New User Special Price Expires in

Let's log you in.

Sign in with Facebook


Don't have a StudySoup account? Create one here!


Create a StudySoup account

Be part of our community, it's free to join!

Sign up with Facebook


Create your account
By creating an account you agree to StudySoup's terms and conditions and privacy policy

Already have a StudySoup account? Login here

BIO 110 Exam Study Guide 2 CH. 5-8 Part 1

by: Kaylen Harrison

BIO 110 Exam Study Guide 2 CH. 5-8 Part 1 BIOL 110

Marketplace > University of Louisiana at Lafayette > BIOL 110 > BIO 110 Exam Study Guide 2 CH 5 8 Part 1
Kaylen Harrison
University of Louisiana at Lafayette

Preview These Notes for FREE

Get a free preview of these Notes, just enter your email below.

Unlock Preview
Unlock Preview

Preview these materials now for free

Why put in your email? Get access to more of this material and other relevant free materials for your school

View Preview

About this Document

This is the exam study guide for the second exam in Bio. But this is only part 1 because only the chapters 5-8 are in here. Once we go over chapter 11 in class, I'll post the exam questions for tha...
Fundamentals of Biology
Patricia L. Mire-Watson
Study Guide
50 ?




Popular in Fundamentals of Biology

Popular in Department

This 40 page Study Guide was uploaded by Kaylen Harrison on Sunday October 2, 2016. The Study Guide belongs to BIOL 110 at University of Louisiana at Lafayette taught by Patricia L. Mire-Watson in Fall 2016. Since its upload, it has received 122 views.

Similar to BIOL 110 at University of Louisiana at Lafayette


Reviews for BIO 110 Exam Study Guide 2 CH. 5-8 Part 1


Report this Material


What is Karma?


Karma is the currency of StudySoup.

You can buy or earn more Karma at anytime and redeem it for class notes, study guides, flashcards, and more!

