Limited time offer 20% OFF StudySoup Subscription details

MiraCosta College - BIOL 204 - Study Guide - Midterm

Created by: David Edwards Elite Notetaker

> > > > MiraCosta College - BIOL 204 - Study Guide - Midterm

MiraCosta College - BIOL 204 - Study Guide - Midterm

School: MiraCosta College
Department: Biology
Course: Metabolic Biochemistry
Professor: S. Bailey
Term: Spring 2016
Name: Unit 4
Description: Unit 4 vocab and questions
Uploaded: 05/17/2016
5 5 3 60 Reviews
This preview shows pages 1 - 3 of a 12 page document. to view the rest of the content
background image Replication The process through which 
the genetic information of a 
cell is copied through a series 
of enzymatic reactions to pass
identical DNA to daughter 
5’ to 3’ Polarity refers to the carbon numbers 
of the sugars ribose and 
deoxyribose which contain 
hydroxyl groups to which 
incoming nucleotides are 
attached during 
polymerization, with addition 
specifically to the 3' hydroxyl 
group, resulting in increases 
in length at the 3' end, in 
polymerization in the 5' to 3' 
Antiparallel The configuration of a DNA 
molecule that is made up of 
two strands held together by 
complimentary base pairing. 
This results in one strand 
reading 5’3’ one direction 
and 5’3’ in the opposite 
RNA Primase An enzyme that lays down 
complimentary RNA 
nucleotides to the template 
strand of DNA known as 
RNA primers. Necessary before DNA 
Polymerase III can lay down 
new DNA
Helicase The enzyme that “unzips” the 
original DNA strand to start 
replication and create 
replication forks and two 
template strands Single strand binding protein These proteins bind to the 
unpaired, separated DNA 
strands and keep them from 
re­pairing.   Topoisomerase The enzyme that stays ahead 
of the replication fork 
relieving the strain on the yet 
to be separated DNA because 
the untwisting of the double 
helix causes strain. DNA Polymerase III The enzyme that begins  laying down new nucleotides 
complimentary to the template
strand on both the leading and
lagging strand after the RNA 
primer has been established o alpha­subunit: Enzymatic 
polymerization of DNA in 
the 5’
3’ direction o epsilon­subunit:  Exonuclease that proofreads 
in a 3’5’ direction
o beta­subunit: holds the 
whole complex onto the 
DNA strand   o tau­subunit: Tethers the two
alpha subunits of DNA 
polymerase III to each other   DNA Polymerase I Replaces the RNA primer 
with DNA after RNase 
degrades the RNA primer.
Polymerizes in the 5’3’ 
DNA Ligase An enzyme that connects the 
fragments of lagging strand 
DNA  Okazaki Fragment Lagging strand segments that 
contain the RNA primer and 
nucleotides laid down by 
DNA Polymerase III  Leading Strand DNA synthesized 
continuously 5’3’ following 
the replication fork (helicase) Lagging Strand DNA synthesized in segments
away from the replication fork
also in the 5’3’ direction 
Exonuclease An enzyme that works by 
cleaving nucleotides one at a 
time from the end (exo) of a 
polynucleotide chain. Endonuclease An enzyme that works by 
cleaving nucleotides one at a 
time from the 
Tautomers Rare forms of nucleotides that
can “confuse” DNA 
polymerase when the enzyme 
selects nucleotides to pair up
Nucleotides have a floating 
proton that can give the 
molecule a different structure  causing an incorrect pairing 
that could lead to point 
mutations due to DNA’s 
semi­conservative replication 
properties Telomere Repetitive DNA added to the 
3’ ends of chromosomes early
in development
End replication problem 
occurs because lagging 
strands would be staggered 
leaving them uncopied
Telomeres prevent the 
staggered ends from 
activating the cells systems 
for monitoring damaged 
DNA.   Also acts as a buffer that 
provides protection against 
the organism’s genes 
shortening.  They do get 
shorter after every round of 
replication eventually leading 
to somatic cell apoptosis or 
senescence= no more cell 
Telomerase The enzyme that adds 
telomeres to DNA strands.
Operon Set of genes that are related 
and coordinate functionally 
for a protein  Includes the switch segment 
of DNA called an 
operator,  the promoter sequence and the
genes they control.
Polycistronic Describing a type of 
messenger RNA that can 
encode more than one 
polypeptide separately within 
the same RNA molecule. Monocistronic An RNA molecule that 
encodes for only one protein
Promoter The DNA sequence where 
RNA polymerase attaches and
initiates transcription. 
RNA Polymerase An enzyme that pries the two 
strands of DNA apart and 
joins together RNA 
nucleotides complementary to
the DNA template strand. Assemble a polynucleotide in 
background image the 5’3’ direction. TFIID/TBP TATA binding protein that 
recognizes the promoter 
sequence and recruits general 
transcription factors to bind 
and assemble TFIIH A helicase enzyme that 
unwinds parent DNA and 
phosphorylates RNA 
polymerase II at the C­
terminal domain
Phosphates become binding 
sites for “hitchhiker” proteins 
such as Capping Enzymes and
Cleavage factors
Also used as a promoter 
TATA Box A nucleotide sequence 
containing TATA, about 25 
nucleotides upstream from the
transcriptional start point.
Template Strand The strand of DNA that is 
used to make a new strand of 
RNA during transcription by 
matching complimentary 
nucleotides to it. Non­template Strand The other strand of DNA not 
being used to create RNA 
during transcription
C­terminal Domain The carboxyl end of an amino
acid where more amino acids 
are attached to create the 
growing polypeptide chain 
during translation General Transcription Factor class of protein transcription 
factors that bind to specific 
sites (promoter) on DNA to 
activate transcription of 
genetic information from 
DNA to mRNA. Poly A Signal Polyadenylation signal 
sequence in DNA (TTATTT) 
that specifies a signal 
sequence in mRNA 
Once this stretch of 
nucleotides appears, it is 
immediately bound by 
cleavage factors to release the 
mRNA to head to ribosomes  for translation. Poly A Tail At the 3’ end, Poly A 
polymerase adds about 200 
more adenine nucleotide
Used to facilitate the export of
the mRNA from the nucleus, 
used to protect the mRNA 
from degradation by 
exonucleases, and they help 
ribosomes identify and attach 
