×
Log in to StudySoup

Forgot password? Reset password here

Towson - MBBB 408 - Class Notes - Week 3

Created by: Molly O'Neil Elite Notetaker

Schools > Towson University > Biology > MBBB 408 > Towson - MBBB 408 - Class Notes - Week 3

Towson - MBBB 408 - Class Notes - Week 3

School: Towson University
Department: Biology
Course: Cell Biology
Professor: Elana Ehrlich
Term: Fall 2016
Tags:
Name: Lecture 15 & 16 Review Guide
Description: Here is a bundle of class notes from Lectures 15 & 16. I went through the power points, generated my own questions, listened to the lectures online, and answered all of the questions. I included the writing assignments and in class practice problem answers as well. Using this review question guide will be extremely helpful on the next take home exam because you can quickly search for concepts u
Uploaded: 10/26/2016
0 5 3 36 Reviews
This preview shows pages 1 - 3 of a 12 page document. to view the rest of the content
background image Lecture 15 &16 Review Guide   
Lecture 15  
  o  [Writing Assignment] Phosphorylation plays a major role in the regulation of signal  transduction. What does phosphorylation do in the context of signaling?   
Phosphorylation can activate or deactivate things. It regulates signaling pathways.  
 
o  Which enzymes regulate the phosphorylation status of a protein?   
The enzymes that regulate phosphorylation include kinase (add phosphate groups) and 
phosphatases (remove phosphate groups).  
 
o  How does the activity of these enzymes affect the outcome of a signaling pathway?   
Phosphorylation creates binding sites. If you recruit something that promotes signaling there is 
activation. If you recruit something that inhibits, the signaling pathway will be shut off.  
 
o  p53 is a transcription factor that is activated through phosphorylation in response to  DNA damage. Active p53 halts the cell cycle. Predict the outcome of a mutation in the 
phosphorylation site on p53. 
 
p53 cannot be phosphorylated in response to DNA damage. It cannot be activated, and it 
cannot inhibit cell cycle, which leads to proliferation of this damaged state, and cancer can be 
the result.  
 
  Describe the MAPK signaling pathway?   
There are a lot of different receptors and a lot of then will activate Ras which will often result in 
activation in MAP Kinases. Map Kinases are a series of kinases that are held together by a 
scaffold protein and function in helping to relay the signal from the receptor to the effector 
protein through phosphorylation.  
 
  Describe Ras activation? How is it quickly reversed?   
Ras activation is brief and transient – quickly reversed by the activity of phosphatases. Ras is 
involved in spreading the signal to multiple pathways. If you wanted to turn off signaling you 
could add a phosphatase to dephosphorylate the receptor to lose the GEF. You’ll get shut off 
and hydrolysis of GTP and shut off of Ras.  
 
  What is FRET? What is it used for?    
background image FRET is fluorescence resonance energy transfer and it is used to study RAS activation. Different 
fluorescence is activated by different wave lengths. You can use one fluorescence to activate 
another. If two fluorescence molecules are close together then one energy can activate the 
other and you can get a color change. FRET is a way to asses if Ras is active or not.  
 
In this experiment they have a signaling pathway that is responsive to epidermal growth factor 
(EGF) which will bind to EGF receptor, and then you’ll have a pathway that requires Ras. You 
can tell if Ras is activated or not based on the amount of red. They added EGF and over time 
there is an increase in activated Ras by looking for the red, and over time it quickly comes 
down. This is through the activity of phosphatases that quickly shuts things off. FRET allows you 
to measure the proximity of two molecules based on color.  
 
Signaling gets turned on for a purpose but it needs to be turned off. Growth factors turned on 
forever is really bad. The role of phosphatases is very important.  
 
  What do Rho GTPases couple?    
Rho is another GTP binding protein (like an on/off switch for something). Rho GTPases couple 
cell surface receptors to the cytoskeleton.  
 
  Describe how signaling affects cell shape. What is an example?   
They regulate actin polymerization and regulate cell shape and motility. The Eph receptor is an 
example.  
 