Date Created: 10/02/16
Study Guide Exam 2 Kaylen Harrison CH. 5   1. Distinguish between transmembrane proteins, lipid anchors, and peripheral membrane proteins. Which would be easiest to remove? Transmembrane proteins  o Membranes that pass all the wat through the hydrophobic region of the bilayer (two  layers of phospholipids) o On one side of the membrane there's one part of it that sticks out of the membrane  and out on the other and goes all the way through  Lipid anchor proteins  o Proteins that are covalently attached to a lipid  o Lipids are part of the membrane  o These are covalently attached   Covalent (strong bond) o The reason it’s still integral is b/c its protein is covalently attached to the lipid so  together they make up one whole molecule  Peripheral  o They hang out on the outside of the lipid bilayer and not covalently attached to  anything  o Non covalent bonds make them hold on to the surface regions of integral membrane  proteins, or to the polar head groups of phospholipids.   Ex. Of non­covalent interaction:  Hydrogen bonds  Van der Waal   Ionic   Hydrophobic interactions      o Fig. 5.2  Go all the way through the phospholipid bilayer  The parts that are sticking out of the membrane are hydrophilic because  the cytosol is watery   Middle part that goes through the fatty acid tail region=hydrophobic So this is amphipathic   If you have another protein hanging out with the transmembrane  protein and there's no covalent interaction that’s allowing the attachment  to occur then the green protein is the peripheral protein and it can be on  either sides, but this one happened to be in the cytosol  Lipid linked­­you can see the protein covalently attached to a lipid   Even though it looks like a peripheral protein, its covalently attached  to the lipids and its stuck there  Peripheral membrane proteins would be the easiest to remove because they are the  ones that are not strongly attached to anything. They have non covalent interactions such  as hydrogen bonds, Van der Waal forces, ionic bonds, and hydrophobic bonds which are  all weak bonds individually.    2. List factors that affect membrane fluidity and explain how and why. Length of fatty acid   The fatty acid tails are all hydrophobic   Hydrophobic interaction: where things that are hydrophobic like to hangout  with each other   The longer the tails are, the more hydrophobic interactions there can be, so  this makes the membrane more solid/ less fluid.   Shorter tails =fewer hydrophobic interactions  Presence of double bond in the tail   A fatty acid with a double bond is unsaturated   Single bond  =saturated   If they’re saturated, then they're all straight, so they can get really  close together   But if we have a kink in our tail then we have a covalent bond. That  bond is what causes the kink   The kinks represent bends in the tails, causing them to move father  apart, making the membrane more fluid   The saturated makes it more solid b/c all of the saturated ones have  straight tails and are compacted real close together and that makes it more  solid. Less fluid.   More solid=less fluid   So where you have unsaturated fatty acids in the phospholipids,  you're going to have more fluid membranes there  Presence of cholesterol   Is complex  Effects depend on temperature but it also tends to stabilize the membrane.  Make it less fluid   Stabilize  =making less fluid   Single bond =saturated      3. What is glycosylation? Why is it important in membranes?    Glycosylation : gently attaching a carbohydrate to a protein or lipid   On membranes of many kinds, especially of animals, there's a  sprinkling of sugar on the membrane=A sugar coat  Sugar coat =glycocalyx A shield    Sugars attached to a lipid =glycolipid   Sugars attached to a protein=glycoprotein   These are important in cell to cell recognition  When one cell meets up with another cell, one of the ways  that they recognize each other is by noticing the sugar coats   That is important for knowing that the cells in your body  belong in your body and important for recognizing cells that are foreign  and don’t belong in your body.   Also helps cells to recognize what kinds of cells they are to  each other   The sugar plays a role in cell migration  The sugar can absorb water   Water sticks to the sugar b/c sugars are polar and water is polar   Makes the cell have a slippery, slimy coat and allows cells to squeeze around and move around in your body   Ex. White blood cells   There are particular types of white blood cells that leave your  blood vessels when you have an infection of some kind   When the infection takes place, the blood cells without the  infection start to crawl along the wall of your blood vessel  And when they get to a space between the cells making up  the wall of the blood vessel, they squeeze in between the space  And they go out into the tissue and they'll find the bacteria  that is causing the infection and gobble it up   So b/c of their glycolayx they can do that      4. What does it mean to say that plasma membranes are “selectivity permeable”?  o "Selectively permeable"  Things can go in and out that are selected   This allows to be sure that essential molecules can come into the cell, and waste products and other things can get out of the cell and for the things that  need to stay in the cell, like the metabolic intermediate that needs to be used for  things, can remain inside the cell    5. Define diffusion, passive diffusion, facilitated diffusion, and osmosis. o Diffusion : The movement of anything   A substance from an area where there is more of it to an area where  there is less of it   The reason things diffuse like that has to do with the fact that they are always going to be in motion (kinetic energy)  The tendency of the universe is to make things disordered so you  have a collection of molecules and they are al in one area so that’s a very ordered  space as opposed to be spread out everywhere   There are solutes (substances dissolved in a solvent that will want to  move from where there is a higher concentration to where there is a lower  concentration)  But if the substance is hydrophilic, it wont be able to pass through the membrane (lipid bilayer) to diffuse through the phospholipids (to diffuse from one  side of the cell to the other) b/c it cant pass through the hydrophobic interior  If they're hydrophilic they're going to need a transport protein to help  them move through  The only molecule that can move through the lipid bilayer without the  help of a protein (just through the phospholipids) are the things that are hydrophobic and small   Ex. Steroids can pass through b/c they're small   Anything too large and hydrophilic wont be able to do it   Gases can do it b/c they’re small and in the gaseous state, so they  have a lot of kinetic energy that can put it through  o Passive transport:   There are different types of transports of substances that occur  across the membrane   Passive transport=cell doesn't have to use any of its own  energy to move that substance   Substance is going to move by its own kinetic energy   2 types of passive transport that cells participate in:  i. Passive (simple) Diffusion:   When a solute diffuses through the  membrane without the help of a transport protein  So what kind of molecules will be able  to pass through the membrane without the help of a  transport protein????  