to the 5’ end of the mRNA. 5’ Cap A modified form of guanine 
nucleotide added to the 5’ end
after transcription 
Done for same reasons as 
Poly­A tail. (Export of 
nucleus, prevent degradation, 
point of attachment for 
ribosomes) Exon Regions of mRNA that are 
expressed by being translated 
into AAs.
Intron Regions of mRNA that are 
noncoding segments that are 
usually between coding 
regions and are cut out by 
large complex of proteins and 
snRNA called splicesomes.
snRNP A complex of snRNA and 
proteins that bind to introns to
splice them out of mRNA Spliceosome The formal name of the 
complex made up of snRNA 
and binding proteins that 
cleave out introns from 
mRNA Molecule of nucleotides that 
is transcribed from DNA and 
translated into AAs via 
tRNA Transfer RNA used to transfer
amino acids from the 
cytoplasmic pool to a growing
polypeptide in a ribosome.
rRNA RNA molecules that, together 
with proteins, make up 
ribosomes; the most abundant 
type of RNA
snRNA Small nuclear RNA that, 
together with proteins, make 
up spliceosomes miRNA Micro RNA that regulates the 
expression of genes by 
interacting directly with DNA
or w mRNA copy Capable of binding to 
complementary sequences in 
mRNA molecules.  
Allows complex to bind to 
any mRNA molecule with at 
least 7 or 8 nucleotides of 
complementary sequence.
miRNA and protein complex 
either degrades the target 
mRNA or blocks its 
Ribozyme RNA molecules that function 
as enzymes
found in the ribosome where 
they join amino acids together
to form protein chains 5’/3’ UTRs Parts of the mRNA that will 
not be translated into protein, 
but they have other functions, 
such as ribosome binding. Start codon Codon AUG that signals the 
machinery to begin translating
the mRNA at that location. Stop codon Termination codon that 
signals the end of a 
Aminoacyl tRNA Synthetase  (AARS) Correct matching up of tRNA 
and amino acid is carrier out 
by these enzymes. Active site of each AARS fits 
only a specific combo of AA 
and tRNA making there be 20
different synthases for each 
Catalyzes the covalent 
attachment of the AA to 
tRNA driven by hydrolysis of 
Ribosomal Subunit Small subunit o Binds to both mRNA and a
specific initiator tRNA, 
background image which carriers the AA 
methionine.  Binds the 
mRNA at a specific RNA 
sequence, just upstream 
from the start codon, AUG o Binds to the 5’ cap of the 
mRNA and then moves, or 
scans, downstream along 
the mRNA until it reaches 
the start codon Large subunit o Completes the initiation  complex.  o Hydrolysis of GTP 
provides the energy for the 
assembly.  Initiator tRNA 
is in the P site; the A site is
available to the tRNA with 
the next AA
  Initiation Factors Proteins that are required to 
bring all the translation 
components together. Elongation Factors Several proteins that are 
required to add AAs one by 
one to the previous amino 
acid at the C­terminus of the 
growing polypeptide chain.
lac operon Set of genes that are related 
and coordinate functionally 
for lactose
o Lac Z: encodes beta­ galactosidase which 
cleaves and begin 
metabolism of lactose o Lac Y: encodes lactose 
permease which is a 
membrane transport 
o Lac A: encodes  galactosidase 
transacetylase which is still
not understood Operator Positioned within the 
promoter, or between 
promoter and enzyme­coding 
genes. Controls the access of RNA 
polymerase to the genes.
Repressor A protein that binds to the 
operator and blocks 
attachment of RNA 
polymerase to the promoter 
preventing transcription of the
genes. Co­repressor Small molecule that 
cooperates with a repressor 
protein to switch an operon 
off Inducer Small molecule that 
inactivates the repressor if the 
operon is always active and 
requires a repressor to turn it 
Catabolite Activator Protein  (CAP) A protein (activator) that 
binds to DNA and stimulates 
transcription of a gene. “senses” the transport of 
another sugar and binds to site
near promoter and interacts 
with RNA polymerase, 
stabilizes it on a weak 
promoter. o Promoters have specific 
sequences of nucleotides 
and if sequence doesn’t 
match ideal sequence of 
promoter, it will not recruit
RNA polymerase well
cAMP A protein that accumulates 
when glucose is scarce that 
allosterically regulates by 
binding to CAP protein.
Enhancer Distal control element which 
maybe thousands of 
nucleotides upstream or 
downstream of a gene or even
within an intron. Activator proteins bind to the 
enhancer area which has three
binding sites.  DNA bends via
bending proteins that bring 
activators closer to the 
promoter.  General 
transcription factors, mediator
proteins, and RNA 
polymerase II are nearby.
Activators bind to certain 
mediator proteins and general 
tx factors helping them form 
an active transcription 
initiation complex on the 
Regulatory Transcription Factor Activate or inhibit gene 
expression by recruiting 
chromatin modifying enzymes
to genes.
Combinatorial Code Only a dozen or so nucleotide 
sequences appear in control 
elements for different genes.  
Each enhancer is composed of
about ten control elements 
each of which can bind only 
one or two specific tx factors. The particular combination of 
control elements in an 
enhancer associated with a 
agene, rather than the 
presence of a single unique 
control element that is 
important in regulating 
transcription. Histone Acetyltransferase (HAT) Modify chromatin so its more 
open and RNA 
factors can bind easier and 
transcribe a gene.
Histone Deacetylase (HDAC) Remove functional group 
from histone tail causing a 
highly condensed chromatin 
Methyltransferase histone­modifying enzymes 
that catalyze the transfer of 
methyl groups to histone 
gene is brought into a closed 
chromatin state so it may not 
be expressed such as silencing
pancreatic cell from 
expressing the sequence for 
hemoglobin production.
Heterochromatin also referred to as closed 
chromatin or gene poor 
because it is inaccessible to 
the machinery of the cell 
responsible for transcribing 
the genetic information coded 
in the DNA Euchromatin true chromatin is loosely 
packed making its DNA 
accessible to machinery so the
genes present in euchromatin 
can be transcribed.
Maternal Effect Gene these genes specify polarity of

