New User Special Price Expires in

Let's log you in.

Sign in with Facebook


Don't have a StudySoup account? Create one here!


Create a StudySoup account

Be part of our community, it's free to join!

Sign up with Facebook


Create your account
By creating an account you agree to StudySoup's terms and conditions and privacy policy

Already have a StudySoup account? Login here

Exam 2 Study Guide

by: Isabella Morles

Exam 2 Study Guide MCB2000

Isabella Morles

Preview These Notes for FREE

Get a free preview of these Notes, just enter your email below.

Unlock Preview
Unlock Preview

Preview these materials now for free

Why put in your email? Get access to more of this material and other relevant free materials for your school

View Preview

About this Document

most important questions have been filled out. a few questions left for you to decide your own answer :) It's easy and worth it
Dr. Asghari
Study Guide
50 ?




Popular in Microbiology

Popular in Microbiology

This 9 page Study Guide was uploaded by Isabella Morles on Sunday October 9, 2016. The Study Guide belongs to MCB2000 at University of Florida taught by Dr. Asghari in Spring 2016. Since its upload, it has received 46 views. For similar materials see Microbiology in Microbiology at University of Florida.

Similar to MCB2000 at UF


Reviews for Exam 2 Study Guide


Report this Material


What is Karma?


Karma is the currency of StudySoup.

You can buy or earn more Karma at anytime and redeem it for class notes, study guides, flashcards, and more!