Hydrophobic b/c it’s relatively small  Steroids b/c they're small  Gases  ii. Facilitated Diffusion:  Cell is still not using its energy to  move the molecule.   Its still passive transport.   The cell hasn’t expended any energy  to move the solute across, but there has to be a protein there to make it safe for that substance to pass  o Fig. 5.10­­a substance moving from the top towards the bottom   Its pass through the lipid bilayer   This is a passive transport and specifically passive diffusion  At the bottom have a substance moving from the top to the bottom  and it’s a higher concentration here   Still a passive transport, but now there's a protein that provides a  passageway for it to safely cross ==Facilitated Diffusion   Blue molecule=hydrophilic  Only hydrophilic molecules or molecules that are sometimes too large to go through the lipid bilayer would use facilitated diffusion   There has to be a concentration gradient for facilitated  diffusion   There's nothing forcing the molecules to move here   There moving by diffusion and they are going through the  passageway made by the protein o Osmosis  The movement of water across the membrane   This affects both plant and animal cells, but plant cells have a better  way of dealing with it than animal cells do   Water is going to want to diffuse through a membrane from where  there is more water, to where there is less water   And if solutes can’t move across the membrane, then the water will  move across the membrane   All cells have an electronic pressure (refers to how much pressure is  there on water to move into the cell)  If animal blood cells, such as red blood cells are in a isotonic solution, the concentration of the solute across the cell is equal   So there will not be any net movement across the red blood cell   So there's still some water molecules coming from and then leaving,  there's just the same number doing it    these cells are not going to be happy cells    it's important that the fluid (plasma) surrounding red blood cells  concentration be the same as your cytosol concentration in red blood cells   What happens if the plasma becomes hypotonic to your cells?   There's less solute on the outside of the cell which means  there's more water   And the solute can't move, but the water can move into those  cells. They swell and turn into little water balloons and they'll pop. This is  called cytolysis.   And when red blood cells pop, if enough of them pop, then  you die.   Salt water could cause the pop  Salt causes a higher concentration then your plasma  The salt concentration in the bottom (fig. 5.15) is higher in the solution  than in the cytosol. So it’s a hypertonic solution. The solutes can't move  but water can, so higher salt on the outside means lower water. Water  will leave the cells and then shrink. This is called crenation. Crenation= when cells turn into little raisins in animal cells  Plasmolysis=when cells shrink in plant cells   o Cells don’t burst when put in hypotonic solutions  o As water comes into the cell, the water gets stored into this large bubble  which is the central vacuole o b/c the water is being put in a special space, its not out in the cytosol  diluting all of the proteins and stuff in there. Its stored in the vacuole  which is helpful.  o This will increase its size as more water comes in and its going to start  pushing on the cell wall. So once it gets filled enough, it puts a pressure  onto the cell wall. The cell wall is rigid so its going to push back and that  pressure of the cell wall is called turgor pressure. Turgor pressure forms  when plant cells are in hypotonic solutions.  o If cells stay like this for too long, they will die, but if they take in water  soon enough, they can just re­expand again and get their turgor  pressure again    6. Assuming only water can diffuse across a cell membrane, draw a picture of an animal  cell in an 1) isotonic solution 2) hypertonic solution 3) hypotonic solution. o Tonicity  Tonic=refers to solute  Isotonic, hypertonic, hypotonic  Refers to what the solute concentration is like across the  membrane   They're all used to compare a solution on one side of the  membrane and 2 of the solutions on the other side of the membrane   Isotonic   Iso=the same on both sides  Concentration of the solute is the same on both sides of the membrane   Equal water and equal solute   If solution is made up of a solute in water and the solute concentration is  equal on both side, the water concentration also has to be equal   Hypo=means less   Less concentration than the other   Hyper=means more   Higher concentration than the other   What you are can change depending on what's on the other side   Can't just say the solution is hypertonic. Makes no sense.  Hypertonic to what?? The cell.   The cytosol is a solution so have to say to the cytosol   Ex. The isotonic solution is hypertonic to the cytosol.   If the solute concentration come across a membrane, it determines  whether or not the solutions are iso, hypo, or hypertonic  Water concentration also matters b/c the solute is dissolved in water    o 7. Assuming only water can diffuse across a cell membrane, draw a picture of a plant cell in an 1) isotonic solution 2) hypertonic solution 3) hypotonic solution. 8. What are membrane channels? o Fig. 5.17  A protein that provides an open safe passageway for solutes to  diffuse   Channels participate in facilitated diffusion b/c the molecules still  diffuse from where there's more of them to where there is fewer of them   Molecules are still moving on their own by diffusion, but the protein is  still providing the safe passageway  Cells don’t have to use their own energy to make the molecules move Channels that are in cell membranes that provide passageway for   water   Ex.   