Limited time offer 20% OFF StudySoup Subscription details

UD - BIOL 401 - Class Notes - Lecture_6___Genomics.pdf

Created by: Udbluehen03 Elite Notetaker

> > > > UD - BIOL 401 - Class Notes - Lecture_6___Genomics.pdf

UD - BIOL 401 - Class Notes - Lecture_6___Genomics.pdf

School: University of Delaware
Department: Biology
Course: Molecular Biology of the Cell
Professor: Salil Lachke
Term: Fall 2016
Tags: Biology and Nucleic Acids
Name: Lecture_6___Genomics.pdf
Description: These notes cover what we discussed last week, nucleic acid and genomics.
Uploaded: 09/19/2016
This preview shows pages 1 - 3 of a 7 page document. to view the rest of the content
background image Class 5 – 9/12/2016, Nucleic Acids and Genomics  
Dr. Salil Lachke  
Molecular Cell Biology, 8
th  edition – Lodish    ES (enzyme-substrate) complex  -  Enzyme kinetics suggest that enzymes (E) bind substrate molecules (S) at a fixed and  limited number of sites – the enzymes’ active site  o  The bound species is known as an enzyme-substrate (ES) complex  -  At high concentrations of substrate, all the binding sites of the enzymes have substrate  bound, the substrate-binding sites are said to be saturated with substrate   -  The ES complex is in equilibrium with the unbound enzyme and substrate and is an  intermediate step in the conversion of substrate to products (P)  -  Intermediate structures, such as ES and EX* form at the active site of the enzyme and  require the participation of key amino acid residues  -  Enzymes catalyze the conversion of substrates to products by dividing the process into  multiple, discrete chemical reactions that involve multiple, discrete enzyme substrate 
complexes 
  Optimizing Enzyme Activity   -  Enzymes taking part in a common metabolic process are generally located in the same  cellular compartment, be it in the cytosol, at a membrane, or within a particular 
organelle.  
-  Within this compartment, products from one reaction can move by diffusion to the next  enzyme in the metabolic pathway  -  Diffusion of products   o  Random movement  
o  Can be slow, relatively inefficient process for moving molecules between 
enzymes   -  Cells evolved mechanisms for bringing enzymes in a common pathway into close  proximity   -  Close association of polypeptides with different catalytic activities cluster closely as  subunits of a multimeric enzyme or on a protein scaffold, which makes coupled 
reactions much more efficient. 
-  Enzymes that have several catalytic domains within the same polypeptide and therefore  can catalyze several enzymatic reactions are the pinnacle of efficiency    Nucleotides  -  The monomers from which DNA and RNA polymers are built  
-  All have a common structure  
background image Class 5 – 9/12/2016, Nucleic Acids and Genomics  
Dr. Salil Lachke  
Molecular Cell Biology, 8
th  edition – Lodish    o  A phosphate group link by a phosphoester bond to a pentose (5-carbon) sugar,  which is turned is linked to a nitrogen and carbon-containing ring structure 
commonly referred to as a base  
-  Function of Nucleic acid: DNA and RNA  o  Information storage “devices”    Genomes (DNA or RNA) contain all the information required to make a  new member of a species.    DNA is used as a template to direct RNA synthesis. 
  mRNAs are used as templates to direct the synthesis of proteins. 
o  Enzymatic and biosynthetic roles    RNA can function as a catalytic enzyme (Self-splicing) 
  RNA plays a major role in the synthesis of proteins (rRNA and tRNA) 
o  Regulate expression of genes    Small RNA mediated control of gene expression    -  Bases found in both DNA and RNA  o  Adenine 
o  Guanine  
o  Cytosine  
-  Base found in DNA alone  o  Thymine   -  Base found in RNA alone  o  Uracil   -  Adenine and Guanine   o  Are purines  
o  Both contain a pair of fused rings  
-  Thymine and Uracil   o  Pyrimidines  
o  Both contain a single ring  
  -  The bases are often abbreviated as   o  A, G, C, T and U  -  In nucleotides, the 1’ carbon atom of the sugar (ribose or deoxyribose) is attached to  the nitrogen at position 9 of a purine (N 9 ) or at position 1 of a pyridine (N 1   -  The acidic character of nucleotides is due to the phosphate group   o  Under normal intracellular conditions releases hydrogen ions (H+), leaving the  phosphate group negative  
background image Class 5 – 9/12/2016, Nucleic Acids and Genomics  
Dr. Salil Lachke  
Molecular Cell Biology, 8
th  edition – Lodish    o  Most nucleic acids in cells are associated with proteins, which form ionic  interactions with the negatively charged phosphates   -  Nucleosides   o  Combinations of a base and a sugar without a phosphate       DNA   -  Deoxyribonucleic acid  
-  Informational molecule that contains in the sequence of its nucleotides the information 
required to build all the proteins and RNAs of an organism   -  Extraordinary stable under most terrestrial conditions 
-  10
9  nucleotides long   -  3 x 10 9  base pairs in the human genome   -  The information stored in DNA is arranged in hereditary units, called genes   o  Control identifiable traits of an organism   -  In the process of transcription, the information stored in DNA is copied into RNA, which  had three distinct roles in protein synthesis   -  Portions of the DNA nucleotide sequence are copied into messenger RNA (mRNA)   o  Molecules that direct the synthesis of a specific protein   -  The nucleotide sequence often mRNA molecule contains into that specifies the correct  order of amino acids during the synthesis of a protein   -  The nucleotide sequence of an mRNA molecule is “read” by a second type of RNA called  transfer RNA (tRNA) with the aid of a third type of RNA, ribosomal RNA (rRNA), and 
associated proteins  
-  The RNA synthesis is called transcription because  o  The four-base sequence “language” of DNA is precisely copied or transcribed  into the nucleotide sequence of an RNA molecule  -  Protein synthesis is called translation because   o  The four-base sequence “language” of DNA and RNA is translated into the  twenty-amino acid sequence “language” of protein  -  Proteins are largely responsible for regulating gene expression 
-  The process whereby the information encoded in DNA is decoded into proteins in the 
correct cells at the correct times in development   -  Nucleic acids function as the “brains and central nervous system” of the cell.      

