New User Special Price Expires in

Let's log you in.

Sign in with Facebook


Don't have a StudySoup account? Create one here!


Create a StudySoup account

Be part of our community, it's free to join!

Sign up with Facebook


Create your account
By creating an account you agree to StudySoup's terms and conditions and privacy policy

Already have a StudySoup account? Login here

Microbiology Week 4 Notes

by: Toni Franken

Microbiology Week 4 Notes MICR 3050

Marketplace > Clemson University > Microbiology > MICR 3050 > Microbiology Week 4 Notes
Toni Franken
GPA 3.97

Preview These Notes for FREE

Get a free preview of these Notes, just enter your email below.

Unlock Preview
Unlock Preview

Preview these materials now for free

Why put in your email? Get access to more of this material and other relevant free materials for your school

View Preview

About this Document

These notes cover all of the material from week 4, but also include the lecture from Monday, February 1st, since that material will be covered on the exam. This includes information from chapters 7...
General Microbiology
Dr. Whitehead
Class Notes
Microbiology, micro, MICR, MICR 3050, 3050, Whitehead, Clemson, University, Clemson University, Dr. Whitehead, microbio, Biology
25 ?




Popular in General Microbiology

Popular in Microbiology

This 4 page Class Notes was uploaded by Toni Franken on Monday February 1, 2016. The Class Notes belongs to MICR 3050 at Clemson University taught by Dr. Whitehead in Spring 2016. Since its upload, it has received 34 views. For similar materials see General Microbiology in Microbiology at Clemson University.


Reviews for Microbiology Week 4 Notes


Report this Material


What is Karma?


Karma is the currency of StudySoup.

You can buy or earn more Karma at anytime and redeem it for class notes, study guides, flashcards, and more!