Kidney cells  Red blood cells   These have aquaporin's (water channels)   9. Distinguish between the 3 types of transporters. o Difference depends on how many substances they move and relative  direction of those substances   Uniporter  One molecule or ion being moved by transporter   Symporter (Co transporter)  Two or more ions or molecules being transported in the same physical direction  Antiporter (opposite)  Two or more ions or molecules being transported in opposite  physical directions   These can be used for either passive or active transport    10. Distinguish between primary active transport and secondary active transport. Give an example of each.   o Active transport   Energetically unfavorable and requires input of energy   Cell has to use energy to move these substances   Movement of the solute from low concentration to high  concentration (against gradient)    Primary Active Transport    uses ATP directly as a source of energy to transport the  solute  Secondary Active Transport   Using concentration gradient of another substance to move a  different substance against its concentration  o Fig. 5.21   1st transporter   primary active transport  b/c see ATP  Moving hydrogen ions, binding to the binding site and changing its  conformation to release these hydrogen ions on this side of the  membrane   Hydrogen ions moving against the concentration gradient   Can't use diffusion to do this   Uniporter b/c only moving hydrogen ions   2nd Transporter   Second active Transport   Transporting 2 substances  Bring transported in the same direction so a symporter   Anytime even one of the substances are being moved against its  concentration gradient, it’s going to be Active transport   There's not ATP, so its secondary  Energy comes from the triangle moving down their concentration  gradient  This transport protein is coupling  Coupling an energetically favorable thing (downward  movement of the triangle) to an energetically unfavorable thing  (movement of the balls up their concentration gradient­­against)  If triangles release enough energy as they're moving  down their concentration gradient, then that energy can be used to  move the ball up its concentration gradient  Both moving in the same physical direction   Moving according to a concentration is one thing   Moving in the physical direction something different  Symport b/c being moved in the same physical  direction   What happens if this protein stops working and runs out of ATP?  So this protein will stop working and will affect the  ability of the other protein   Eventually going to get the same concentration on  both sides   Once the proton concentration is lost, the protein  won’t be able to do its thing anymore   Secondary active transporters depend on primary  active transporters to establish and maintain the gradient that they  are going to us e  They don’t use ATP directly but indirectly, if the cell  loses energy, they will eventually stop working too      11. Describe the Na+/K+ Pump. o Fig. 5.22  Sodium and potassium are both being transported  3 Na's (sodium's) are being exported while 2 potassium's (K)  are being imported. So this is the opposite direction. So antiporter.  Its primary b/c its ATP driven ions   Using energy from ATP hydrolysis for it to work   Exports 3 positives for every 2 positives it brings in   Throws out 3 and lets in 2  So every time it works, the cell is losing a net of 1 positive   This pump is extremely important for neurons b/c neutrons rely on that  charge difference across an membrane to make electrocitity   B/c it establishes a charge gradient (a charge difference) its called  electrogenic   Its generating a charge difference   There's a place for sodium to bind and they bind to get transported 3 of  those out of the cell and in potassium, 2 of those will bind and get  transported into the cell   Each of the ions that are being transported are being transported against their concentration gradients   Sodium is going out and there's already high sodium out, so that goes  against the concentration gradient   Potassium is being brought in and there's already high potassium in it,  so that goes against the concentration gradient too   So could the cell use active transport to transport these two ions if it  wanted to?  Remember, with secondary an ion has to be  transported with its gradient and the other against  So NO, b/c they’re both being transported against the  concentration   Diffusion is driving the proteins to go through a channel   Channels are always passive transports    12. Describe how cells transport large molecules or particles into or out of the  cytoplasm. o Exocytosis & Endocytosis   When cells want to transport a lot of something at once or large  particles such as proteins, molecules, disaccharides, etc., they can transport these  kinds of things by either exo or endocytosis. These particles can either move in or  out.   Exocytosis  Things are going to be exiting   Endo  Coming in   The cell does this by packaging these materials into vesicles  (bubble shaped organelles in the cell) and they move the vesicles to where  they need to go   If Endocytosis, materials gets packaged into the vesicle by  the membrane by invaginating   If exocytosis, vesicle fuse with the plasma membrane   3 types of endo   Cell eating ­­­phagocytosis  Cell drinking­­pinocytosis  Receptor­­mediated endocytosis  Fig. 5.23   A vesicle building off of the Golgi (packaging/shipping center  of the cell)  Packaging something that it needs to ship out of the cell  Cage around the vesicle is a coat of proteins that are needed  to get the vesicles to be transported   Vesicle is moved all the way to the plasma membrane, coat  sheds and the lipids of the vesicle are going to fuse with the lipids of the  plasma membrane  Two membranes fuse and vesicles from a part of the plasma  membrane and in doing so it spits out what was inside ­­­­exocytosis   Endocytosis   Collect some cargo from the environment (extracellular  space) by forming a pocket in the membrane =invagination (membrane  forming a pocket)  When it has enough cargo it pinched off of the membrane as  a vesicle, the coat surrounds it, and the vesicle is brought to wherever it needs to go in the cell  In many cases, this involves vesicles fusing with the  lysosome and the lysosome digest it   Lysosomes have acid hydrolases. They hydrolyze it   This one is receptor mediated b/c it involved some proteins  that are binding the part that needs to be transported   These proteins are very specific and will only bind to  particular substances   This allows the cell to take in substances that it wants and not just anything  So cargo has to bind to the receptor first and then the rest of  the process happens  CH 6 13. Using the party analogy, describe metabolism.   