New User Special Price Expires in

Let's log you in.

Sign in with Facebook


Don't have a StudySoup account? Create one here!


Create a StudySoup account

Be part of our community, it's free to join!

Sign up with Facebook


Create your account
By creating an account you agree to StudySoup's terms and conditions and privacy policy

Already have a StudySoup account? Login here

Biology Notes

by: Nhi Notetaker

Biology Notes BIO 311C

Nhi Notetaker

Preview These Notes for FREE

Get a free preview of these Notes, just enter your email below.

Unlock Preview
Unlock Preview

Preview these materials now for free

Why put in your email? Get access to more of this material and other relevant free materials for your school

View Preview

About this Document

Notes taken during lectures
Intro to biological sciences
Dr. Debra Hansen
Class Notes
25 ?




Popular in Intro to biological sciences

Popular in Biology

This 22 page Class Notes was uploaded by Nhi Notetaker on Wednesday September 14, 2016. The Class Notes belongs to BIO 311C at University of Texas at Austin taught by Dr. Debra Hansen in Fall 2016. Since its upload, it has received 6 views. For similar materials see Intro to biological sciences in Biology at University of Texas at Austin.


Reviews for Biology Notes


Report this Material


What is Karma?


Karma is the currency of StudySoup.

You can buy or earn more Karma at anytime and redeem it for class notes, study guides, flashcards, and more!