Date Created: 02/01/16
 MICR 3050 – Notes Set 6, 01/25/2016 Dr. Whitehead, Clemson University Chapter 2: Microscopes and Staining Procedures Heat Fixation: It appears that heat fixation actually works because…it just works. Some  suggestions, however, do say that proteins and lipids are denatured, and that this allows them to  cling to the glass better.  Staining Continued:  Endospore Staining: Can tell you size, location, and shape of the endospore, or if there is an endospore present at all. o Heated, double staining technique. Have to use heat to force the dye into the spore in  order to overcome the resistance. Resistant to de­staining as well.  o Bacterial endospore is one color and vegetative cell is a different color.  o Endospores: Incredibly stress resistant spore formed inside the bacterium (Bacillus  anthracis and clostridium are two types of bacteria that make them). Usually forms  when conditions are poor, and the bacteria will most likely die, leaving the endospore  behind. They are capable of resisting boiling, disinfectants, and more. There is  information about the bacteria in the size, location, and shape of the endospore.  Capsule Staining: Negative staining is where you stain the fluid around the object, but  not the object itself. Will appear clear or white against a dark background). Negative  staining technique – capsules are colorless against a stained background. Presence and  type of the capsule is important to tell information of the organism, and may even be  absolutely vital for an organism to cause an infection. Capsule size can be  important.  Flagella Staining: Staining of flagellum o There are bacteria capable of movement, and by multiple methods. However, one  movement type is by flagella. The number and location of flagellum on a bacterium  are important for identification and information. May have flagella everywhere, on  both ends, on one end, and may have singular or grouped flagella.  o Under normal light microscopy, flagella CANNOT be seen. In flagella staining,  we will coat the flagella with a mordant to make them appear thicker, and help the  dye stick to the flagella. This allows them to be thicker, and colored, to see with a  normal light microscope.   Basics of staining Repeated o Acid fast: Red cells are mycobacteria, blue cells are not mycobacteria. o Endospore staining: Endospores are red, rest of cell is blue. o Capsule stain: Bacteria and capsules are not stained, but the fluid around them is. o Gram stain: Purple cells gram positive, red cells gram negative.  Chapter 7.5: Laboratory culture of cellular microbes: Koch’s postulates: According to Koch, you must be able to culture a bacterium to identify it –  growing bacteria, however, is important for any part of microbiology.  Nutrient preparations are devised to support the growth and reproduction of  microorganisms: All different media must contain:  o Macronutrients (substance needed by bacteria in fairly large amounts, such as  Carbon, Nitrogen, or phosphorous).  o Micronutrients (substances required at small levels, possibly even trace element  levels, such as specific metals). o Growth factors (help promote the growth of microorganisms – larger molecules  like biologically relevant molecules – some bacteria require them. Example:  Amino Acids must be given).  Characteristics of Media: o Nutrient media can be liquid or solid. Solid media are usually solidified with  agar (made with seaweed). We don’t use gelatin for a number of reasons. Some  bacteria can break down gelatin, which makes it less than ideal for culturing.  However, it also has more difficult melting points to work with.  o Chemical composition:  Defined Media: Concentrations and chemical compositions are exactly  known. Nothing is unknown in defined medium. We know the exact  amount of EVERY component.  Complex Media: We don’t know everything about the medium. We don’t know exact composition and/or concentration of the media. Know general  composition, but not exactly how much.   Examples: Nutrient Broth, TSA, TSB, MacConkey Agar.  How much carbon is in peptone, tryptone, etc? We have no idea  the chemical composition, because it varies from batch to batch. It  often doesn’t matter exactly how much is in it.   May contain extracts: Aqueous extracts, usually beef or yeast.  Lyse the molecules, make it easier for bacteria to use, and allow to  dry. o Physical nature:   Liquid (such as broths)  Semisolid (used to see if bacteria are capable of movement, contains some agar, but only enough to thicken it)  Solid – agar plates. Agar: Sulfated polysaccharide sued to solidify liquid  media. Ideal solidifying agent because:   We can melt agar with boiling water at about 90 °C.   It solidifies at about 45 °C.   You can pour the agar while still liquid because you can  comfortably hold things at about 55 °C.   Can use it to culture a wide range of microbes without killing  them.   In addition, most microbes aren’t capable of degrading agar,  making the plat turn to mush. o Function:  General Purpose media (supportive) – Supports the growth of many  microorganisms. Typically nutrient rich. TSA and TSB (tryptic soy  agar/tryptic soy broth) are examples. Something will grow in it regardless  of what you culture.  Enriched Media: More fastidious (aka, picky) microbes will grow on it –  there are extra nutrients added in. It is general purpose media  supplemented by blood or other special nutrients (usually use sheep  blood). Chocolate agar – contains blood and gives it a brown appearance.   Minimal Media: Contains the minimal necessities for growth of the wild­ type organism. They only contain inorganic salts, a simple carbon source,  and water. E­coli can grow on minimal media. Often use to figure out the  metabolic capabilities of an organism. Can it use glucose, maltose,  chondroitin sulfate, etc?  Selective Media: Favor the growth of some microorganisms and inhibit  the growth of others: Example is MacConkey agar – selects for gram­ negative bacteria, and tends to inhibit gram­positive bacteria. Can also add antibiotics to select for those resistant to antibiotics. Can also add a carbon source that many bacteria can’t use (such as cellulose – only some bacteria can use it).   Differential Media: Distinguish between groups of microorganisms based on their biological characteristics. You will be able to see the difference.   Blood agar is a type of differential medium (as well as  enriched): A number of bacteria can lyse red blood cells, and  degrade them to varying degrees. This is called hemolysis, and  different bacteria have different types of hemolytic activity.  Bacteria that lyse red blood cells partially will have a cloudy green  color around them. Bacteria that lyse red blood cells completely  will have a completely clear area that completely destroys blood  cells. Bacteria that do not lyse cells, but will simply grow.   MacConkey agar: Lactose fermenters versus non­fermenters –  selective for gram negatives, and among those gram negatives,  some can ferment lactose, and some cannot. A color change will  occur when the bacteria can produce a great deal of acid to ferment lactose. It causes a pH change (and therefore a color change due to  the pH indicator in the plate) to varying degrees. E­coli has a very  high ability to ferment lactose = big color change. This makes it  selective and differential.  Mannitol salt agar: selective and differential. Looks at how well  organisms can grow in a specific carbon source, and cause a color  change. Know blood agar and MacCokey agar. Also, if she gave a  new type of media, described it, can you tell its characteristics.   Isolation of Pure Cultures: We can only culture about 1 – 10% of known bacteria  purely. We can often get them down to a culture of 2, but can’t get them by themselves.  o Pure culture: Population of cells that arises from a single cell. If you’re trying to  get a genetically pure colony, in theory, a pure culture is as close as you can get.  We used to think that pure cultures are clonal (all identical), but mutations  happen, and throw it off. It allows for the study of single types of  microorganisms.  o We can isolate a pure culture in various ways, but all involve putting a mixture of  cells on an agar surface so that individual cells are well separated from each other.  Techniques for isolating pure cultures: o Streak Plating: Start with a dense area of bacteria placed on a plate with a wire  loop. Streak back and forth in 1 quadrant of the plate to create the Primary Streak. Flame the loop, and DO NOT dip it back into the original sample. Once sterile,  drag the loop across the second quadrant, dipping into the first quadrant, creating  the Secondary Streak. Flame loop, and repeat for the third and fourth quadrants,  until your streak towards the middle will, hopefully, produce single, isolated  colonies.  o Spread Plate: To create a spread plate, you must take a small volume of diluted  culture (100 uL, usually), and transfer it to the center of the agar with a pipette.  The culture is spread evenly over the surface with a sterile bent rod, often called a hockey stick. The point is to spread a very small number of cells evenly over the  surface of the plate. A countable plate should have between 30 and 300  colonies. o Pour Plate: To create a pour plate, take a small amount of diluted sample, and  mix it with liquid agar that has cooled to about 45 – 50 °C, and pour the whole  thing into an empty petri dish. You want to start with a diluted culture so that the  cells are spread out enough that you can count the colonies. The mixing action of  agar and culture is what distributes the cells. A countable plate should have  between 30 and 300 colonies.  Aseptic techniques: Main purpose is to prevent contamination of culture, environment,  and experimenter. You don’t want contamination of culture, and don’t want  contamination outside of the culture. Maintain a pure culture  For aseptic transfer: Do a lot of disinfecting of surfaces before and after the experiment, work with a flame, you flame the loops, the mouth of the tubes, use some alcohol, etc.  Hopefully, with these procedures, you’ll have sterile instruments.


