New User Special Price Expires in

Let's log you in.

Sign in with Facebook


Don't have a StudySoup account? Create one here!


Create a StudySoup account

Be part of our community, it's free to join!

Sign up with Facebook


Create your account
By creating an account you agree to StudySoup's terms and conditions and privacy policy

Already have a StudySoup account? Login here

Introduction to Biology BIS 002A Professor Igo Week 1

by: Brittany Church

Introduction to Biology BIS 002A Professor Igo Week 1 BIS 002A

Marketplace > University of California - Davis > Biological Sciences > BIS 002A > Introduction to Biology BIS 002A Professor Igo Week 1
Brittany Church
View Full Document for 0 Karma

View Full Document


Unlock These Notes for FREE

Enter your email below and we will instantly email you these Notes for introduction to biology

(Limited time offer)

Unlock Notes

Already have a StudySoup account? Login here

Unlock FREE Class Notes

Enter your email below to receive introduction to biology notes

Everyone needs better class notes. Enter your email and we will send you notes for this class for free.

Unlock FREE notes

About this Document

Lecture notes for week 1 of BIS 002A, with Professor Igo. 13 Pages total.
introduction to biology
The staff
Class Notes
Biology, cells, atoms, Vocabulary, concepts




Popular in introduction to biology

Popular in Biological Sciences

This 13 page Class Notes was uploaded by Brittany Church on Sunday September 25, 2016. The Class Notes belongs to BIS 002A at University of California - Davis taught by The staff in Fall 2016. Since its upload, it has received 39 views. For similar materials see introduction to biology in Biological Sciences at University of California - Davis.

Similar to BIS 002A at UCD

Popular in Biological Sciences


Reviews for Introduction to Biology BIS 002A Professor Igo Week 1


Report this Material


What is Karma?


Karma is the currency of StudySoup.

You can buy or earn more Karma at anytime and redeem it for class notes, study guides, flashcards, and more!