This is the end of the preview. Please to view the rest of the content
Join more than 18,000+ college students at MiraCosta College who use StudySoup to get ahead
12 Pages 84 Views 67 Unlocks
  • Better Grades Guarantee
  • 24/7 Homework help
  • Notes, Study Guides, Flashcards + More!
Join more than 18,000+ college students at MiraCosta College who use StudySoup to get ahead
School: MiraCosta College
Department: Biology
Course: Metabolic Biochemistry
Professor: S. Bailey
Term: Spring 2016
Name: Unit 4
Description: Unit 4 vocab and questions
Uploaded: 05/17/2016
12 Pages 84 Views 67 Unlocks
  • Better Grades Guarantee
  • 24/7 Homework help
  • Notes, Study Guides, Flashcards + More!
Join StudySoup for FREE
Get Full Access to MiraCosta College - BIO 204 - Study Guide - Midterm
Join with Email
Already have an account? Login here
Log in to StudySoup
Get Full Access to MiraCosta College - BIO 204 - Study Guide - Midterm

Forgot password? Reset password here

Reset your password

I don't want to reset my password

Need help? Contact support

Need an Account? Is not associated with an account
Sign up
We're here to help

Having trouble accessing your account? Let us help you, contact support at +1(510) 944-1054 or

Got it, thanks!
Password Reset Request Sent An email has been sent to the email address associated to your account. Follow the link in the email to reset your password. If you're having trouble finding our email please check your spam folder
Got it, thanks!
Already have an Account? Is already in use
Log in
Incorrect Password The password used to log in with this account is incorrect
Try Again

Forgot password? Reset it here