Date Created: 09/14/16
Spontaneous generation (abiogenesis) is a supposed process where life forms emerge  systematically from other than parents, a nonliving matter.    Compared to nonliving, living things have more  structure/complexity  Metabolism (chemical interaction with environment)  Growth/reproduction    Properties of living things  Order  Energy processing  Evolutionary adaptation  growth/development  Response to environment  Regulation  Adaptation    Biological Hierarchy­ biological systems are structured at many interrelated levels; at every  level, structure is related to function    Levels of Biological Organization  1. Biosphere­ all life on Earth and all the places where life exist: land, water, atmosphere  2. Ecosystem­all living things in area, all nonliving things in environment; soil, water,  atmospheric gases, light  3. Communities­array of organisms in ecosystem; trees, animals, mushrooms,  microorganisms, etc. (set of populations)  4. Populations­all individuals of a species in area  5. Organisms­individual living things  6. Organ and Organ Systems­body part that carries out a particular function in body;  complex organisms have organ systems, each a team of organs that cooperate in a  larger functions. Organs made of multiple tissues.  7. Tissues­group of cells that work together to perform specialized function  8. Cells­life’s fundamental unit of structure and function; single cell performs all structures  of life, multiple cell have divisions of labor among specialized cells  9. Organelles­Fundamental components presents in cells  10. Molecules­chemical structure of two or more atoms    Emergent Properties­ are due to arrangement and interactions of parts as complexity increases  ● Reductionism­isolates components of living systems, lack significant properties  that  emerge at higher levels of organization  ● Systems biology­the exploration of a biological system by analyzing interactions  among its parts    What are emergent properties?  Properties that are in complex systems, that wasn’t there in individual components. For  example, the properties of water molecules that were not present in individual hydrogen and  oxygen molecules.    Ex) Wood can be cut into a long pole, and it is strong. Straw is long, thin, and flexible. Wood  and straw have particular properties due to the cells that make them. Separately, neither wood  or straw helps you clean. When put into a particular organization of a broom, they can be used  to sweep a floor. "Sweeping ability" is an emergent property of a broom that wood and straw do  not have.     3 Domains of Life: Bacteria, Archaea, Eukarya  ● Bacteria and Archaea are prokaryotic.   ● Eukarya includes three kingdoms Plantae, Fungi, and Animalia, each  distinguished by their modes of nutrition.   ● Plantae produces their own sugars by photosynthesis  ● Fungi absorbs dissolved nutrients from surroundings  ● Animalia obtain food by eating and digesting  ● Protists­single celled eukaryotes      Atoms and Molecules  ● atom – building block of all molecules  ● molecule – two or more atoms connected with a strong bond  ● proton – positively­charged particle found in the nucleus of an atom  ● neutron – non­charged particle found in the nucleus of an atom  ● electron – negatively­charged particle that orbits around an atom in a cloud  ● ion – a charged atom with a different number of electrons than the uncharged form  ● anion – an ion with more electrons than the uncharged form (negatively­charged)  ● cation – an ion with fewer electrons than than the uncharged form (positively­charged)  ● valence electron – electron in the outer shell, possibly available to participate in bonds  ● electronegativity – attraction of electrons toward an atom’s nucleus  Bonds and Interactions  ● covalent bond – connection formed when two atoms share electrons  ● polar covalent bond – type of covalent bond resulting from unequal sharing of electrons  ● non­polar covalent bond – type of covalent bond resulting from equal sharing of  electrons  ● ionic bond – attraction between atoms that have opposite charges  ● hydrogen bond – attraction between a partially positively­charged hydrogen atom and  another partially negatively­charged atom  ● partial charge – unequal distribution of electrons caused by a polar covalent bond  ● hydrophobic interaction – aggregation of non­polar molecules in water or other aqueous  environment  ● van der Waals interaction – small repulsions and attractions between atoms caused by  fluctuations in the electron cloud  Water Properties  ● surface tension – organized layer of water molecules where water meets air  ● cohesion – the tendency of water molecules to stick to each other  ● adhesion – the tendency of water molecules to stick to other polar molecules  ● specific heat – the amount of energy required to raise a given volume of a substance by  one degree Celsius  ● lattice – the structure formed by water molecules as they cool to form a solid  ● density – the number of molecules in a given space  Acids and Bases  ● acid – a substance that increases the concentration of protons in a solution  ● base – a substance that