Date Created: 10/09/16
MCB 2000 Study guide for EXAM TWO 1.State the difference between and give examples of vertical and horizontal gene transfer? Vertical gene transfer – genes go from parent to daughter cells (disease­ from parent to offspring via ovum,  sperm, placenta, or milk)  Horizontal gene transfer­ one bacteria to another (disease – spread through population from one infected  individual to another)  2.Name different RNA molecules. What is the role of each molecule? Which ones contains Codon, anticodon mRNA (codon)­ codon for protein, makes protein and is used as a template, makes protein, tRNA  (anticodon) (transfer RNA) has anticodon that matches mRNA. Bind to amino acids and bring them to  ribosomes, rRNA (codon) (RNA and Protein – make up ribosome)­ reads mRNA used to make proteins,  carries codon for amino acid 3.Briefly describe replication, transcription, and translation. What is used as template for each process? Replication­ doubling DNA – template is old parent cell (chromosome)  Transcription­ DNA into RNA (initiation, elongation, termination) ­ Template is DNA  Translation­ Protein Synthesis, happens in ribosomes,  4.What are the products of: Replication, Transcription, Translation and Reverse Transcription? What  are the differences between DNA polymerase an RNA polymerase? What is the significance of  reverse transcriptase? What is the source of reverse transcriptase? What does it do? Products:  Replication: new DNA strand  Transcription: RNA  Translation­ protein molecule  Reverse Transcription­ RNA to DNA  DNA polymerase­ the process of synthesizing a new daughter strand of DNA using parental strand as  template is carried about by this enzyme (DNA polymerase III). It cannot begin to synthesize a chain of  nucleotides but can only continue to add nucleotides to an already existing chain. Can only add in one  direction (5’­3”). Enzyme that elongates the molecule can detect incorrect bases and excise them and  replace them.  DNA Polymerase I­ removes RNA primers used to initiate DNA synthesis and replaces them with DNA.  Can proofread molecule and repair damaged DNA.  Reverse transcriptase­ is an enzyme possessed by retroviruses that carry out the reversion of RNA to DNA  (form of reverse transcription) It replicates the Aids virus and other retroviruses.  RNA Polymerase­ opens DNA, zips and finds gene to make RNA. Reads the start of the gene sequence and synthesizes RNA  5.Define/Explain/describe: Complementary strands, Anti­parallel, Semiconservative replication, Double helix Double helix­ DNA shape Anti­parallel­ the strands for the DNA are parallel to each other but the orientation of deoxyribose and  phosphate run in opposite directions. One helix runs from 5’ to 3’ and the other 3’ to 5’ Semiconservative replication­ the preservation of the parent molecule that is used as a template (daughter  strand paired with parent) Complementary DNA­ DNA created by using reverse transcriptase to synthesize DNA from RNA  templates 6.List the enzymes and their functions involved in DNA replication Helicase­ unzipping DNA  Primase­ synthesizing RNA primer DNA Polymerase­ removing primer, adding basses to new DNA chain (CHECK NOTES), enzyme  responsible for the replication of DNA  Ligase­ final binding of nicks in DNA during synthesis and repair Topoisomerases­ supercoiling and untangling  7.What is the genetic material for viruses, DNA or RNA, single stranded or double stranded?  Either double or single stranded DNA / double or single stranded RNA (4 options) 8.Where in eukaryotes and prokaryotes one can find DNA? Eukaryotes ­ chromosomes are found in the nucleus Prokaryotes (Bacteria)­ nucleoid  9.What are ribosomes made of?  Prokaryotes and eukaryotes have different ribosomes? What is the  significance of this difference? rNA make up ribosomes.  10.What is meant by recombinant DNA?  Restriction enzymes cut DNA at different points and tie with ligase. It has multiple sources.  11.What is the significance of RFLP? Technique used by law enforcement and forensics to get DNA from a small sample (nail, cup)  12.Name several medical, Industrial, and agricultural applications of recombinant DNA. Genome mapping: locating genes and nucleotide sequencing Pharmaceutical and Therapeutic: protein synthesis, vaccines, genetic screening, DNA fingerprinting  (RFLP), gene therapy, xenotransplants  Other: herbicide resistance, salt tolerance, freeze resistance, pest resistance  13.Name the tools used to make a recombinant DNA. Example; how you cut DNA, how you introduce  the DNA to the host cell, how to track the DNA. What is meant by gene library? Protoplast fusion?  PCR (Polymerase Chain Reaction) takes DNA and opens it, synthesis, copies and DNA is double.  Amplifies DNA Tools: Reverse transcriptase: manipulate DNA and RNA into DNA Synthetic nucleic acids Restriction enzymes cut DNA at specific point Vectors­ plasmid­ carry into host Creation of gene libraries­ collection of bacteria that each carry parts of DNA from host  Protoplast fusion – fuse together and become one cell  14.Define spontaneous mutation. What causes spontaneous mutation? Changes that happen naturally (DNA Polymerase). Can be fixed.  15.Define base analogs and explain how they may induce mutation Base analogs­ resembles bases (nucleotides) act like C but do not pair with G, fits but no interaction (no function), no DNA synthesis  Induced mutations cannot be fixed so if the analogs resemble the bases there is no interaction.  16.Define frame shift mutation, induced mutation Frameshift­ add or take out a base half way through. (shift pairs) Induced mutations cannot be fixed. Causes by chemicals  17.What do alkylating agents and acridine derivatives have in common? Alkylating agents damage the base pair, add groups to incorrect pair   Acridine – inserts into DNA ladder  Both are part of point mutations – single base changes  18.Describe general features of Eubacteria, Protozoa, Fungi, Viruses, and Archaea 19.List the differences between bacteria and viruses  20.What is meant by obligate intracellular pathogens? Which groups of infectious agents are included? Acellular, need electron microscopy, with host specificity.  21.Name different components of a virus. Name the two that every virus must have Every virus must have nucleic acids and a capsid. It can also have spikes for attachment and envelopes.  22.Distinguish between transforming, persistent, latent, lysogenic, and lytic viral infection  Transforming­ virus affects cell division of host (mutation, cancer) mutate host DNA (don’t kill host)  (malignant cells) Persistent­ keep producing viruses at low level – host survives but keeps producing viruses (chronic) Latent­ no virus produced, no host dies. Virus coexists with host for long time (not good, can cause  problems) Lysogenic Lytic viral  23.What is tissue culture/cell culture/monolayer? What is their use? Why you always need host to grow  virus 24.What is the order of virus life cycle? Describe ONE­STEP growth cycle? How one grow viruses in  lab?  25.What is antigenic shift, and how viruses achieve that  26.Name different shapes of viruses. Which one is unique to viruses? 27.List animal defenses against viral infection.  