New User Special Price Expires in

Let's log you in.

Sign in with Facebook


Don't have a StudySoup account? Create one here!


Create a StudySoup account

Be part of our community, it's free to join!

Sign up with Facebook


Create your account
By creating an account you agree to StudySoup's terms and conditions and privacy policy

Already have a StudySoup account? Login here

Week 2 Notes

by: Whitney Marie Halaby

Week 2 Notes BIO 190

Whitney Marie Halaby
GPA 3.47

Preview These Notes for FREE

Get a free preview of these Notes, just enter your email below.

Unlock Preview
Unlock Preview

Preview these materials now for free

Why put in your email? Get access to more of this material and other relevant free materials for your school

View Preview

About this Document

These notes include a drawing of the bubble that forms during replication and a nucleotide.
Introductory Biology for Health Professions
Dr. Elizabeth O'Hare
Class Notes
Bio, Biology, nucleotide, replication, translation, transcription
25 ?




Popular in Introductory Biology for Health Professions

Popular in Biology

This 7 page Class Notes was uploaded by Whitney Marie Halaby on Friday September 9, 2016. The Class Notes belongs to BIO 190 at Towson University taught by Dr. Elizabeth O'Hare in Fall 2016. Since its upload, it has received 102 views. For similar materials see Introductory Biology for Health Professions in Biology at Towson University.


Reviews for Week 2 Notes


Report this Material


What is Karma?


Karma is the currency of StudySoup.

You can buy or earn more Karma at anytime and redeem it for class notes, study guides, flashcards, and more!