decreases the concentration of protons in a solution  ● pH – a numerical scale that indicates how acidic or basic a solution is relative to water  ● buffer – a molecule that can donate or absorb protons to stabilize the pH of a solution  ● buffer range – the section of the pH scale in which a particular buffer can function  Preparing Solutions  ● concentration – the ratio of substance per volume of solution  ● molarity – the number of moles of a substance per liter of liquid  ● stock – a concentrated solution used to make other, less concentrated solutions  Organic Molecules  ● hydroxyl – a functional group made of one oxygen and one hydrogen  ● carbonyl – a functional group made of a single double­bonded oxygen  ● carboxyl – a functional group made of a double­bonded oxygen, one single­bonded  oxygen, and a hydrogen  ● amino – a functional group containing nitrogen and hydrogen  ● phosphate – a functional group containing phosphorus and oxygen  ● methyl – a functional group containing carbon and hydrogen  ● carbon skeleton – a carbon and hydrogen structure to which functional groups are  attached  ● functional group – portion of a molecule with defined chemical properties  ● isomer – alternate form of a molecule, differing in shape but not chemical composition.  ● structural isomer – isomer resulting from changes to the overall bonding pattern of a  molecule  ● geometric isomer – isomer resulting from changes next to a double bond; bonding  pattern remains the same in both isomers but spatial orientation is different  ● optical isomer – isomer resulting from changes next to an asymmetric carbon; isomers  are mirror images of each other    Atoms with incomplete valence shells can interact with certain other atoms where its partner  complete its shell by either transferring or sharing valence electrons.     Covalent Bonds­ sharing of a pair of valence electrons by two atoms. Two or more atoms held  together by covalent bonds are molecules.     An atom’s valence is its bonding capacity; usually equals the number of unpaired  electrons required to complete its outermost shell.     Electronegativity is the attraction of an atom’s nucleus to its electrons of a covalent bond.  The more electronegative an atom is, the more strongly it pulls shared electrons towards  itself.     Nonpolar covalent bonds occurs between two atoms of the same element  because they have the same electronegativity, so both sides are balanced.    Polar covalent bonds happen when an atom is bonded to a more electronegative  atom, the electrons of the bond are not shared equally, resulting in a slightly  positive and slightly negative side.    Ionic Bonds­ two atoms are so unequal in attraction for valence electrons that the more  electronegative atom strips an electron away from the less electronegative atom, causing a  positively charged ion (cation) and a negatively charged ion (anion). Because of these opposite  charges, cations and anions attract each other resulting in a ionic bond. Ionic compounds do not  consist of molecules.    Not as strong as covalent bonds in an aqueous solution because it dissolves.     Weak Chemical Bonds:    Hydrogen Bonds­ when a hydrogen atom is covalently bonded to an electronegative  atom,  the hydrogen atom has a partial positive charge that lets it become attracted to a  different electronegative atom nearby, this attraction is called a hydrogen bond.    Van der Waals(london dispersions)­ individually weak and only happens when molecules  are close together. Electrons in nonpolar covalent bonds have positively and negatively  charged regions because electrons are not always evenly distributed so it attracts other  positively and negatively charged regions and stick to one another.     Emergent Properties of Water that is Important to Life:    Cohesion­ hydrogen bonds hold the substance together collectively. Contributes to  transport of water against gravity in plants. As water evaporates from a leaf, hydrogen   bonds cause water molecules leaving the veins to pull on molecules farther down.    Adhesion, clinging of molecules to one another, helps move water up by  hydrogen bonds from water and the molecules of the cell.    Surface tension­ measure of how difficult it is to break the surface of a liquid.  Water has a high surface tension because of hydrogen bonds.    Moderation of Temperature­ water moderated air by absorbing heat from warmer air and  releasing stored heat to cooler air.    Thermal energy is the kinetic energy associated with random movement of  atoms, depending on the matter’s volume.    Temperature is a measure of energy that is the average of kinetic energy of  molecules regardless of volume.    Whenever two objects of different temperature are brought together, thermal  energy passes from the warmer to the cooler until it’s the same temperature. (Ice  cube cools a drink from absorbing thermal energy as it melts)     Heat is thermal energy in transfer from one body of matter to the other.    Specific Heat is a measure of how well a substance resists changing its  temperature when it releases or absorbs heat. High specific heat of water tends  to stabilize ocean temperatures suitable for marine life. (1g to change temp by 1  degree C)    Heat must be absorbed to break bonds; heat is released when bonds form.    