Fever, Interferon, antibodies, and some drugs: ribovirin (HBV and HCV), Tamiflu (influenza A and B),  Amantadine (Influenza A), Acyclovir (HSV)  28.What is the role of viruses in cancer? Name the cancers caused by viruses. 20% of human cancer is caused by viruses, either the virus carries the gene or it produces proteins that  induce a loss of growth regulation. Oncoviruses­ mammalian viruses capable of imitating tumors  Examples: papillomavirus (genital warts associated with cervical cancer), herpesviruses (lymphoma),  hepatitis B (liver cancer) 29.What is plaque assay and what is used for? What is CPE? Give an example Plaque assay­ dilutions of virus used to infect cultured cell. Area on plate that virus kills host. Results in  cell killing.   CPE is Cytopathic effects­ they are virus induced damage to the cell that alters its microscopic  appearance, o Example:  fusion of multiple host cells – syncytia – respiratory syncytial virus o Human epithelial cells infected by herpes simplex virus demonstrate giant cells with  multiple nuclei    30.Define lysogeny and explain its importance in causing diseases by bacteria. Lysogeny is a condition in which the host chromosome carries bacteriophage DNA. Many bacteria that  infect humans are lysogenized by phages. Sometimes the phage can produce toxins or enzymes thag cause  pathology. 31.Define exotoxins, endotoxins, neurotoxin, and enterotoxin. What each is made of? Who makes them? Exotoxin­ a toxin (usually protein) that is secreted and acts upon a specific cellular target. Endotoxin (LPS)   32.List the consequences of release of endotoxin 33.List the five stages of disease. Define sign, symptom, and syndrome Sign­ any objective evidence of disease as noted by an observer. More precise than symptoms.  Symptom­ subjective evidence of disease as sensed by the patient Syndrome­ the collection of signs and symptoms that, taken together, paint a portrait of the disease.  34.Name reservoirs of infection, what are the reservoirs for influenza and rabies Rabies­ mammals  Influenza­ Chickens, birds, swine Reservoirs­ Living: animals, humans, anthropoids  Nonliving: air, water, soil, the built environment  35.Define direct/indirect contact, droplet  transmission, vehicle transmission, vector  transmission,  Direct­ involves physical contact between infected  person and that of the infective Droplet­ in which fine droplets are sprayed directly  upon a person during sneezing and coughing   Indirect­ infected individuals contaminate objects,  food, or air through activities Fomite­ inanimate object that harbors and transmits  pathogens (doorknobs, telephone) Vehicle­ a natural, nonliving material that can  transmit infectious agents Vector­  Mechanical­ insect carries microbes to host on  its body parts  Biological­ insect injects microbes into host:  part of microbe life cycle completed in insect  36. Define Virulence.  Name several  virulence factors and indicate how  they may harm their host tissues In infection, the relative capacity of a pathogen to invade and  harm host cells.  37. Identify different port of entry for  infectious agents. Give examples 38.Koch's postulates cannot be proven for some organisms. Name two exceptions to Koch’s postulates.   Some infectious agents cannot be readily isolated or grown in a lab.  Viral diseases are hard because viruses usually have a very narrow host range Usually not possible to determine causation in polymicrobial diseases (like soft tissue abscesses and  periodontitis)  39.Define nosocomial infection, its causative agents? An infection not present upon admission to a hospital but incurred while being treated there. Causative agents­  surgical procedures, fomites, medical equipment, other patients, medical personal,  visitors, air and water  Most common: urinary tract, respiratory tract and surgical incisions  40.Name factors in the triangle of infection. What is the significance of each factor?  Host­ age, health, genetics, immune system Environment­ public health Microbes­ growth rate, number of microbes in infection, route of entry 41.Define symbiosis, name and describe different forms of symbiosis Symbiosis­ close associating between 2 or more organisms • Parasitism­ one benefits and the other is harmed • Mutualism­ both benefit (bacteria in human colon)  • Antagonism • Commensalism­ one benefits and the other is neither hurt nor benefits 42.Define different forms of disease outbreaks, epidemic, pandemic, etc. Endemic: a native disease that prevails continuously in a geographic region. Cases are concentrated in one  area at a relatively stable rate.  Pandemic: a disease afflicting an increased proportion of the population over a wide geographic area (often  worldwide) Epidemic: a sudden and simultaneous outbreak or increase in the number of cases of disease in a  community. Often appear in geographical clusters. Sporadic­ description of a disease that exhibits new cases at irregular intervals in unpredictable geographic  locations.  43.What is the significance of an opportunistic pathogen? Name an opportunistic microbe In infection, ordinarily nonpathogenic or weakly pathogenic microbes that cause disease primarily in an  immunologically compromised host. It causes diseases when the host’s defenses are down.  Example: Pseudomonas species and Candida Albicans  44.What are the characteristics of skin that make it resist infection? Low ph., low temperature, salt and epidermis  45.Define fomite/carrier/chronic carrier/reservoir of infection Reservoir of Infection­ in disease communication, the natural host or habitat of a pathogen Carriers­ a person who harbors infections and inconspicuously spreads them to others. Chronic carrier­ individuals who shelter the infectious agent for a long period after recovery because of the  latency of the infectious agent Fomite­ inanimate object that harbors and transmits pathogens (doorknobs, telephone) 46.Define three approaches in epidemiological study The epidemiologist collects information on the causative agent, pathology, sources, and modes of  transmission and tracks the numbers and distribution of cases of disease in the community. Descriptive­ situation, collect data Analytical­ tabulate results Experimental­ Koch’s postulates  47.Give three examples of immune­compromised individuals  Underlying disease: cancer, liver malfunction, diabetes  Old age and extreme youth  Genetic defects in immunity   Surgery and organ transplants  Chemotherapy, immunosuppressive drugs  Physical and mental stress  Pregnancy and other infections 48.List the factors involved in the decrease of mortality rate over the last 100 years. Vaccines, water treatment (cholera, typhoid fever, diarrheal disease), antibiotics (staph, pneumonia, G­)  49.Which of the three domains of microbes are prokaryotes and which ones are eukaryotes? 