o Metabolism: A series of chemical reactions that transfer or transform  energy   You're having a party at your house, the cell is the house.   During the party you have interactions.   the people’s interactions represent the chemical reactions   The people are the chemicals and they are interacting together with other people   In order for these interactions to occur, the people have to have  energy. At a party the energy comes from the pizza.   Food=energy source   Will be transformed and transferred by the people as they  interact   So, if this a party where nobody knows each other, what you will  do to encourage people to interact act with each other is maybe play games.   Ex. Twister, x box games   So you say okay, everyone come over here, we're going to play  this game. And you put them in a setting where they are encouraged to interact.  SO this is one way to get them to interact.   Can also get them to interact more by having a bunch of comfy  sofas.    They are comfy b/c they are soft and sag and form to your body.  If 2 people sit in a comfy sofa at the same time, they will sag the  sofa so that they will be closer together and this will encourage them to interact.   So the twister game, x box, table, or sofa are the enzymes. These  are places where people are encouraged to interact. So enzymes encourage  interactions.    14. State the 2 Laws of Thermodynamics. o Energy cannot be created or destroyed by ordinary means   Can be transferred or transported   The amount of energy you start with is the amount of energy you  get  o When energy is either transferred from one thing to another or transformed from gentle kinetic, then there has to be an increase in entropy   Entropy=describes the degree of disorder of a system   The universe favors disorder   Anything that creates more disorder is favorable    15. Distinguish between exergonic and endergonic reactions. Give examples of each  type o Exergonic:  Energy is released  Energy exits  These reactions have a Delta G that's less than 0 (negative  number)  If releasing free energy, the reaction goes "downhill" b/c  the reaction is going down from a higher energy to a lower energy. So this  energy difference exits this reaction and it’s going to be spontaneous,  meaning that it happens eventually on its on   This is a favorable reaction  o Endergonic  Inputs energy  Ex   She has a free energy of 20 but her reactants have a free energy of 6.  So she has more energy, the product has more energy than the  reactants so the reaction goes "uphill" energy wise, and it’s going to  require free energy to enter and it’s not spontaneous.  o Chemical reactions follow the laws of thermodynamics, so exergonic is  creation disorder and that's why they are spontaneous. They create more disorder just  by happening.  o Energy has to enter endergonic reactions and is given off by exergonic  reactions          16. Use a specific example to show how cells use ATP hydrolysis to run an endergonic  reaction. Pg. 124  o Ex.   ATP hydrolases is exergonic. It releases free energy and that free  energy is put into some kind of endergonic reaction.  This is called coupling. The  endergonic reaction will occur if the net free energy of both processes is still negative   If your delta G or negative reaction is bigger, than your delta G is a positive reaction  Ex.   A phosphate gets added to glucose to form glucose phosphate plus water   This is a endergonic reaction b/c there's a positive delta G  Also could have known that b/c water is a product so this is a  condensation reaction and condensation reactions are endergonic   ATP is the 2nd reaction plus water gets broken  down to ADP plus Pi (the "I" stands for inorganic referring to that the  phosphate is no longer attached to an organic molecule)  This is a hydrolysis reaction  Don’t see water anymore b/c its being split and attached to the ADP   So it hydrolysis and exergonic   So could we use hydrolysis to run the endergonic  reaction of both? Could those two reactions be coupled together to run  both?  If we couple them together and we do them at the same time, in our  coupled reaction we will get glucose plus ATP and the water gets  cancelled out and we get glucose phosphate plus ADP  The phosphate gets attached to the glucose   Our delta G of the net reaction is ­4. We know this b/c you combine  them. You ignore the sign and subtract one from the other and take  the sign of the larger and it’s a ­4.0. A net release of free energy.   If couple these two reactions together, you put glucose + phosphate.   The phosphate that we attach to the glucose to make glucose  phosphate is going to come from the ATP once it gets hydrolyzed  Water in the coupled reaction cancels out b/c one was a reactant and  one was a product   The coupled reaction will still happen b/c the net change is still  negative. Your negative number is still bigger than your positive  number    17. List 2 ways to increase rates of chemical reactions.  Using a catalyst  o Enzymes are catalyst, sped up the reaction and make it happen now  Catalyst =aids in reaction   But not a reactant   It’s not changed in a reaction and doesn’t become a  product   The enzymes are mostly proteins. Some are RNA molecules.  Why do spontaneous reactions need a catalyst? Why don’t they  just happen instantly?  For reactions to interact together to make a single product,  they have to get close enough together and be oriented a certain so that the  bonds will form   Then if you take a molecule, and its going to be broken  down into two smaller molecules, there has to be some amount of strain put on the bond for them to break   So yes, this might just happen on its own, just by the  molecule gaining enough kinetic energy (energy motion)  But the amount of energy it takes to start the reaction,  either by the amount of kinetic energy that the molecules have to have to  either get close enough together or to twist enough to break that bond is  called the activation energy   If it’s a spontaneous reaction, eventually the reactions are  going to gain that energy on its own   But, enzymes can lower this activation energy by doing  things like allowing two molecules to get close enough together   It’s like the comfy sofa. Two people sit on the sofa and it  kind of sags and they lean together. This gets them closer together   It’s like being put on a traction table. Lie down on the table  and it help bends your body.   