Date Created: 09/25/16
  Biology 002A Week 1 Lecture Fall 2016   Introduction    Topics in BIS 2A     Atoms to organisms (atoms, molecules,  Lecture TA:   cells).  Poyin Chen  Major focus of 2A: Building of a cell.   Email: ​      Administrative Overview  Online Lecture:   Need​:   Dr. Marc Facciotti  ● iClicker  Email: ​   ● Sketch pad    ● NEW BIS 2A Discussion Manual  Discussion Coordinator:     Dr. Erin Easlon  Need to register for:   Email: ​  ● iClicker    ● Nota Bene  ***There are 20+ TAs for BIS 2A this    quarter.   Lecture Instructor​:     Dr. Michele Igo  Use your resources. Smartsite! The syllabus!  ** Best source for science­related questions  The TAs!  associated with lecture.   Grades: ​    Email: ​bis2a­  ● There is no curve.   Office Hours: Mon 2:30­4 pm SLB  ● See syllabus for grade scale.   room 2089  ● Extra credit MAY be available.    Midterm 1  100 points  Midterm 2  125 points  Midterm 3  125 points  Final  300 points  NB, Clicker Questions, Homework  150 points  Discussion  200 points  Total  1000 points      Midterms will be mostly multiple choice. However, they can include drawings/short answer/long  answer questions.     iClicker is used for participation. Not graded based on correctness or incorrectness.     You must attend the first discussion, or you will be dropped from the course.       Lecture #1 Begins…     What characteristics do we associate with life?     ● Waste elimination  ● Energy  ● Oxygen  ● Reproduction  ● Food  ● Death  ● Water  ● Birth  ● Shelter  ● Maintain individual integrity  ● Instinct  ● Mobility  ● Cellular division  ● Adaptation  What is biology?     An opportunity for practical problem solving and critical thinking about possible solutions.     Ex. Improving health care, maintaining sustainable food supplies, and producing  renewable energy.    Biology spans from atoms to chemical reactions to cells to organisms to the biosphere. It also  spans scientific inquiry, chemistry, physics, and mathematics. Because of this, topics that seem  very different can actually be extremely interconnected.     **All cells share some fundamental properties.     We study:   ● building blocks of cells  ● key biochemical properties  ● how biological information is encoded in genetic material  ● how it is expressed    ● how all this comes together to make a living system  ● ways in which living systems exchange matter, energy and information with their  environment     Problems in Biology    Problems can also be simple or complex depending on the amount of variables that need to be  considered.     Problem classification:   ● story problems  ● rule­based problems  ● decision­making problems   ● troubleshooting problems  ● policy problems  ● design problems  ● Dilemmas         Incorporating problem solving into the class:   1) We will explicitly teach elements of problem solving in class.  2) We will have questions on the study guides that encourage problem solving.  3) We will make frequent use of the “Design Challenge” to help structure discussion of the  topics covered in class. **This will also include decision making.     Assumptions: ​    “All models are wrong, but some are useful. That is, no matter how sophisticated, all  models are approximations of something real. While they are not the “real thing” (and are thus  wrong), models are useful when they allow us to make predictions about real life that we can  use.”     Models can include:     Physical Models  3D objects that we can touch  Body parts, molecular/atomic  models, scale models    Drawings  Can be on paper or on the  Diagrams, architecture  computer and either in 2D or  virtual 3D. We mostly look at  them  Mathematical Models  Describe something in real  Graphs, charts  life in mathematical terms.  We use these to calculate the  behavior of the thing or  process we want to  understand  Verbal or Written Models  Models are communicated in  Word problems, pictures  written or spoken language  Mental Models  Models constructed in our  Seeing an image of  minds and we use these to  something in your head  create the other types of  models and to understand the  things around us         Simplifying Assumptions:   ● Simple models are preferred over complex models.  ● Assumptions that are included in the model to simplify the analysis. When a  model no longer predicts behavior of the real thing, too many simplifying  assumptions have been made.   ● When little predictive value is gained from adding more details to a model, it is  likely overly complex.     Bounding or Asymptotic Analysis:   ● The main idea of this technique is to use the model with simplifying assumptions  to understand how the real thing might behave at extreme conditions.    Example Problem  Imagine that you need to leave Davis, CA and get home to Selma, CA for the weekend.  It's 5PM and you told your parents that you'd be home by 6:30. Selma is 200 miles (322 kM)    from Davis. You're getting worried that you won't make it home on time. Can you get some  estimate of whether it's even possible or if you'll be reheating your dinner in the microwave?    Create Simplified Model and Use of Bounding  You can create a simplified model. In this case you can assume that the road between  Davis and Selma is perfectly straight. You also assume that your car has only 2 speeds: 0 mph  and 120 mph. These two speeds are the minimum and maximum speeds that you can travel ­ the  bounding values. You can now estimate that even under assumptions of the theoretically "best  case" scenario, where you would drive on a perfectly straight road with no obstacles or traffic at  maximum speed, you will not make it home on time. At maximum speed you would only cover  180 of the required 200 miles in the 1.5 hours you have.    Interpretation  In this real­life example a simplified model is created. In this case, one very important  simplifying assumptions is made: The road is assumed to be straight and free of obstacles or  traffic. These assumptions allow you to reasonably assume that you could drive this road at full  speed the whole distance. The simplifying assumptions simplified out a lot of what you know is  actually there in the real world that would influence the speed you could travel and by extension  the time it would take to make the trip. The use of bounding – or calculating the behavior of at  the minimum and maximum speeds is a way of making quick predictions about what might  happen in the real world.    **If you are asked to think about something new that is closely related to something you already  know well, it is not too difficult to focus on the new material.   ​ ***IMPORTANT: ​  ​ The idea that students in BIS2A will be tested on their ability to USE  concepts in specific contexts that they haven't seen before is critical to understand! Take special  heed of this knowledge. Developing usable conceptual knowledge takes more discipline and  work than memorizing. The quarter also moves VERY fast and concepts are layered one on top  of the other. If you get too far behind, it is very, very difficult to make up for lost time two or  three days before an exam. Be as disciplined as you can and keep up with course materials.     Vocabulary in Biology    ● If you don’t know a word, look it up! Don’t get lost because you don’t understand  the larger words. Y ● It’s used to help shorten what could be very lengthy descriptions, conclusions, or  analyses.     ● Create a running list of vocabulary before, during, and after class. This can help  you better understand concepts.     Lecture #2 Begins…     Clicker Question #1     Which of the following is NOT associated with a definition of living things?   a) Exchange of matter with the environment   b) An ability to create disorder    c) An ability to reproduce   d) A common ancestry    Cell Diagram      Online Resources      ​      Vocabulary  1) Prokaryote: A simple, single­celled organism that lacks a nucleus and membrane­bound  organelles.   2) Eukaryote: Membrane­bound cell with membrane bound organelles and nucleus  3) Organelle: A number of organized or specialized structures within a living cell.   4) Nucleoid: Central region of the cell consisting of a single large loop­­the circular  chromosome.   5) Nucleolus: Small, dense sphere in the nucleus of a cell during interphase.  6) Nucleus: Large, oval organelle that controls cellular activities.   7) Cytoplasm: Jelly­like cytosol inside the cell, plus the cellular structures suspended in it.   8) Cytosol: Gel­like water­based solution that contains ions, small molecules, and  macromolecules.   9) Plasma membrane: An outer covering that separates the cell’s interior from its  surrounding environment.   10)Inner Membrane: Membrane in the nuclear envelope that contains two layers of  phospholipids forming a phospholipid bilayer.   11)Outer Membrane: Membrane in the nuclear envelope that contains two layers of  phospholipids forming a phospholipid bilayer.   