Molecules of liquid stay close together until  it moves fast enough to overcome  these attractions, becoming vapor or gas.    Heat of Vaporization­ (1g to convert from liquid to gas) water has high heat of  vaporization, hydrogen bonds must be broken before molecules can turn from  liquid to gas.     As liquid evaporates, the surface of the liquid that remains behind cools down.  Evaporative cooling occurs because the molecules with the most kinetic energy  are more likely to leave as a gas, leaving behind molecules with less kinetic  energy therefore is cooler (decrease in temperature)    Sweat: as the water “hottest” molecules evaporate, it cools down the body by  absorbing heat. The sweat left behind is the cooler molecules.     Ice Floats on Water:    Water expands as it solidifies, becoming less dense. Water expands as it warms  and contracts as it cools. But when it starts to freeze, more molecules move too  slowly to break hydrogen bonds, causing it to lock in a crystalline lattice, which is  a  stable structure. Then when ice absorbs enough heat for its temperature to  rise again, hydrogen bonds between the molecules are disrupted and the crystal  structure breaks and the ice melts.    This allows ice to insulate liquid water below it in oceans, ponds, and lakes,  preventing it from freezing and allowing life to exist.    If ice sank, more ice would form on the bottom of the ocean, preventing life forms  from surviving.     Water is a versatile solvent:    Solution­homogeneous mixture of two or more substances  Solvent­ dissolving agent  Solute­ substance that is dissolved in    Water molecules can dissolve other molecules if they are polar on the surface.  For example, NaCl is put into water. Oxygen regions of water are negatively  charged and attracted to Sodium cations, while hydrogen regions of water are  positively charged and are attracted to chloride anions. So the water molecules  surrounds the individual sodium and chloride ions, separating and shielding them  from one another.  Important to cell membranes as a gatekeeper.     Hydrophilic is a substance that has an affinity for water, molecules so large  doesn’t have to dissolve, like cotton, or adhesion of water to help water move up  a plant’s walls.    Hydrophobic­ substances that do not have an affinity for water, nonionic and  nonpolar repels water, like vegetable oils.    Acids and Bases:    A hydrogen bond, a hydrogen atom might shift one molecule to another, transferring a  hydrogen ion (H+), leaving behind a hydroxide ion (OH­) and binding to a hydronium ion  (H3O+).    When acids dissolves in water they donate a H+ to the solution, increasing the hydrogen  ion concentration. Acidic solutions have more H+ than OH­.    A base reduces the H+ concentration:    By accepting hydrogen ions (ex. NH3 attracts H+ from solution, resulting in  NH4+)    By dissociating to form hydroxide ions, which combine with hydrogen ions and  form water (ex. NaOH dissociates into Na+ and OH­)       PH scale    At any aqueous solution at 25 degrees celsius, [H+][OH­] = 10^­14    0­14, 0 is more acidic, 14 is more basic.    Buffers allow biological fluids to maintain constant PH despite additions of acids or  bases, minimizing concentrations of H+ and OH­ by accepting hydrogen ions when there  is excess of donating hydrogen ions when they have been depleted. Most buffers  contain a weak acid and its corresponding base.      Carbon can bond to various other atoms, including O, N, and H. Carbon can also bond to other  carbon atoms, forming skeletons of organic compounds. Shapes is important to its function.  Carbon has emergent properties that result from the properties of their functional groups.     Variation in Carbon Skeleton:    Hydrocarbons are organic molecules consisting of only carbon and hydrogen. Usually  hydrophobic compounds because majority of their bonds are relatively nonpolar carbon  to hydrogen linkages. Hydrocarbons can undergo reactions that release a lot of energy.    Isomers are compounds with the same numbers of atoms on each element but with  different structures, thus different properties.    Structural isomers differ in covalent arrangement of their atoms.    Cis­trans isomers (geometric) differ in arrangement about a double bond. Cis  isomer have the two atom attached to double bonded carbons are on the same  side. Trans isomer have the two atoms attached to double bonded carbons on  opposite sides.    Enantiomers are isomers that are mirror images of each other that differ in shape  because of an asymmetric carbon, one that is attached to four different atoms.  The four groups can be arranged around the asymmetric carbon in two different  ways that are like mirror images, like difference between left hands and right  hands, allowing it to bind to specific molecules.     Functional Groups: chemical groups directly involved in chemical reactions, each has certain  properties like shape and charge.    