So this is what's going on with the enzyme energy. Its  helping the reactants get to that state where they are needed to  interact==transition state  o Only other way to speed up reaction is to increase temperature   When increase temperature, you’re adding heat, and adding kinetic energy b/c heat causes molecules to speed up.  Cells can’t do this and just increase their temperature to speed up  reactions   Even if they could they wouldn’t want to b/c the cells could  denature their proteins by increasing the temperature   Denature=when proteins changes shape   Wouldn’t want to do this b/c it's not specific. If you just increase temperature,  you're going to increase the reaction rate of ALL of your chemical reactions. Not  just some.   This could cause complete chaos in the cell   By having enzymes, cells selectively increase the reaction rate of only particular  reactions           18. Thoroughly explain Fig. 6.5.  o On the y­axis=free energy=G o On the x­axis=progress of the reaction   So we have some reactant and products  o At the start of the reaction, the energy of the reactants are about in the  middle of the line   The amount of free energy the reactants have  o The product has less free energy  o Reactants have more free energy than products so this is a exergonic  reaction b/c its is releasing free energy  o That energy that the reactants have is more than the energy the products  have so that energy gets released  o How much free energy gets released?  The difference between the free energy of the reactants and the free energy of the product is your delta G  So Delta G is negative b/c its products minus reactants   So negative free energy which means its exergonic and  spontaneous  o This is a "downhill" type of reaction o In order for these reactants to actually roll down the hill and change into  products they have to first achieve the transition state which requires a certain amount  of energy   That amount of energy is called activation energy o Looking at the red hill, on the section where there are no enzymes present, this is the amount of activation energy that is required to go over the hill (transition  state) before the reactants can go "downhill". o Looking at the blue hill, where there is an enzyme, this is the amount of  activation energy required which is less so its easier to get over this hill.   This means that activation with enzymes make it easier for  reactants to change into products.  19. Use Fig. 6.6 to explain why an enzyme is more like a sofa than a lock. o An enzyme and reactant molecule are being converted into products  This enzyme is acting like a comfy sofa o There are two reactant molecules being converted into products  o Enzymes lower the activation energy to get the reactions over  o They do it by either the comfy sofa thing by positioning the reactants  closely together so they will want to interact or they can be like the traction table  where they stretch the bonds, twist the bonds or strain the bonds, so that the reactant  will go in o In order for the reactions to be assisted by the enzyme they have to bind to the enzyme  o So the place where the reactants bind is called the active site   This is where the reactions happen   Where the activity happens and the reactants that bind to enzymes  are specifically called substrates  o When the substrate is bound to the enzyme, it temporarily forms a  complex==enzyme substrate complex   So it’s an enzyme and at least one substrate. Maybe more than one  o That’s when the substrate will be converted into a product  o What determines whether or not an enzyme will be able to bind to a  particular substance?   The difference in the shapes of the active site will determine which substrates gets to fit there==enzymes specificity   Makes them specific for binding of two particular  substrates   In addition to its shape, charges would help the binding of  the substrate to the enzyme  Enzymes are proteins and are made up of amino  acids   Opposite charges, partial charges and polar things like each other   These types of things will determine which  substrate will be able to bind there   Based on complementary shapes of active site (lock) and  substrate (key)  It was said that the enzyme was the lock and the  substrate was the key   Key goes into lock and each lock fits a certain key   Instead of the lock and key, it’s an induce fit   Its more like the comfy sofa with the people sitting  b/c the binding of the substrates to the enzymes causes it to change its  shape slightly and that will help it to cause the reaction to occur   That slight change in its shape its what the induce  fit needs and is necessary for the enzyme to do what it needs to do   The binding causes them to get closer together  ==sagging of the comfy sofa. It’s going to force the AT and glucose  closer together. Will encourage the breaking of a phosphate group off  of the ATP and the phosphate group will be attached to the glucose.  The free energy that's released when the phosphate is broken off is  used to attach that phosphate to the glucose and then they leave and  wait around for another unsuspecting group to come by.    20. List factors that affect the function of enzymes and explain what each factor does. o Enzymes are affected by their environment   Temperature and pH in their environment will affect their ability to function   There's a particular range of temperature and pH that will allow  protein to function   Why does this affect the ability for the protein to function?  B/c increases in temperature can make it denature b/c the  kind of bonds that keep those proteins in its shape are things like:  Hydrogen bonds  Ionic bonds  Hydrophobic interactions  Van der Waal forces  These are all relatively weak bonds individually   So the 3D shape of a protein (tertiary structure) depends on  the interaction of at least 4 types of weak bonds  If you start increasing temperature you are adding kinetic  energy   The 3D structure holds long as there isn't a whole lot of  kinetic energy those bonds can hold.   Why pH?  When change the pH of something you are really changing  the hydrogen ions concentration  The difference between a hydrogen ion and a hydrogen  atom is the ion is a charge   So when change the charge around a protein, you are  effecting the bond b/c some bonds are based on charges as ionic and  hydrogen bonds  When change the pH, you changing the concentration of  charged particles, hydrogen ions in particular   If you are a protein and lose your shape, you cannot function   The only other bond that is present in holding a 3D shape of a  protein together are Disulfides.  