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FSU - MCB 4403 - Exam 2 study guide - Study Guide

Created by: Ryan Notetaker Elite Notetaker

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FSU - MCB 4403 - Exam 2 study guide - Study Guide

School: Florida State University
Department: Microbiology
Course: Microbiology
Term: Fall 2015
Tags:
Name: Exam 2 study guide
Description: Will update in a day with rest of the information and quiz review section. covers all the lectures for exam 2
Uploaded: 03/19/2018
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background image Know the quizzes HIV Life Cycle
Reverse transcriptase replicates DNA from RNA Acts as transposon Eukaryotic cells have many retroelements
old inactivated retrovirus copies HIV virion attaches to CD4 and CCR5 in the host cell membrane Virion fuses to membrane and releases core into cytoplasm Core dissolves and reverse transcriptase copies/replaces RNA to make dsDNA 
intermediate of viral genome
(­) strand DNA made then 2 nd drug AZT targets Reverse Transcriptase dsDNA enters nucleus through nuclear pore viral genome integrates into host chromosome dsDNA copy is transcribed to make mRNA Differnential splicing allows production of Gag­Pol or Env proteins +strand RNA exits nucleus – associate a dimers for packaging in progeny virions Env proteins are transclocated into ER, modified during transport and exported to cell
membrane
Membrane­embedded Env proteins assist packaging of RNA dimers and Gag­Pol 
peptides into core
Core particles assemble coated with envelope membrane and released As the virus buds off the PR protease cleaves Gag­Pol peptide to complete the 
maturation of core (Protease is target of protease inhibitor drugs)
Reverse transcriptase replicates DNA from RNA
Uses host tRNA as primer RNA destroyed as DNA made Forms dsDNA (RT makes both strands and is target of AZT) Acts as transposon
moves to nucleus inserts into host genome (random position) Drugs that interfere with HIV life cycle
Nucleoside reverse transcriptase inhibitors (NRTI)
­zidovudine and AZT Nucleotide reverse transcriptase inhibitors
 Tenofovir (also used to treat HBV (Hepatitis B virus)) Non­nucleoside reverse transcriptase inhibitors (NNRTI)
nevirapine inactivates reverse transcriptase Protease inhibitors
Indinavir and nelfinavir
background image Blocks cleavage of HIV proteins into functional units Fusion inhibitors (acts after HIV attaches to CCR5 and CD4)
Enfurvirtide Blocks fusion of HIV with cell membrane CCR5 antagonist (acts earliest)
Maraviroc Blocks binding of HIV with CCR5 receptor        PCR Picking primers using melting temperature (T m ) T m = 4(#G + #C) + 2(#A + #T) primer needs to be in the 5’ to 3’ orientation Necessary parts  DNA template primers (start and end) DNA polymerase  usually T aq  Polymerase It needs to have good activity rate around 75°C and needs to withstand high 
temperatures (95­100°C)
4 deoxyribonucleotides (dNTPs) A, G, C, T Reaction Buffer this provides a stable pH If MgCl 2  is not in solution it must be added separately Mg 2+  is an important  cofactor of PCR MMR Vaccine protects against  Mumps, Measles, and Rubella (Paramyxoviridae) Mumps: Rubulavirus: spherical, enveloped virion Measles: Paramyxovirus (Morbillivirus) Rubella: Togavirus Major childhood disease that forms a latent infection that can appear later in life Chicken pox Later in life disease is shingles Poliovirus (Polio) Human enterovirus in the family Picornaviridae Composed of an RNA genome and a protein capsid, single stranded (+) RNA Sulk and Sabin vaccines both protect against polio Sulk: used dead viruses (inactivated) used in the US today administered by injection has minimal side effects
background image Sabin: live­virus vaccine (used weakened “attenuated” virus) he believed that long term immunity could only be accomplished with weak but 
living viruses
The live virus in the vaccine occasionally became strong enough to be harmful still used in some parts of the world administered orally Know these viruses in detail HIV Infection cycle highlighted above Influenza ((­)strand RNA, multiple strands, enveloped)  influenza viruses A & B seasonal epidemic Influenza C (mild) Structure segmented RNA genome inside capsid Capsid is inside lipid envelope 2 major envelope proteins Neuraminidase Hemagglutinin gets the name from that ability to agglutinate red blood cells strain names H1N1: Hemagglutinin1, Neuraminidase1 Pandemic of 1918: Greatest one year loss of life in history Envelope proteins 8 separate RNAs in genome each encodes one protein (­)strand RNA can’t be red by ribosome must be copied to (+)RNA No replicating RNA polymerase in host (­) RNA viruses must bring own polymerase protein into host cell (­) strand RNAs and viral polymerase move to nucleus (+) strand RNA made by viral polymerase (+) strand RNA transported to cytoplasm and translated by host ribosomes  Viral envelope proteins transported to cell emmbrane via ER, Golgi, etc…. (+) strand RNA used as replicative intermediate to make (­) strand copies of the 
genome for packaging in virions
virions assemble at the host cell plasma membrane Viral envelope proteins picked up as virus buds off from membrane Viral RNA polymerase are inaccurate and introduce many mutations during 
replication
Antigenic drift Rapid evolution

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