Hydroxyl group(­OH)    Is polar due to electronegative oxygen, forms hydrogen bonds with water, help  dissolve compounds like sugars. Name: Alcohol. Ex. Ethanol     Carbonyl group     Sugars with ketone are called ketoes (ex. Acetone), with aldehydes are called  aldoses (ex. Propanol). Name: ketone (carbonyl group is within carbon skeleton)  or aldehyde (carbonyl group is at the end of a carbon skeleton)    Carboxyl group (­COOH)    Acts like an acid (can donate H+) b/c covalent bond b/w oxygen and hydrogen is  so polar. Name: Carboxylic Acid or organic acid. Ex. acetic acid    Amino group (­NH2)    Acts as base, can pick up H+ from surrounding solution. Name: Amine. Ex.  Glycine    Sulfhydryl group(­SH)    Two ­SH groups can react, forming a cross­link that helps stabilize protein  structure. Name: Thiol. Ex. Cysteine        Phosphate group (­OPO3^2­)    Contributes negative charge (when positioned inside a chain of phosphates, 2­  when at the end). When attached, gives a molecule the ability to react with water,  releasing energy. Name: Organic Phosphate. Ex. glycerol phosphate    Methyl group (­CH3)    Affects expressions of genes when on DNA or on protein bound to DNA. Affects  the shape and function of male and female sex hormones. Name: Methylated  compound. Ex. 5­Methyl cytosine    Vocabulary  Carbohydrates:  ● monosaccharide​ – sugar made of only one monomer  ● disaccharide​ – sugar made of two monomers  ● polysaccharide​ – sugar made of many monomers  ● cellulose​ – polysaccharide used for structure by plants  ● starch​ – polysaccharide used for storage by plants  ● amylose​ – unbranched starch  ● amylopectin ​ – branched starch  ● glycogen​ – polysaccharide used for storage in humans  ● Alpha 1­4 glycosidic linkage​ – covalent bond found in glycogen and starch  ● Beta 1­4 glycosidic linkage​ – covalent bond found in cellulose  ● Alpha 1­6 glycosidic linkage​ – a branch point in glycogen and amylopectin  ● glucose ​ – a hexose and an aldose  ● fructose​ – a hexose and a ketose  ● sucrose​ – a disaccharide made of glucose and fructose  ● lactose​ – a disaccharide made of glucose and galactose  ● maltose​ – a disaccharide made of two glucose monomers  ● ribose​ – a pentose and an aldose  ● deoxyribose​ – a pentose with one fewer hydroxyl group than ribose  Lipids:  ● hydrocarbon ​– molecule made of only carbon and hydrogen  ● saturated hydrocarbon​ – hydrocarbon with no double bonds and the maximum number  of hydrogens  ● unsaturated hydrocarbon​ – hydrocarbon with one or more double bonds and less than  the maximum number of hydrogens  ● fatty acid ​ – hydrocarbon with a carboxyl group on the end  ● glycerol​ – a three carbon molecule which serves as a framework for lipids  ● phospholipid​ – lipid made of two fatty acids, a glycerol, and a hydrophilic head  ● triglyceride​ – lipid made of three fatty acids and a glycerol  ● fat​ – a common term for triglycerides  ● sterols​ – class of molecules featuring four fused carbon rings  ● cholesterol​ – sterol found in membranes  ● hydrophilic​ – chemical property meaning “can interact with water”  ● hydrophobic​ – chemical property meaning “cannot interact with water”  ● amphipathic​ – chemical property meaning “can interact with both water and  hydrophobic molecules”  Amino Acids:  ● amino acid​ – an organic molecule that is the building block of proteins  ● polypeptide​ – a chain of many amino acids linked together  ● peptide bond​ – the covalent bond linking two amino acids  ● alpha helix​ – a spiral shape stabilized by hydrogen bonding  ● beta­pleated sheet​ – a structure in which the polypeptide chain folds back and forth;  stabilized by hydrogen bonding  ● disulfide bridges​ – a covalent bond formed between the sulfurs of cysteine monomers  ● chaperonin​ – a protein molecule that assists in the proper folding of other proteins  ● primary structure​ – the specific sequence of amino acids in a polypeptide  ● secondary structure​ – the three­dimensional shape of a polypeptide as determined by  coiling or folding due to hydrogen bond formation between components of the  polypeptide backbone  ● tertiary structure​ – the three­dimensional shape of a polypeptide as determined by  interactions of the side chains involved in various bonds  ● quaternary structure​ – the shape of a multi­subunit protein  ● denaturation​ – the process by which a protein becomes biologically inactive by losing its  native shape  Nucleic Acids:  ● nucleic acids​ – complex biomolecules composed of nucleotides that store cellular  information in the form of a code; e.g.: RNA and DNA  ● nucleotide​ – subunit of nucleic acids, formed from a 5­carbon sugar covalently bonded  to a nitrogenous base (nucleoside) and a phosphate group  ● nitrogenous bases​ – nitrogen­containing ring structure, purines and pyrimidines  ● pyrimidines​ – cytosine, thymine, uracil (C & T in DNA, C & U in RNA)  ● purines​ – adenine and guanine (in DNA AND RNA)  ● nucleoside​ – nitrogenous base linked to the 1′ carbon of sugar  ● phosphodiester linkages​ – bonds that connect nucleotides in DNA and RNA  ● ribose ​ – a pentose (and an aldose) sugar, found in RNA  ● deoxyribose​ – a pentose that is missing one hydroxyl group    Carbon from Big Bang is inorganic  Through food, organism ingest plants that uses photosynthesis to change it to organic carbon.  