Disulfides are covalent bonds   Disulfide bridges would not be broken by changing the pH  or the temperature   But that’s only going to happen between cysteine amino  acids.    21. Distinguish between anabolic and catabolic pathways. Give an example of each. o Metabolism consists of chemical reactions that occur in a series or in  pathways. During those pathways, enzymes are catalyzing each reaction.   we have pathways that start with big things and end up with small  things =Catabolic (everything is broken down)  Exergonic   Hydrolysis   Any kind of hydrolysis is catabolic pathway   Ex. Hydrolysis of ATP  Pathways that start with small things and build them =anabolic   Endergonic  Any reactions that involve condensation b/c putting things  together to make something bigger  o Cell has to run both kinds and does this by coupling   It couples the exergonic ones to the endergonic  o Enzymes are the places where coupling occurs  o Reactants get broken down during catabolic reactions   Why do these things happen in the cells?  It gives off free energy so that free energy can be used to  run endergonic reactions   Also, used for recycling components   Ex. If you break down a polypeptide you are left  with amino acids and can use those amino acids and can put those  together in a different arrangement   The release of energy from the exergonic reaction normally is stored after its released in molecules that the cell uses as energy money  like ATP.   ATP and NADH is energy money  21. Define redox, reduction, and oxidation. Give an example of a redox reaction. o During chemical reactions, sometimes electrons are moved from one atom to another atom o Or hydrogen atoms are moved from one molecule to another molecule  These are called Redox reactions  Redox is short hand wat of saying reduction oxidation o If one molecule or one molecule loses hydrogen atoms or loses some electrons they have to go somewhere. They can't just disappear o So another molecule is going to gain them o So when you have oxidation (loss of an electron or hydrogen), you also have to have reduction o So you don’t have one without the other o OIL RIG  Oxidation is Loss  Reduction is Gain ­ ­  o A e+ B → A + B e  A chemical reaction  A is losing an electron and giving it to B  A is oxidized  B is gaining so B is reduced  Sometimes instead of it being an electron, it can be a hydrogen atom  Hydrogen atoms are an electron and a proton together. So transferring an electron but also a proton CH 7 23. Write the general equation for aerobic cellular respiration. Organic molecules + O → 2   + H2O + 2nergy (general equation) o Oxygen is being reduced to the water o Catabolic process  B/c bigger molecules   24. List the 4 pathways in glucose metabolism.  4 metabolic pathways   Glycolysis   Breakdown of pyruvate   Citric acid cycle   Oxidative phosphorylation  25. Where does glycolysis occur? Describe the starting materials and the end products. o Stage 1: Glycolysis: breaking down glucose   Glycolysis has 10 steps split up into 3 phases   1st phase=energy assessment   Use 2 ATP­have to have some ATP to start  glycolysis and specifically need 2 molecules of ATP  2nd phase =cleavage (split)  Splitting hexose (6 carbons) into two trioses (3  carbons) so 2 of them   Name of those trioses are pyruvates   This is when you get your 2 ATP. After this gets broken down,  this will liberate energy and the energy will be used to make 2  ATP   Also is used to reduce 2 NADH's  i. Making 2 BUCKS here and have store  energy that’s going to be used later to get some more ATP  Glycolysis doesn’t require oxygen. It can happen  with or without oxygen. It doesn’t use oxygen and it happens in the  cytosol of the cells.  1. All cells on the planet do glycolysis and it happens almost  identically in all cells  a. Happens very similarly in bacteria to how it  happens in our cells  2. Glycolysis uses glucose, NAD and ATP and produces  NADH and ATP      26. Where does the breakdown of pyruvate occur? Describe the starting materials and  the end products.  Stage 2: Breakdown of Pyruvate  o Happens in matrix of mitochondria  o Catalyzed by the enzyme: pyruvate dehydrogenase  Dehydrogenase: taking away hydrogens from pyruvate  o When this happens, left with CO2. The hydrogens are used to  reduce (Reduction is Gain). NAD's to NADH's. And have 2 carbon molecules left  which are the acetyl groups.  o To get into the citric acid, those acetyl group have to be attached to a co enzyme called CoA. SO will have acetyl CoA. And get 1 NADH for one pyruvate o 3 carbons  o 2 pyruvates  Those pyruvates are being changed to an acetyl  1 How many carbons are in acetyl? a. 2  So you lose a carbon and it went towards the carbon dioxide   When each of these pyruvates get broken down into acetyl  you lose a carbon dioxide  o When each of these pyruvates get broken down into acetyl you  lose a carbon dioxide to get rid of that carbon   27. Where does the citric acid cycle occur? Describe the starting materials and the end  products.  Stage 3: Citric Acid Cycle  o Regenerate starting materials during the process   Certain molecules come in and some come out   In the end, going to produce 2 CO2's, 1 ATP, 3 NADH's  and 1 FADH2 for each pyruvate that you had in the pyruvate breakdown  (each acetyl)  Have to run the citric acid cycle twice b/c have 2 acetyls  and 2 pyruvates   During the citric acid cycle, the acetyl's go into the citric  acid cycle   Each of those are a two carbon molecules so 4 carbons in  total going into the citric acid cycle b/c you start with 2 pyruvates, 2 acetyls so a total of 4 CO2, 2 ATP, 6 NADH, 2 FADH  Reason called the citric acid cycle b/c the first step is going  to be taking acetyl and attaching it to another molecule. Citrate forms when  this happens which is the same thing as citric acid. This is the first  substance that gets formed. Also known as the kreb cycle.    This occurs in the mitochondrial matrix (liquid portion  inside the mitochondria).   Overall, get 4 molecules of CO2 b/c going to have 2  pyruvates broken down and 2 acetyls’ that you have to run   Lose all the carbons from glucose b/c they are given off as  carbon dioxide so that’s why there are 4 CO2.   Make 2 ATP here but still have made in total 4 ATP b/c 2  from glycolysis and 2 from citric acid cycle    28. Where does oxidative phosphorylation occur? Descri


