your profile, click here to view them now.


You're already Subscribed!

Looks like you've already subscribed to StudySoup, you won't need to purchase another subscription to get this material. To access this material simply click 'View Full Document'

Why people love StudySoup

Bentley McCaw University of Florida

"I was shooting for a perfect 4.0 GPA this semester. Having StudySoup as a study aid was critical to helping me achieve my goal...and I nailed it!"

Janice Dongeun University of Washington

"I used the money I made selling my notes & study guides to pay for spring break in Olympia, Washington...which was Sweet!"

Jim McGreen Ohio University

"Knowing I can count on the Elite Notetaker in my class allows me to focus on what the professor is saying instead of just scribbling notes the whole time and falling behind."


"Their 'Elite Notetakers' are making over $1,200/month in sales by creating high quality content that helps their classmates in a time of need."

Become an Elite Notetaker and start selling your notes online!

Refund Policy


All subscriptions to StudySoup are paid in full at the time of subscribing. To change your credit card information or to cancel your subscription, go to "Edit Settings". All credit card information will be available there. If you should decide to cancel your subscription, it will continue to be valid until the next payment period, as all payments for the current period were made in advance. For special circumstances, please email


StudySoup has more than 1 million course-specific study resources to help students study smarter. If you’re having trouble finding what you’re looking for, our customer support team can help you find what you need! Feel free to contact them here:

Recurring Subscriptions: If you have canceled your recurring subscription on the day of renewal and have not downloaded any documents, you may request a refund by submitting an email to

Satisfaction Guarantee: If you’re not satisfied with your subscription, you can contact us for further help. Contact must be made within 3 business days of your subscription purchase and your refund request will be subject for review.

Please Note: Refunds can never be provided more than 30 days after the initial purchase date regardless of your activity on the site.