Animals eats something that eats something that eats plants and so on and so on.  Organic compounds­ made of carbon: Carbohydrates, proteins, lipids, nucleic acids      Functional Groups­ common groupings with predictable characteristics.   Hydroxyl­OH  Alcohols, sugars, proteins, and nucleic acids  Carbonyl­ CO  At the end, aldehyde: middle, ketone. Present in sugars, proteins and nucleic  acid. Carboxyl­ COOH, COO­  Fatty acids, amino acids, proteins  Amine­ NH2, NH3+  Amino acids, proteins, and nucleic acids  Sulfhydryl­ SH  Most reactive, proteins  Phosphate­ PO4­2  Phospholipids, nucleic acids  Methyl­CH3  Lipids, proteins, nucleic acid            NH2 or NH3 acts as bases because lone pairs on the nitrogen atom accepts protons­by  decreasing concentration of H+.    Ex. Carboxylic acid. Two oxygens are electronegative, so one of the hydrogen might give itself  up completely ,donating an H+ ion, making it an acid.     Level 1­4: monomeric, macromolecules, supramolecular complexes, organelles and cell    Carbohydrates, proteins, and nucleic acids are chain­like molecules called polymers, long  molecules consisting of many similar building blocks(monomers) linked by covalent bonds.     Dehydration reaction­ trading one covalent bond for another covalent bond. Releases  water, or removes a water molecule. Allows monomers to connect through covalent  bonds.    Hydrolysis­ adding a water molecule, breaking a bond: H on one side, OH on other.   Ex. digestion­ food in form of large polymers, various enzymes attack polymers,  speeding up hydrolysis, released monomers absorbed through bloodstream    Carbohydrates­ include sugars and polymers of sugars    Monosaccharide­simple sugars  Glucose, starch, galactose  CH2O­similar structures  Carbonyl group (CO) different placement, multiple hydroxyl groups (­OH)  Diversity depends on spatial arrangement of their parts around asymmetric  carbon      Disaccharide­ double sugars, 2 monosaccharides joined by covalent bond  maltose, sucrose, fructose, lactose  Dehydration reaction­ glycosidic linkages    Polysaccharides­ carbohydrates macromolecules, made of many sugar building blocks  Storage  Starch­ allows plants to store energy  All “A” configuration, all monomers in same position  Animals store glycogen  Structural  Cellulose­component of tough plant cell walls   All “B” configuration, making every glucose monomer “upside  down” with respect to its neighbors  Almost all animals cannot digest, most cellulose digestion is in  cells of symbiotic protists living in termite guts.  Chitin­ carbohydrate used by arthropods  Build exoskeletons  Used by fungi in cell walls  Similar to cellulose with “B” linkages      Lipids(fats, phospholipids, steroids)  All lipids are hydrophobic, nonpolar, don’t break down/dissolve from water molecules  because of hydrocarbon regions  Not big enough to be true polynomers or macromolecules    Fats­ large molecules assembled by smaller molecules through dehydration  Glycerol (alcohol, 3 carbons with hydroxyl) and fatty acids(long carbon skeleton  with carboxyl group at the end)    Hydrophobic because of hydrocarbon chains­ water molecules bond together and  exclude the fats(ex. Vegetable oil separates from dressing)    Triacylglycerol­ 3 fatty acids and glycerol by ester linkage(formed by dehydration  between hydroxyl group and carboxyl group)    Used as energy stored  ATP molecules = “pocket change”  Made by breaking down “fuel” like glucose    Plants are immobile, can have bulky energy like starch, but animals carry energy  with them so need compact energy like fat  Fats are more compact compared to starch (that’s why animals use fats b/c they  move)     Fish have liquid fat while cows have solid fat.   Cows uses fat for warmth. Fish fat is liquid in order to adjust to temperature and  conditions, due to adding double bonds to fatty acids preventing it from,  solidifying.    Hydrogenation­ process converts unsaturated fats to saturated fats by adding  hydrogen   Hydrogen vegetable oils also creates unsaturated fats with trans double bonds.    1. Your body needs a certain amount of cholesterol that travels through blood with  help of “lipoprotein”  2. Low density protein (LDL) carries cholesterol to your cells for use in cell  membranes. High Density lipoproteins (HDL) finds excess cholesterol and return  it to the liver  3. High LDL to HDL ratio will increase arterial plaque risk, leads to heart disease  4. Eating trans fat increases LDL to HDL ratio  5. Deposits called plaques develops in blood vessels, slow blood flow    Saturated fats­ no double bonds between carbon atoms, “saturated with  hydrogen”  Most animals, allow fats to pack more tightly  Ex. butter, solid at room temp  Unsaturated­ one or more double bonds, fewer hydrogen atoms  Most have cis double bonds, causes kinks­ why its liquid at room temp  Ex. olive oil, fats of plants and fish  Trans double bonds, contribute to heart problems    Monounsaturated=one double bond  Polyunsaturated= more than one double bond    Both