12)Cell Wall: Outer rigid, strong, cellulose layer for support, protection, and material  transportation.   13)Cytoskeleton: Organelles and structural proteins that act as the skeleton of the cell.   14)Flagella: Whip­like structures that act like motors to help move bacteria.   15)Pilli: A hair­like appendage found on the surface of bacteria.   16)Ribosomes: Small bodies free or attached to ER that produces proteins.   17)Endomembrane System: A group of cell membranes and organelles that are mutually  interconnected by being directly continuous or by sending vesicles to export proteins  from the cell.   18)Rough and Smooth ER:  Network of tubes or membranes that carries materials  throughout the cell. The Rough ER has ribosomes on the outer face.    19)Golgi Apparatus: A complex of vesicles and membranes in the cytoplasm of eukaryotic  cells involved in secretion and intracellular transport.   20)Primary and Secondary Lysosomes: Small, round organelles with a membrane that break  down larger food molecules into smaller molecules and digests old cell parts.   21)Mitochondria: Bean shaped organelles with inner membranes that break down sugar  molecules into energy.   22)Matrix: A tissue in animal or plant cells where more specialized structures are embedded.  Also the specific part of the mitochondrion that is the site of oxidation or organic  molecules.   23)Cristae: The partial partitions in a mitochondrion formed by the inner membrane.     24)Plastid: Class of small organelles in the cytoplasm of plant cells containing pigment or  food.   25)Chloroplast: Green usually oval chlorophyll containing organelle that uses energy from  the sun to make food for the plant.   26)Thylakoid: Flattened sacs inside a chloroplast bound by pigmented membranes where  photosynthesis takes place and arranged in grana.   27)Stroma: A cushion­like mass of tissue having spore­bearing structures.  28)Granum: Stacks of thylakoids in the stroma of a chloroplast.  29)Peroxisomes: Structures that carry out chemical reactions of oxidation and produce  hydrogen peroxide.   30)Glyoxysomes: A specialized form of peroxisome found in some plant cells that contain  the enzymes of the glyoxylate cycle.   31)Vacuole: Fluid filled sacs that store food, water, and waste.     Clicker Question #2   The structure labeled #5 (Rough ER) has the function of ______ and large amounts of #5 would  typically be found in cells that ________.   1) Transporting proteins produced by the ribosomes attached; secrete proteins outside  of the cell.   2) Transporting and modifying proteins that arrive from the RER; secrete proteins outside of  the cell.  3) Storing large amounts of water and micronutrients; live in a low nutrient environment  4) Providing rigidity and preventing water loss; are exposed to high heat conditions.   5) Converting fuel sources to more useable forms of cellular energy and CO2; contract or  move.     The Scientific Method    ● We often tell stories if we are presenting unquestionable facts.   ● The important thing to remember is that while we may not say explicitly, all of  the knowledge we discuss in class represents only the best of our current  understanding. Some ideas have withstood repeated and varied experimentation  while other topics have yet to be tested as thoroughly.    Description of the Scientific Method:   1. Make an observation about the world.  2. Propose a possible explanation for the observation.  3. Test the observation by experiment.    4. If the observation disagrees with experiment, the observation is wrong.   Ideas that survive experimentation continue to be tested and retested until they fail, or continue  to be correct.   Asking Questions  The ability to ask questions requires curiosity, creativity, and imagination.   Bias:​    ● Life­experience  ● Prior knowledge  ● Our own biology  Influence​:   ● How we see the world  ● How we interpret what we see  ● What we are curious about    “The most misleading assumptions are the ones you don't even know you're making.” ­ Douglas  Adams  Scientists need to be aware of their biases and their assumptions to be conscious of how they  may interpret or internalize their observations.     Generating a Testable Hypothesis  Hypothesis​:   ● Possible explanation of an observation  ● NOT a random guess, it IS educated, based on prior knowledge or a viewpoint  ● Most useful if it can be tested  ● Requires that tools to make informative measurements exist and that the  experimenter has control over the system to make necessary and valid  observations  Variables​:   ● Dependent Variable: the behavior/issue that needs explaining.    ● Independent Variable: all other things that can change and influence the  dependent variable.  Example  An experimenter that has developed a new drug to control blood pressure may want to test  whether her new drug actually influences blood pressure. The system is the human body, the  dependent variable might be blood pressure, and the independent variables might be other factors  that change and influence blood pressure like age, sex, and levels of various soluble factors in the  blood stream.   Null Hypothesis:​ The statement that would be true if the alternative hypothesis is false.   Alternative Hypothesis:​ Statement that describes what the experimenter believes the relationship  between the dependent and one or more of the independent variables to be.   Why have a null hypothesis?   It is not possible to design an experiment that will provide absolute proof that a  hypothesis is right.     Controls  Control Group​: experimental conditions in which the values of the independent variables are  maintained close to others in  the experimental group except the independent variable being  tested.     Accuracy with Measurement, Uncertainty and Replication  ● Tools must be reasonably accurate  ● Measurement error = numerous possible sources of uncertainty in the experiment/data  ● Experiments carry a degree of confidence  ● To develop healthy skepticism: learn to assess quality of an experiment and the  interpretation of the findings, and learn to ask questions  Example  After moving to California to attend UC Davis, you have fallen in love with fresh tomatoes. You  decide that the tomatoes in the stores just don’t taste right and resolve to grow your own. You  plant tomato plants all over your back yard; every free space now has a freshly planted tomato  ​ ​ ​ ​ ​ ​ ​ ​   that the plants in the shady part of the yard that got “extra” light from your mirror contraption  grew taller than their immediate neighbors. What would this say about your alternate hypothesis?  Null hypothesis? What would you do next?  Question 6:​ What assumptions are you making about the ability to make measurements in this  experiment? What influence might these assumptions have on your interpretation of the results?    The Design Challenge  A way of approaching mater, steps to help structure thinking about course topics in a  problem solving context. Encourages imagination and critical thinking about why the topic is  important to study and focus on the core questions. **This approach is different from what we  are used to, but is more useful for skills, mental framework, and knowledge for transfer.   1. Identify the problems  2. Determine criteria for successful solutions  3. Identify possible solutions  4. Evaluate the proposed solutions against the successful solutions  5. Choose a solution      Example “How to Build a Cell”  This rather complex problem will be broken down into several smaller sub­problems that  include:  ● acquiring the building blocks to construct cellular parts from the environment  ● acquiring the energy to build cellular parts from the environment  ● transforming the building blocks of the cell between different forms  ● transferring energy between different storage forms  ● creating a new cell from an old cell  ● problems we identify in class    Evolution and Natural Selection  Evolution​: Core concept in Bio, helps to explain diversity and relationships. Development or  change of something over time. In reproducing populations, organisms with different traits  evolve. Theory putting together selective pressure and natural selection.     Natural Selection​: Process in which nature filters organisms by how successfully an organism  can survive and reproduce.   Selective Pressure​: factors that influence the ability of organisms to reproduce.   Phenotypes​: heritable traits that are associated with organisms and variation in a population, and  the variation leads to filtered offspring generation. Organisms with phenotypes that survive  provide selective advantage or are more fit organisms.   **If no variation exists, there is no need for natural selection. However, variation happens, and  natural selection filters what works best.  