50.What is meant by notifiable diseases? Give three examples. Reportable – those diseases that must be reported to health authorities by law  Examples: anthrax, cancer, cholera, dengue fever, gonorrhea, Hep A,B,C, HIV, Influenza, Lead poisoning,  malaria, measles, mumps, meningococcal, yellow fever, varicella, typhoid fever, tetanus, syphilis, small  pox, rubella, rabies, plague  51.Important terms relevant to exam TWO: Define/Describe/Explain the following terms: Chromosome­ discrete cellular structure composed of DNA Gene­ a site on a chromosome that provides info for a certain cell function. A specific segment of DNA that  contains the necessary code to make a protein or RNA molecule Genome: is the sum total of genetic material of an organism (cells­DNA, viruses­DNA or RNA) Plasmid­ they are excellent vectors because they are small, well characterized, easy to manipulate and can be  transferred into appropriate cells hosts through transformation. (MORRE) Ribosome Codon­ every 3 base pairs are a codon (UAC GCA)  Anticodon  Genetic code Ligase­ final binding of nicks in DNA during synthesis and repair  Helicase­ unzipping DNA, Reverse transcription­ retroviruses turn RNA genomes into DNA Exonuclease exonuclease activity (adding nucleotides/removing nucleotides) Mutagens Carcinogens Ames Test­ looks for damage to bacteria DNA by looking for metabolic activity.  Recombinant DNA,  gel electrophoresis­ a lab technique for separating DNA fragments according to length by employing electricity to  force the DNA through a gel­like matrix. Smaller fragments move quicker than longer fragments.,  PCR­ a technique that amplifies segments of DNA for testing. Using denaturation, primers, and heat­resistant  DNA polymerase, the number can be increased several million fold. Increases DNA in sample without need to  make cultures.  Restriction enzymes­ (endonucleases) an enzyme present naturally in cells that cleaves specific locations on DNA.  Also used to splice genes in genetic engineering Vectors­ an animal that transmits infectious agents from one host to another, usually a biting or piercing arthropod  like a tick, fly or mosquito. Also a genetic element such as a plasmid or bacteriophage used to introduce genetic  material into a cloning host during recombinant DNA experiments.  Gene library­ (genomic) collections of DNA fragments representing the entire genome of an organism inserted into plasmids and stored in vectors such as bacteria or yeasts. Etiology­ (etiologic) the microbial cause of disease the pathogen Koch’s postulates­ a procedure to establish the specific cause of disease. In all cases of infection: the agent must be found, inoculations of a pure culture must reproduce the same disease in animals, the agent must again be present  in the experimental animal and a pure culture must again be obtained.  Zoonosis­ an infectious disease indigenous to animals that humans can acquire through direct or indirect contact  with infected animals  Viruses (Obligate intracellular parasites that cannot multiple without a specific host cell, they are not cells, they are very small, impact life, do not fulfil characteristics of life, not alive or dead but inactive and active) Capsid­ helps with attachment (protein)  Spike­ helps with attachment to specific host  Envelope­ outer, flexible layer that some viruses have  Icosahedra Plaques assay Un­coating Prion Virion Viroid Endotoxins Exotoxins­ a toxin (usually protein) that is secreted and acts upon a specific cellular target Enterotoxins Neurotoxins Contamination Infection Disease­ any deviation from health, as when the effects of microbial infection damage or disrupt tissues and organs Infectious diseases­ the state of damage or toxicity in the body caused by an infectious agent. Communicable diseases­ capable of being transmitted from one individual to another  contagious diseases­ communicable, transmissible by direct contact with infected people and their fresh secretions  or excretions  Reservoir of Infection­ in disease communication, the natural host or habitat of a pathogen  Animate Inanimate Carriers­ a person who harbors infections and inconspicuously spreads them to others.  Chronic Carrier­ individuals who shelter the infectious agent for a long period after recovery because of the latency of the infectious agent Modes of Transmission Direct vs indirect transmission vector transmission vehicle transmission Arthropod­borne diseases­ diseases transmitted by bite of insect (like malaria)  Triangle of Infection; host, microbe, environment: Host­ age, health, genetics, immune system Environment­ public health Microbes­ growth rate, number of microbes in infection, route of entry Endemic: a native disease that prevails continuously in a geographic region. Cases are concentrated in one area at a relatively stable rate.  Pandemic: a disease afflicting an increased proportion of the population over a wide geographic area (often  worldwide) Epidemic: a sudden and simultaneous outbreak or increase in the number of cases of disease in a community.  Often appear in geographical clusters. Nosocomial infections­ also called healthcare associated, an infection not present upon admission to hospital but  incurred while being treated there.  Symbiosis­ close associating between 2 or more organisms  Parasitism­ one benefits and the other is harmed  Mutualism­ both benefit (bacteria in human colon)   Antagonism  Commensalism­ one benefits and the other is neither hurt nor benefits  LD 50/ID50 Routes of Entry­route of entry for an infectious agent; typically, a cutaneous or membranous route. Exit for microbes­ route through which a pathogen departs from the host organism; skin, mucosal route (GI tract, UG tract, Respiratory tract, Parenteral route Normal Microbiota (normal flora) Virulence Factors­ a microbe’s structures or capabilities that allow it to establish itself in a host and cause damage.  Virulence­ in infection, the relative capacity of a pathogen to invade and harm host cells.   Capsule, Adhesion, pili, fimbriae WHO / CDC Notifiable diseases– those diseases that must be reported to health authorities by law MMWR, Mortality rate­ the number of persons who have died as a result of a particular cause or due to all causes, expressed as a numerator, with the denominator being some unit of population (as in x/100,000).  Morbidity rate­ the number of persons afflicted with an illness under question or with illness in general, expressed  as a numerator, with the denominator being some unit of population (as in x/100,000)  DNA strand­ heat breaks it apart and cold brings it together There are four distinct phases of infection and disease: the incubation period (initial contact with infectious agent  and appearance of symptoms), the prodrome (short period of mild symptoms occurring at the end of period of  incubation, onset of disease), the period of invasion (infection multiplies at high levels, exhibits its greatest  toxicity, and becomes well establish in the target tissues), and the convalescent period (recovery). Multiplication Cycles in Animal viruses: adsorption, penetration and uncoating, synthesis, assembly and release   Adsorption­ virus must have an exact fit with a specific host module (so a canine infection cannot  hurt humans)   Penetration and uncoating­ whole virus or nucleic acids enters host, if whole virus comes in it is  enclosed by enzymes and nucleic acid comes out   Synthesis (replication)­ Most DNA viruses enter host cell’s nucleus and replicate there. RNA  viruses usually replicate in the cytoplasm.   Assembly­ puts together new viruses   Release­ viral release from host. The number of viruses released depend on virus size, and health of  host cell.  Cancer: 