This is the end of the preview. Please to view the rest of the content
Join more than 18,000+ college students at University of Delaware who use StudySoup to get ahead
7 Pages 12 Views 9 Unlocks
  • Better Grades Guarantee
  • 24/7 Homework help
  • Notes, Study Guides, Flashcards + More!
Join more than 18,000+ college students at University of Delaware who use StudySoup to get ahead
School: University of Delaware
Department: Biology
Course: Molecular Biology of the Cell
Professor: Salil Lachke
Term: Fall 2016
Tags: Biology and Nucleic Acids
Name: Lecture_6___Genomics.pdf
Description: These notes cover what we discussed last week, nucleic acid and genomics.
Uploaded: 09/19/2016
7 Pages 12 Views 9 Unlocks
  • Better Grades Guarantee
  • 24/7 Homework help
  • Notes, Study Guides, Flashcards + More!
Recommended Documents
Join StudySoup for FREE
Get Full Access to UD - BIOL 401 - Class Notes - Week 3
Join with Email
Already have an account? Login here
×
Log in to StudySoup
Get Full Access to UD - BIOL 401 - Class Notes - Week 3

Forgot password? Reset password here

Reset your password

I don't want to reset my password

Need help? Contact support

Need an Account? Is not associated with an account
Sign up
We're here to help

Having trouble accessing your account? Let us help you, contact support at +1(510) 944-1054 or support@studysoup.com

Got it, thanks!
Password Reset Request Sent An email has been sent to the email address associated to your account. Follow the link in the email to reset your password. If you're having trouble finding our email please check your spam folder
Got it, thanks!
Already have an Account? Is already in use
Log in
Incorrect Password The password used to log in with this account is incorrect
Try Again

Forgot password? Reset it here