  What affects cell shape? Describe the mechanism.     Activation of the Rho family of GTPases by signaling through the Eph receptor affects cell shape.  
 
Motor neurons need to grow towards the muscle to interact, and certain motor neurons need 
to go in the opposite direction. There is regulation to make sure there isn’t a lot of motor 
neurons growing in the same direction. There is interaction between two receptors on two 
different cells. The Eph receptor binds to ephrin A1 and when binding occurs, there is 
phosphorylation and recruitment of Rho-GEF. The Rho-GEF will activate some GTP binding 
protein (Rho-A). 
 
  Describe growth cone collapse in motor neurons.   
Contraction of the cell causes the growth cone (the tip of the cell that is growing towards the 
other cell) of the cell to collapse. It is a way of saying “no, don’t grow here.” 
 
  What does Rho A do?    
background image Rho A stimulates myosin dependent contraction of actin cytoskeleton. There is actin 
polymerization and there is myosin-mediated-filament-contraction.  
 
  Is guidance of axon tips to muscle target signaling negative or positive regulation?   
Guidance of axon tips to muscle target signaling is negative regulation.  
 
  What happens in the absence of signal ephexin?   
In absence of signal ephexin activates all Rho GTPases equally = forward movement of axon tip 
towards muscle target.  
 
When there is no signaling, there will be activation of all different types of Rho-GTPases. The 
motor neuron grows. There is a growth cone extension because all of the Rho-GTPases are 
going to work together for this growth process of the cell.  
 
  What happens in the presence of a signal?   
In the presence of a signal = preferenced for Rho-A activation, contraction only = growth cone 
collapse. 
 
When you get signaling, everything is shut off except for Rho-A and this causes contractile actin, 
and this causes the growth cone to collapse. It is negative regulation because it is saying “no 
neuron, don’t grow towards me.” 
 
  What do PI 3-kinase phosphorylates inositol phospholipids do? What can activate it?    
PI 3-Kinase phosphorylates inositol phospholipids creating docking sites for intracellular 
signaling proteins. This can be activated by RTSs, GPCRs, or Ras.  
 
PI 3-Kinase is a kinase that can be activated by many different receptors. It phosphorylates 
inositol phospholipids in the plasma membrane and creates docking sites for other proteins. It 
activates another signaling pathway. PI 3-Kinase regulates different pathways.  
 
  What is the outcome of a mutated PTEN?    
PTEN is commonly mutated in cancer. Phosphorylation  binding sites  signaling pathways 
associated with cell growth and survival = PTEN shuts this off 
 
If PTEN was mutated, the pathway will always be turned on because you will never have the 
removal for phosphate groups. PI 3-Kinase adds all sorts of phosphate groups there, and PTEN 
removes them. Those phosphate groups are binding sites for different proteins associated with 
signaling  
 

This is the end of the preview. Please to view the rest of the content
Join more than 18,000+ college students at Towson University who use StudySoup to get ahead
12 Pages 48 Views 38 Unlocks
  • Better Grades Guarantee
  • 24/7 Homework help
  • Notes, Study Guides, Flashcards + More!
Join more than 18,000+ college students at Towson University who use StudySoup to get ahead
School: Towson University
Department: Biology
Course: Cell Biology
Professor: Elana Ehrlich
Term: Fall 2016
Tags:
Name: Lecture 15 & 16 Review Guide
Description: Here is a bundle of class notes from Lectures 15 & 16. I went through the power points, generated my own questions, listened to the lectures online, and answered all of the questions. I included the writing assignments and in class practice problem answers as well. Using this review question guide will be extremely helpful on the next take home exam because you can quickly search for concepts u
Uploaded: 10/26/2016
12 Pages 48 Views 38 Unlocks
  • Better Grades Guarantee
  • 24/7 Homework help
  • Notes, Study Guides, Flashcards + More!
Join StudySoup for FREE
Get Full Access to Towson - Biol 408 - Class Notes - Week 3
Join with Email
Already have an account? Login here