Date Created: 09/09/16
BIO 190 Notes Week 9/6­9/8  DNA has multiple functions o Stores and passes on genetic info  2 type of nucleic acids: DNA & RNA   RNA o Single stranded o Has U instead of T o The sugar is ribose o 3 part nucleotide: 5 carbon sugar (ribose­ that is negatively charged),  phosphate group o RNA is made from a DNA template o Polynucleotide sequence  Nucleotides are linked together by dehydration reactions o DNA is transcribe to make RNA  o G – C  o A – U  o Using the base pair rules makes it possible to predict RNA sequence o DNA Sequence: TAC GCG TAT GAG CTA o Complementary Strand: ATG CGC ATA CTC GAT o RNA Strand: AUG CGC AUA CUC GAU o It is important that cells make 2 identical copies of DNA during  replication  o RNA molecules carry accurate instruction for making proteins  DNA Replication o Also known as semiconservative model  o DNA replicates in the opposite directiom  o Purpose: cell production, wound repair, organismal growth (growth in  size) o Replicated DNA must be an exact copy when it isn’t an exact match it is a  mutation o Advantages:   Make sure all cells carry genetic info  Have genetic instructions available for gamete development  o How it happens – Brief Overview: 1. Two strands of parental DNA separate 2. Free nucleotides are going to bind to the parent strand  following the base pairing rules 3. Enzymes (ligates – blue) generate new sugar phosphate  backbone – the phosphate of one nucleotide is linked to the  sugar group of the adjacent nucleotide 4. Two identical daughter strands are formed – half of the parent  strand half of  the daughter strand – the daughter strand is  called the semiconservative model o Detailed Overview of how it happens: 1. Proteins attach to each ori causing a separation of the 2 strands  – the opening DNA causes bubbles to form. Topoisomerase (an enzyme): unwinds DNA. Helicase ( an enzyme): pry’s apart the double helix, breaks the hydrogen bond and makes the bubble  bigger  2. DNA polymerase (RNA primer provides the location)  adds  nucleotides to 3 prime –OH   the phosphate group (carbon 5)  on the incoming nucleotide attaches to the –OH group (carbon  3) of the first nucleotide  nucleotides are added in the 5 prime to 3 prime direction  a. RNA primer is complementary to DNA sequence  b. RNA primer laid down gives RNA polymerase a 3  prime OH to attach to a 5 prime phosphate  c. Where there is RNA primer U will be used instead of T  – but only there –  it will eventually all be DNA only  one or two nucleotides  d. DNA made in a 5 prime to 3 prime direction but read  templates 3 prime to 5 prime  e. DNA polymerase requires a 3 prime hydroxyl group  before synthesis can be initiated f. DNA polymerase has proof reading ability – changing  nucleotides out that have been affected by radiation and toxic chemicals  g. Leading strand: the strand that is continuously  synthesized, works towards a forking point h. Lagging Strand: strand that is NOT continuously  synthesized since new DNA is only made outward (5  prime to 3 prime)  i. Okazaki fragments: DNA fragments – fragments are  attached by DNA ligase  j. A& C are the leading strands  o Challenges:  Complex coordination of multiple enzymes – proteins untwist –  recruit nucleotides – solidify covalent bonds   One out of one billion nucleotides is incorrectly paired  Speed of the process – takes about one hour to copy the genome of  e.coli and a few hours for a human  3. How does Replication happen so fast?  Happens at multiple places along the chromosome   The slower it goes the more prone it is to errors   Ori: origin of replication   DNA creates a bubble at ori and DNA replication occurs at  multiple ori’s  Transcription  o Protein synthesis  o RNA made from DNA  o Provide genetic messages in the form of RNA  o RNA polymerase looks for the promoter to know where to start o Steps  1. Initiation: RNA polymerase attaches to the promoter (this marks the beginning of RNA synthesis)  – once attached RNA  polymerase starts to synthesize RNA  2. Elongation: new RNA strand grows as RNA polymerase  continues to add nucleotides – RNA nucleotides are linked  together – free nucleotides form H­ bonds with bases of DNA  template – as synthesis continues growing RNA molecules peel  away from the DNA template, allowing the two separated DNA  strands to come back together in the region already transcribed   3. Termination: when RNA polymerase reaches the terminator  DNA sequence the RNA polymerase molecule detaches from   newly made pre­ mRNA  strands and the gene  o Components needed  DNA   Nucleotides  RNA polymerase—an enzyme that forms new RNA strands by  following the base pair rules   Promoter: determines were transcription starts and on which strand  Termination sequence: DNA signal at the end of the gene which  marks the end of the gene  o First step to creating proteins  o Prokaryote: bacteria, pro meaning before, karyo meaning no nucleus in the bacteria, transcription and translation take place in the cytoplasm  o Eukaryotic: mammals, plants, transcription takes place in the nucleus  and  is then processed then exits into the cytoplasm and proteins are made off  of mRNA – translation happens in the cytoplasm o Genes control phenotypic traits through expression of proteins  o Genotype: genetic make up of organisms o Phenotype: physical manifestation of genotypes – genotypes are linked to  phenotypes by proteins  o Protein synthesis: genes that control phenotypic traits   mRNA Processing o Prior to nuclear export, mRNA is modified or processed  o Addition to nucleotides (that are not encoded in the sequence) to end  mRNA  o Modifications to mRNA:  Addition of extra nucleotides to end of pre­mRNA that are not  incorporated into peptide sequence   Small cap: a modified form of a G nucleotide and the 5 prime end  and 5 prime cap   Large cap: a chain of 50­250 A nucleotides at the 3 prime end  (polyA tail)  Facilitate export of mRNA from nucleus   Protect mRNA from degradation by cellular enzymes   Help ribosomes bind to mRNA  RNA Splicing:  Cutting introns out of the mRNA and the joining of exons  together prior to the mRNA leaving the nucleus – ONLY  IN EUKARYOTES   Provides a means to provide multiple polypeptides from a  single gene into processing in eukaryotes   Archibald Garrod o Worked to discover the relationship between genes and proteins o Broad hypothesis o Specific hypothesis  o First person to link phenotype to genotypes  o Studied pee   Beadle and Tatum o Mold  o Showed that each mutation had a mutation in a single gene  o Proteins were malformed  o One gene on an enzyme/protein synthesis   Translation o Makes proteins that carry out cellular function o Steps of Translation 1. Initiation: brings together mRNA and tRNA bearing the first  amino acid (Met) and the two subunits for a ribosome –  establishes where translation will begin – initiation establishes  exactly where translation will begin this ensures mRNA codons  are translated into the correct AA sequence  ­­ translation does not start on the exact end of the mRNA (ribosome looks for AUG  [Met] start signal – initiation occurs in two steps 1. mRNA  molecule binds to a small ribosomal subunit and anticodon of  tRNA Met base­pairs with a start codon 2. Initiator tRNA carries  Met with anticodon UAC and base­pairs with start codon AUG 2. Elongation: amino acids are added one by one to the previous  amino acid (this occurs in a 3 step process) 1. The anticodon on  incoming tRNA molecule is carrying the appropriate AA then  pairs with mRNA codon in ribosomal A site 2. The growing  polypeptide separates from old tRNA onto the P site and attaches  by a new peptide bond to an AA carried by the tRNA in the A site  ­­ ribosome catalyzes formation of the peptide bond 3. P site  tRNA (which doesn’t have an AA) leaves the ribosome and the  ribosome translocate (moves) to the other tRNA (holding the  growing peptide) from A site to P site  3. Termination: occurs when a stop codon reaches the ribosome’s A  site – stop codons are  UAA, UAG, UGA which are not amino  acids but they act as signals to stop translation – the completed  polypeptide is then freed from the last tRNA – ribosome splits  back into two subunits  o mRNA is made into protein   3 letter ‘words’ of nucleic acids (codons) are converted to the  amino acid ‘word’ proteins   DNA  RNA  Protein   Nucleic Acid  Nucleic Acids  Amino Acids  o Purpose: produce polypeptides  o Needs:  mRNA: instructions for making the new polypeptide  amino acid supply   tRNA: a molecule used to interpret the instructions (mRNA)   enzymes: for adding the amino acid to the tRNA  ATP: used for energy to add the amino acid to the tRNA by the  enzyme   Ribosomes: a large protein structure in the cytoplasm that  coordinates the functions of mRNA and tRNA  and catalyzes the  synthesis of polypeptides  ­­ a big protein that is only in the  cytoplasm because that is where translation occurs – it also  coordinates the function of mRNA and tRNA  o Two subunits o Large subunit: made up of proteins and a kind of ribosomal RNA (rRNA) o Small subunit: made up of proteins and a kind of rRNA  o Two subunits come together and work as a vice/clamp   holds tRNA and mRNA molecules close, allowing AA to  be carried by tRNA  molecule to be connected to a  polypeptide  o 20 different amino acids o tRNA: a special type of RNA that converts 3 letter ‘words’ of codons  (nucleic acids) on mRNA amino acid ‘words’ of proteins – tRNA must  carry out two functions  o 1. Pick up the appropriate amino acid – one specific amino acid  attaches to a specific tRNA (each AA is joined to the correct tRNA by a specific enzyme using a molecule of ATP as energy to drive  the reaction) – 1 enzymes is specific for each different type of AA  (although all tRNA molecules are similar, there is a slightly  different variety of tRNA for each AA) o 2.Recognize the appropriate codon in the mRNA using the tRNA’s anticodon  Anticodon: a special triplet of bases that is complementary  to the codon triplet on the mRNA – during translation  anticodons on tRNA recognizes a specific codon on the  mRNA by using base­pairing rules o Essential amino acid: amino acids we need to get from our environment to survive  o Non essential amino acid: an amino acid that is not essential to be part of  an individuals diet because the body can produce them on their own   o 3 bases ( a triplet code) are encoded for 1 amino acid – the number 3 is  needed which means 64 triplet possibilities  o Genetic Code  Marshal Nierburg: deciphered first codon, 1961, synthesized an  artificial RNA molecule – experiment: add uracils to a test tube  with ribosomes and other ingredients used to carry out translation  this resulted in protein being composed of only one amino acid  (phenylaline Phe)  3/64 triplets do NOT designate amino acids but serve as stop  codons that mark the end of translation   AUG has a dual function – it signals where translation occurs –  codes for amino acid (Met) – provides a start signal for protein  polypeptide chains  61/64 triplets code for amino acids   DNA: TAC TTC AAA ATC   mRNA: AUG (indicates start site for translation) AAG UUU UAG  Protein (use the chart): met. Lys. Phe. Stop (not an amino acid) –  Met. Lys. Phe. All are amino acids   Nearly all organisms share the same genetic code, this allows  scientists  to create  o Genetic therapies  o Research purposes o Agriculture benefits  o For fun  The genetic code outlines that all organisms must share a common  ancestor which means we are all related  evolution