Buy Material

Are you sure you want to buy this material for

0 Karma

Buy Material

BOOM! Enjoy Your Free Notes!

We've added these Notes to your profile, click here to view them now.


You're already Subscribed!

Looks like you've already subscribed to StudySoup, you won't need to purchase another subscription to get this material. To access this material simply click 'View Full Document'

Why people love StudySoup

Jim McGreen Ohio University

"Knowing I can count on the Elite Notetaker in my class allows me to focus on what the professor is saying instead of just scribbling notes the whole time and falling behind."

Allison Fischer University of Alabama

"I signed up to be an Elite Notetaker with 2 of my sorority sisters this semester. We just posted our notes weekly and were each making over $600 per month. I LOVE StudySoup!"

Steve Martinelli UC Los Angeles

"There's no way I would have passed my Organic Chemistry class this semester without the notes and study guides I got from StudySoup."


"Their 'Elite Notetakers' are making over $1,200/month in sales by creating high quality content that helps their classmates in a time of need."

Become an Elite Notetaker and start selling your notes online!

Refund Policy


All subscriptions to StudySoup are paid in full at the time of subscribing. To change your credit card information or to cancel your subscription, go to "Edit Settings". All credit card information will be available there. If you should decide to cancel your subscription, it will continue to be valid until the next payment period, as all payments for the current period were made in advance. For special circumstances, please email


StudySoup has more than 1 million course-specific study resources to help students study smarter. If you’re having trouble finding what you’re looking for, our customer support team can help you find what you need! Feel free to contact them here:

Recurring Subscriptions: If you have canceled your recurring subscription on the day of renewal and have not downloaded any documents, you may request a refund by submitting an email to

Satisfaction Guarantee: If you’re not satisfied with your subscription, you can contact us for further help. Contact must be made within 3 business days of your subscription purchase and your refund request will be subject for review.

Please Note: Refunds can never be provided more than 30 days after the initial purchase date regardless of your activity on the site.