Buy Material

Are you sure you want to buy this material for

25 Karma

Buy Material

BOOM! Enjoy Your Free Notes!

We've added these Notes to your profile, click here to view them now.


You're already Subscribed!

Looks like you've already subscribed to StudySoup, you won't need to purchase another subscription to get this material. To access this material simply click 'View Full Document'

Why people love StudySoup

Steve Martinelli UC Los Angeles

"There's no way I would have passed my Organic Chemistry class this semester without the notes and study guides I got from StudySoup."

Kyle Maynard Purdue

"When you're taking detailed notes and trying to help everyone else out in the class, it really helps you learn and understand the I made $280 on my first study guide!"

Bentley McCaw University of Florida

"I was shooting for a perfect 4.0 GPA this semester. Having StudySoup as a study aid was critical to helping me achieve my goal...and I nailed it!"

Parker Thompson 500 Startups

"It's a great way for students to improve their educational experience and it seemed like a product that everybody wants, so all the people participating are winning."

Become an Elite Notetaker and start selling your notes online!

Refund Policy


All subscriptions to StudySoup are paid in full at the time of subscribing. To change your credit card information or to cancel your subscription, go to "Edit Settings". All credit card information will be available there. If you should decide to cancel your subscription, it will continue to be valid until the next payment period, as all payments for the current period were made in advance. For special circumstances, please email


StudySoup has more than 1 million course-specific study resources to help students study smarter. If you’re having trouble finding what you’re looking for, our customer support team can help you find what you need! Feel free to contact them here:

Recurring Subscriptions: If you have canceled your recurring subscription on the day of renewal and have not downloaded any documents, you may request a refund by submitting an email to

Satisfaction Guarantee: If you’re not satisfied with your subscription, you can contact us for further help. Contact must be made within 3 business days of your subscription purchase and your refund request will be subject for review.

Please Note: Refunds can never be provided more than 30 days after the initial purchase date regardless of your activity on the site.