Buy Material

Are you sure you want to buy this material for

25 Karma

Buy Material

BOOM! Enjoy Your Free Notes!

We've added these Notes to your profile, click here to view them now.


You're already Subscribed!

Looks like you've already subscribed to StudySoup, you won't need to purchase another subscription to get this material. To access this material simply click 'View Full Document'

Why people love StudySoup

Steve Martinelli UC Los Angeles

"There's no way I would have passed my Organic Chemistry class this semester without the notes and study guides I got from StudySoup."

Kyle Maynard Purdue

"When you're taking detailed notes and trying to help everyone else out in the class, it really helps you learn and understand the I made $280 on my first study guide!"

Jim McGreen Ohio University

"Knowing I can count on the Elite Notetaker in my class allows me to focus on what the professor is saying instead of just scribbling notes the whole time and falling behind."

Parker Thompson 500 Startups

"It's a great way for students to improve their educational experience and it seemed like a product that everybody wants, so all the people participating are winning."

Become an Elite Notetaker and start selling your notes online!

Refund Policy


All subscriptions to StudySoup are paid in full at the time of subscribing. To change your credit card information or to cancel your subscription, go to "Edit Settings". All credit card information will be available there. If you should decide to cancel your subscription, it will continue to be valid until the next payment period, as all payments for the current period were made in advance. For special circumstances, please email


StudySoup has more than 1 million course-specific study resources to help students study smarter. If you’re having trouble finding what you’re looking for, our customer support team can help you find what you need! Feel free to contact them here:

Recurring Subscriptions: If you have canceled your recurring subscription on the day of renewal and have not downloaded any documents, you may request a refund by submitting an email to

Satisfaction Guarantee: If you’re not satisfied with your subscription, you can contact us for further help. Contact must be made within 3 business days of your subscription purchase and your refund request will be subject for review.

Please Note: Refunds can never be provided more than 30 days after the initial purchase date regardless of your activity on the site.