Buy Material

Are you sure you want to buy this material for

50 Karma

Buy Material

BOOM! Enjoy Your Free Notes!

We've added these Notes to your profile, click here to view them now.


You're already Subscribed!

Looks like you've already subscribed to StudySoup, you won't need to purchase another subscription to get this material. To access this material simply click 'View Full Document'

Why people love StudySoup

Jim McGreen Ohio University

"Knowing I can count on the Elite Notetaker in my class allows me to focus on what the professor is saying instead of just scribbling notes the whole time and falling behind."

Allison Fischer University of Alabama

"I signed up to be an Elite Notetaker with 2 of my sorority sisters this semester. We just posted our notes weekly and were each making over $600 per month. I LOVE StudySoup!"

Steve Martinelli UC Los Angeles

"There's no way I would have passed my Organic Chemistry class this semester without the notes and study guides I got from StudySoup."


"Their 'Elite Notetakers' are making over $1,200/month in sales by creating high quality content that helps their classmates in a time of need."

Become an Elite Notetaker and start selling your notes online!

Refund Policy


All subscriptions to StudySoup are paid in full at the time of subscribing. To change your credit card information or to cancel your subscription, go to "Edit Settings". All credit card information will be available there. If you should decide to cancel your subscription, it will continue to be valid until the next payment period, as all payments for the current period were made in advance. For special circumstances, please email


StudySoup has more than 1 million course-specific study resources to help students study smarter. If you’re having trouble finding what you’re looking for, our customer support team can help you find what you need! Feel free to contact them here:

Recurring Subscriptions: If you have canceled your recurring subscription on the day of renewal and have not downloaded any documents, you may request a refund by submitting an email to

Satisfaction Guarantee: If you’re not satisfied with your subscription, you can contact us for further help. Contact must be made within 3 business days of your subscription purchase and your refund request will be subject for review.

Please Note: Refunds can never be provided more than 30 days after the initial purchase date regardless of your activity on the site.