Buy Material

Are you sure you want to buy this material for

50 Karma

Buy Material

BOOM! Enjoy Your Free Notes!

We've added these Notes to your profile, click here to view them now.


You're already Subscribed!

Looks like you've already subscribed to StudySoup, you won't need to purchase another subscription to get this material. To access this material simply click 'View Full Document'

Why people love StudySoup

Steve Martinelli UC Los Angeles

"There's no way I would have passed my Organic Chemistry class this semester without the notes and study guides I got from StudySoup."

Kyle Maynard Purdue

"When you're taking detailed notes and trying to help everyone else out in the class, it really helps you learn and understand the I made $280 on my first study guide!"

Bentley McCaw University of Florida

"I was shooting for a perfect 4.0 GPA this semester. Having StudySoup as a study aid was critical to helping me achieve my goal...and I nailed it!"

Parker Thompson 500 Startups

"It's a great way for students to improve their educational experience and it seemed like a product that everybody wants, so all the people participating are winning."

Become an Elite Notetaker and start selling your notes online!

Refund Policy


All subscriptions to StudySoup are paid in full at the time of subscribing. To change your credit card information or to cancel your subscription, go to "Edit Settings". All credit card information will be available there. If you should decide to cancel your subscription, it will continue to be valid until the next payment period, as all payments for the current period were made in advance. For special circumstances, please email


StudySoup has more than 1 million course-specific study resources to help students study smarter. If you’re having trouble finding what you’re looking for, our customer support team can help you find what you need! Feel free to contact them here:

Recurring Subscriptions: If you have canceled your recurring subscription on the day of renewal and have not downloaded any documents, you may request a refund by submitting an email to

Satisfaction Guarantee: If you’re not satisfied with your subscription, you can contact us for further help. Contact must be made within 3 business days of your subscription purchase and your refund request will be subject for review.

Please Note: Refunds can never be provided more than 30 days after the initial purchase date regardless of your activity on the site.