are “good” fats (not saturated or trans) but eating a lot of seed oil in  large quantities is “bad for you”    Phospholipids­ part of cell membranes “bilayers”  Has two fatty acids attached to glycerol  Two ends show different behaviors towards water, hydrocarbon tails are  hydrophobic, but phosphate group form hydrophilic head with affinity for water        Steroids­ carbon skeleton with four fused rings  Most function as signalling hormones  Cholesterol­ regulates futility in animal cell membrane     Proteins­ made up of one or more polypeptides  Enzymes­catalysts speeds up reactions without being consumed  Constructed by sets of amino acids, tend to be basic (donates H+)  Peptide bond(between amino acids)  Primary structure specific sequence of amino acids Covalently bonded  between C atom of a carboxyl group of an amino group to make a  polypeptide  Releases a molecule of H2O in process of condensation reaction  Polypeptide, polymer of amino acids  Center carbon connects with an amino group, carboxyl group, hydrogen atom,  and variable group “R”  Chaperonins are protein molecules that aid in the proper folding of molecules by keeping  the new polypeptide segregated from disruptive chemical conditions in cytoplasmic  environment while it folds spontaneously  Complex that facilitates folding for a polypeptide, an aggregate of chaperone  proteins  Barrel­shaped (with a lid). The Polypeptide “enters” the barrel, which provides  correct space and chemical environment for protein to fold correctly.  Chaperonins are up­regulated by environmental stress              If an amino acid is changed, it may not have the same interactions therefore its structure  will be different, and hindering its function.   Ex. sickle cell anemia; normal red blood cells has Glutamic acid which has a  polar R group. While sickled cell has Valine which is non polar.   Changing the primary structure doesn’t necessary change function­ evolutionary  advantage  Denaturation is when a protein loses its 3D structure and becomes nonfunctional due to  exposure to chemical conditions that disrupt non­covalent bond  Higher Temp­ excited electrons disrupt bonds (h­bonds, covalent)  Changing PH(acidic/basic)­ adding more H+ disrupt H­bond  Add salt concentration­salt=ions, affecting ionic bonds      Levels of Protein Function:  1. Primary­ linear chain of amino acids, determined by inherited genetic info  (covalently bonded)  2. Secondary­ regions stabilized by H­bonds b/w atoms of polypeptide  backbone (helix or pleated sheet)  3. Tertiary­ 3D shape stabilized by side chain (R) interactions, determines  function and specificity(folds, loops, turns), ionic bond, london  dispersions,   hydrogen bonds, hydrophobic interactions, disulfide bond, etc  Ex. antibody and virus protein fits into each other   4. Quaternary­ two or more polypeptides interactions. Ex. hemogoblin    Nucleic Acids­ polymers made of monomers called nucleotides  DNA(deoxyribonucleic acid) and RNA (ribonucleic acid) enables living organisms to  reproduce complex components  DNA provides directions for its own replication and directs RNA synthesis  RNA controls protein synthesis “gene expression”  Proteins are required to implement genetic programs  Site of protein synthesis is called a ribosome  In eukaryotic cells, ribosome are between nucleus and plasma  membrane (cytoplasm) and DNA stays in nucleus. mRNA used to  convey instructions from nucleus to cytoplasm.  Prokaryotic cells(lacks nuclei) use mRNA to convey message from  DNA to ribosome   Each gene along a DNA molecule directs synthesis of a mRNA  (messenger), which directs production of polypeptides  (DNA­>RNA­>protein)    Nucleic Acids­ macromolecules or polymers called polynucleotides, each polynucleotide  have monomers called nucleotides    Nucleotides made up of 5­carbon sugar(pentose), nitrogenous base, and   one or more phosphate groups  Nucleoside is the carbon sugar and nitrogenous base    Nitrogenous bases:  Pyrimidine­ 6 membered carbon ring and nitrogen atoms.  Cytosine, thymine, uracil  Purines­6 membered carbon ring with 5 membered ring. Adenine  and guanine  Adenine, guanine, cytosine in DNA and RNA, Thymine  only in DNA, Uracil only in RNA    Sugars:  DNA­ deoxyribose, lacks an oxygen atom on second carbon in  ring  RNA­ ribose    Nucleotide:  Attach phosphate group to 5’ carbon of sugar    Linkages of nucleotides into polynucleotides are joined by phosphodiester  linkages (phosphate group that links sugars of two nucleotides)  One end has a phosphate attached to a 5’ carbon, other end has a  hydroxyl group on a 3’ carbon    Structures of DNA and RNA  DNA molecules forms a double helix, two sugar phosphate backbones run  opposite 5’ to 3’ directions from each other “antiparallel”, two strands held  together by hydrogen bonds  Adenine always pair with Thymine, Guanine with Cytosine  When the cell divides, copies are distributed to daughter cells,  making them genetically identical  RNA molecules exists as single strands  Base pairing allows it to take on 3D shape   tRNA (transfer) brings amino acids to ribosome during polypeptide  synthesis  Adenine pairs with Uracil         


Buy Material

Are you sure you want to buy this material for

25 Karma

Buy Material

BOOM! Enjoy Your Free Notes!

We've added these Notes to your profile, click here to view them now.


You're already Subscribed!

Looks like you've already subscribed to StudySoup, you won't need to purchase another subscription to get this material. To access this material simply click 'View Full Document'

Why people love StudySoup

Steve Martinelli UC Los Angeles

"There's no way I would have passed my Organic Chemistry class this semester without the notes and study guides I got from StudySoup."

Amaris Trozzo George Washington University

"I made $350 in just two days after posting my first study guide."

Bentley McCaw University of Florida

"I was shooting for a perfect 4.0 GPA this semester. Having StudySoup as a study aid was critical to helping me achieve my goal...and I nailed it!"

Parker Thompson 500 Startups

"It's a great way for students to improve their educational experience and it seemed like a product that everybody wants, so all the people participating are winning."

Become an Elite Notetaker and start selling your notes online!

Refund Policy


All subscriptions to StudySoup are paid in full at the time of subscribing. To change your credit card information or to cancel your subscription, go to "Edit Settings". All credit card information will be available there. If you should decide to cancel your subscription, it will continue to be valid until the next payment period, as all payments for the current period were made in advance. For special circumstances, please email


StudySoup has more than 1 million course-specific study resources to help students study smarter. If you’re having trouble finding what you’re looking for, our customer support team can help you find what you need! Feel free to contact them here:

Recurring Subscriptions: If you have canceled your recurring subscription on the day of renewal and have not downloaded any documents, you may request a refund by submitting an email to

Satisfaction Guarantee: If you’re not satisfied with your subscription, you can contact us for further help. Contact must be made within 3 business days of your subscription purchase and your refund request will be subject for review.

Please Note: Refunds can never be provided more than 30 days after the initial purchase date regardless of your activity on the site.